Understanding adaptive immunity against SARS-CoV-2 is a major requisite for the development of effective vaccines and treatments for COVID-19. CD4+ T cells play an integral role in this process primarily by generating antiviral cytokines and providing help to antibody-producing B cells. To empower detailed studies of SARS-CoV-2-specific CD4+ T cell responses in mouse models, we comprehensively mapped I-Ab restricted epitopes for the spike and nucleocapsid proteins of the BA.1 variant of concern via IFNγ ELISpot assay. This was followed by the generation of corresponding peptide:MHCII tetramer reagents to directly stain epitope-specific T cells. Using this rigorous validation strategy, we identified 6 reliably immunogenic epitopes in spike and 3 in nucleocapsid, all of which are conserved in the ancestral Wuhan strain. We also validated a previously identified epitope from Wuhan that is absent in BA.1. These epitopes and tetramers will be invaluable tools for SARS-CoV-2 antigen-specific CD4+ T cell studies in mice.

Prolonging the clinical effectiveness of β-lactams, which remain first-line antibiotics for many infections, is an important part of efforts to address antimicrobial resistance. We report here that inactivation of the predicted D-cycloserine (DCS) transporter gene cycA re-sensitized MRSA to β-lactam antibiotics. The cycA mutation also resulted in hyper-susceptibility to DCS, an alanine analogue antibiotic that inhibits alanine racemase and D-alanine ligase required for D-alanine incorporation into cell wall peptidoglycan (PG). Alanine transport was impaired in the cycA mutant and this correlated with increased susceptibility to oxacillin and DCS. The cycA mutation or exposure to DCS were both associated with the accumulation of muropeptides with tripeptide stems lacking the terminal D-ala-D-ala and reduced PG crosslinking, prompting us to investigate synergism between β-lactams and DCS. DCS re-sensitised MRSA to β-lactams in vitro and significantly enhanced MRSA eradication by oxacillin in a mouse bacteraemia model. These findings reveal alanine transport as a new therapeutic target to enhance the susceptibility of MRSA to β-lactam antibiotics.

Multiphoton intravital microscopy (MP-IVM) is an imaging technique used for the observation of living organisms at a microscopic resolution. The tissue of interest is exposed through a window allowing imaging of cells in real time. Using MP-IVM, the temporospatial kinetics of leukocyte transendothelial migration can be visualized and quantitated using reporter mice and cell-specific fluorophore-conjugated monoclonal antibodies to track the leukocytes within and outside of vascular beds. Here we describe a method used to study neutrophil transendothelial migration and blood-brain barrier permeability in a mouse model of herpes simplex virus I (HSV) encephalitis.