With a growing world population and increasingly demanding consumers, the production of sufficient protein from livestock, poultry, and fish represents a serious challenge for the future. Approximately 1,900 insect species are eaten worldwide, mainly in ...Read More

Viruses of the genus Begomovirus (family Geminiviridae) are emergent pathogens of crops throughout the tropical and subtropical regions of the world. By virtue of having a small DNA genome that is easily cloned, and due to the recent innovations in cloning and low-cost sequencing, there has been a dramatic increase in the number of available begomovirus genome sequences. Even so, most of the available sequences have been obtained from cultivated plants and are likely a small and phylogenetically unrepresentative sample of begomovirus diversity, a factor constraining taxonomic decisions such as the establishment of operationally useful species demarcation criteria. In addition, problems in assigning new viruses to established species have highlighted shortcomings in the previously recommended mechanism of species demarcation. Based on the analysis of 3,123 full-length begomovirus genome (or DNA-A component) sequences available in public databases as of December 2012, a set of revised guidelines for the classification and nomenclature of begomoviruses are proposed. The guidelines primarily consider a) genus-level biological characteristics and b) results obtained using a standardized classification tool, Sequence Demarcation Tool, which performs pairwise sequence alignments and identity calculations. These guidelines are consistent with the recently published recommendations for the genera Mastrevirus and Curtovirus of the family Geminiviridae. Genome-wide pairwise identities of 91 % and 94 % are proposed as the demarcation threshold for begomoviruses belonging to different species and strains, respectively. Procedures and guidelines are outlined for resolving conflicts that may arise when assigning species and strains to categories wherever the pairwise identity falls on or very near the demarcation threshold value.

Geminivirus taxonomy and nomenclature is growing in complexity with the number of genomic sequences deposited in sequence databases. Taxonomic and nomenclatural updates are published at regular intervals (Fauquet et al. in Arch Virol 145:1743-1761, 2000, Arch Virol 148:405-421, 2003). A system to standardize virus names, and corresponding guidelines, has been proposed (Fauquet et al. in Arch Virol 145:1743-1761, 2000). This system is now followed by a large number of geminivirologists in the world, making geminivirus nomenclature more transparent and useful. In 2003, due to difficulties inherent in species identification, the ICTV Geminiviridae Study Group proposed new species demarcation criteria, the most important of which being an 89% nucleotide (nt) identity threshold between full-length DNA-A component nucleotide sequences for begomovirus species. This threshold has been utilised since with general satisfaction. More recently, an article has been published to clarify the terminology used to describe virus entities below the species level [5]. The present publication is proposing demarcation criteria and guidelines to classify and name geminiviruses below the species level. Using the Clustal V algorithm (DNAStar MegAlign software), the distribution of pairwise sequence comparisons, for pairs of sequences below the species taxonomic level, identified two peaks: one at 85-94% nt identity that is proposed to correspond to "strain" comparisons and one at 92-100% identity that corresponds to "variant" comparisons. Guidelines for descriptors for each of these levels are proposed to standardize nomenclature under the species level. In this publication we review the status of geminivirus species and strain demarcation as well as providing updated isolate descriptors for a total of 672 begomovirus isolates. As a consequence, we have revised the status of some virus isolates to classify them as "strains", whereas several others previously classified as "strains" have been upgraded to "species". In all other respects, the classification system has remained robust, and we therefore propose to continue using it. An updated list of all geminivirus isolates and a phylogenetic tree with one representative isolate per species are provided.

Abstract Mitochondrial 16S (~550 bp) and cytochrome oxidase I (COI) (~700 bp) sequences were utilized as markers to reconstruct a phylogeography for representative populations or biotypes of Bemisia tabaci . 16S sequences exhibited less divergence than COI sequences. Of the 429 characters examined for COI sequences, 185 sites were invariant, 244 were variable and 108 were informative. COI sequence identities yielded distances ranging from less than 1% to greater than 17%. Whitefly 16S sequences of 456 characters were analysed which consisted of 298 invariant sites, 158 variable sites and 53 informative sites. Phylogenetic analyses conducted by maximum parsimony, maximum‐likelihood and neighbour‐joining methods yielded almost identical phylogenetic reconstructions of trees that separated whiteflies based on geographical origin. The 16S and COI sequence data indicate that the B‐biotype originated in the Old World (Europe, Asia and Africa) and is most closely related to B‐like variants from Israel and Yemen, with the next closest relative being a biotype from Sudan. These data confirm the biochemical, genetic and behavioural polymorphisms described previously for B. tabaci . The consideration of all global variants of B. tabaci as a highly cryptic group of sibling species is argued.

Summary Eighteen populations of Bemisia tabaci , collected from different geographic locations (North & Central America, the Caribbean, Africa, the Middle East, Asia and Europe), were studied to identify and compare biological and genetic characteristics that can be used to differentiate biotypes. The morphology of the fourth instar/pupal stage and compound eye structures of adults were investigated using scanning electron microscopy and found to be typical of the species among all biotypes and populations studied. Setae and spines of B. tabaci larval scales from the same colony were highly variable depending on the host plant species or leaf surface characteristics. The location and the morphology of caudal setae, characteristic of all B. tabaci studied to date, were present in all colonies. However, differences in adult body lengths and in the ability to induce phy to toxic disorders in certain plant species were found between biotypes or populations. The recently identified “B” biotype, characterised by a diagnostic esterase banding pattern and by its ability to induce phytotoxic responses in squash, honeysuckle and nightshade was readily distinguished from non‐“B” biotype populations. None of the non‐“B” biotypes studied, were found to induce phytotoxic responses. Nine populations examined showed typical “B” biotype characteristics, regardless of country of origin. All tested populations, determined as “B” or “B”‐like biotypes successfully mated with other “B” biotype colonies from different geographic areas. Non‐“B” biotype colonies did not interbreed with other biotypes. The B. tabaci populations were tested for their ability to transmit 15 whitefly‐transmitted geminiviruses (WTGs) from different geographic areas with a wide range of symptom types. All WTGs were transmitted by the “B” biotype colonies and by most non‐“B” biotype colonies, with the exception of three viruses found in ornamental plants which were non‐transmissible by any colony. Some non‐“B” biotypes would not transmit certain geminiviruses and some geminiviruses were more efficiently transmitted than were others.

The sweetpotato whitefly Bemisia tabaci is a highly destructive agricultural and ornamental crop pest. It damages host plants through both phloem feeding and vectoring plant pathogens. Introductions of B. tabaci are difficult to quarantine and eradicate because of its high reproductive rates, broad host plant range, and insecticide resistance. A total of 791 Gb of raw DNA sequence from whole genome shotgun sequencing, and 13 BAC pooling libraries were generated by Illumina sequencing using different combinations of mate-pair and pair-end libraries. Assembly gave a final genome with a scaffold N50 of 437 kb, and a total length of 658 Mb. Annotation of repetitive elements and coding regions resulted in 265.0 Mb TEs (40.3%) and 20 786 protein-coding genes with putative gene family expansions, respectively. Phylogenetic analysis based on orthologs across 14 arthropod taxa suggested that MED/Q is clustered into a hemipteran clade containing A. pisum and is a sister lineage to a clade containing both R. prolixus and N. lugens. Genome completeness, as estimated using the CEGMA and Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs pipelines, reached 96% and 79%. These MED/Q genomic resources lay a foundation for future ‘pan-genomic’ comparisons of invasive vs. noninvasive, invasive vs. invasive, and native vs. exotic Bemisia, which, in return, will open up new avenues of investigation into whitefly biology, evolution, and management.

Envy is a pan-human phenomenon, universally feared, at least subconsciously, as a particularly dangerous emotion, since it implies hostility and aggression capable of destroying individuals and even societies. Especially in Western society, man has rather successfully repressed his true feelings about envy, which he is taught is the most shameful and reprehensible of all emotions. But even while denying it, man in all cultures has found devices, most but not all of which are symbolic, to cope with his fear of the consequences of envy. In this paper I distinguish between envy and jealousy (the terms are badly confused in English), note the objects that most frequently cause envy (food, children, and health), and analyze envy relationships between both conceptual equals and conceptual nonequals (concluding that one does not "envy down"). I then note the ways in which envy is expressed, including the symbolic "compliment," much feared in many societies because it is recognized as an expression of envy. Particularly striking is the fact that in those situations in which the envy of others is feared, culture dictates a strategy of evasive behavior based on a specific sequence of preferred choices. That is, when an individual fears envy he first attempts to conceal his good fortune; when this is not practical, he falls back on denial that there is reason to envy him; when this is not adequate, he symbolically shares, and only as a last resort does he truly share. This sequence is illustrated with a detailed comparative analysis of food-envy behavior, including tipping, which is explained as a symbolic device to buy off the envy of the waiter. Cultural forms used by an individual to cope with the fear that he is suspected of envy are then noted, as are those used by a person who fears to acknowledge his own envy. Finally, institutional devices to reduce envy are discussed briefly. The paper stresses the ways in which cultural forms have been developed to aid man in coping with psychological problems.

DNA β molecules are symptom-modulating, single-stranded DNA satellites associated with monopartite begomoviruses (family Geminiviridae). Such molecules have thus far been shown to be associated with Ageratum yellow vein virus from Singapore and Cotton leaf curl Multan virus from Pakistan. Here, 26 additional DNA β molecules, associated with diverse plant species obtained from different geographical locations, were cloned and sequenced. These molecules were shown to be widespread in the Old World, where monopartite begomoviruses are known to occur. Analysis of the sequences revealed a highly conserved organization for DNA β molecules consisting of a single conserved open reading frame, an adenine-rich region, and a region of high sequence conservation [the satellite conserved region (SCR)]. The SCR contains a potential hairpin structure with the loop sequence TAA/GTATTAC; similar to the origins of replication of geminiviruses and nanoviruses. Two major groups of DNA β satellites were resolved by phylogenetic analyses. One group originated from hosts within the Malvaceae and the second from a more diverse group of plants within the Solanaceae and Compositae. Within the two clusters, DNA β molecules showed relatedness based both on host and geographic origin. These findings strongly support coadaptation of DNA β molecules with their respective helper begomoviruses.

Evolution of resistance by pests is the main threat to long-term insect control by transgenic crops that produce Bacillus thuringiensis (Bt) toxins. Because inheritance of resistance to the Bt toxins in transgenic crops is typically recessive, DNA-based screening for resistance alleles in heterozygotes is potentially much more efficient than detection of resistant homozygotes with bioassays. Such screening, however, requires knowledge of the resistance alleles in field populations of pests that are associated with survival on Bt crops. Here we report that field populations of pink bollworm ( Pectinophora gossypiella ), a major cotton pest, harbored three mutant alleles of a cadherin-encoding gene linked with resistance to Bt toxin Cry1Ac and survival on transgenic Bt cotton. Each of the three resistance alleles has a deletion expected to eliminate at least eight amino acids upstream of the putative toxin-binding region of the cadherin protein. Larvae with two resistance alleles in any combination were resistant, whereas those with one or none were susceptible to Cry1Ac. Together with previous evidence, the results reported here identify the cadherin gene as a leading target for DNA-based screening of resistance to Bt crops in lepidopteran pests.