Persistence of adenovirus type 5 in blood has implications for the pathogenicity of the virus infection and for the use of this virus in oncolysis and gene therapy. In this study, the kinetics of adenovirus clearance from blood in mice has been evaluated. After a single inoculation of concentrated virus into the vena cava, virus half-life was less than 2 min. Depletion of Kupffer cells (KC) resulted in increased viraemia. After tail-vein injection, virus and latex beads co-localized within KC. An important factor in clearance by KC is the negative charge of particles. Deletion of the hexon hypervariable region 1 acidic stretch decreased the negative charge of the virion but it did not increase blood persistence. Coating with PEG (‘PEGylation’) reduced the clearance rate but also reduced infectivity.

Abstract Arming oncolytic adenoviruses with therapeutic transgenes is a well-established strategy for multimodal tumour attack. However, this strategy sometimes leads to unexpected attenuated viral replication and a loss of oncolytic effects, preventing these viruses from reaching the clinic. Previous work has shown that altering codon usage in viral genes can hamper viral fitness. Here, we have analysed how transgene codon usage impacts viral replication and oncolytic activity. We observe that, although transgenes with optimised codons show high expression levels at a first round of infection, they impair viral fitness and are therefore not expressed in a sustained manner. Conversely, transgenes encoded by suboptimal codons do not compromise viral replication and are thus stably expressed over time allowing a greater oncolytic activity both in vitro and in vivo . Altogether, our work shows that fine-tuning codon usage leads to a concerted optimisation of transgene expression and viral replication paving the way for the rational design of more efficacious oncolytic therapies.

Abstract Lack of a dedicated integrated pipeline for neoantigen discovery in mice hinders cancer immunotherapy research. Novel sequential approaches through recurrent neural networks can improve the accuracy of T-cell epitope immunogenicity predictions in mice, and a simplified variant selection process can reduce operational requirements. We have developed a web server tool ( NAP-CNB ) for a full and automatic pipeline based on recurrent neural networks, to predict putative neoantigens from tumoral RNA sequencing reads. The developed software can estimate H-2 peptide ligands, with an AUC of 0.95, directly from tumor samples. As a proof-of-concept, we used the B16 melanoma model to test the system’s predictive capabilities, and we report its putative neoantigens. NAP-CNB web server is freely available at http://biocomp.cnb.csic.es/NeoantigensApp/ with scripts and datasets accessible through the download section.

Uveal melanoma (UM) is the most common ocular malignancy in adults. Nearly 95% of UM patients carry the mutually exclusive mutations in the homologous genes GNAQ (aminoacid change Q209L/Q209P) and GNA11 (aminoacid change Q209L). UM is located in an immunosuppressed organ and do not suffer immunoediting. Therefore, we hypothesize that driver mutations in GNAQ/11 genes could be recognized by the immune system. Genomic and transcriptomic data for primary uveal tumors was collected from TCGA-UM dataset (n=80). The immunogenic potential for GNAQ/GNA11 Q209L/Q209P mutations was assessed using a variety of tools and HLA types information. The immune microenvironment was characterized using gene expression data. All prediction tools showed stronger GNAQ/11 Q209L binding to HLA. The immunogenicity analysis revealed that Q209L is likely to be presented by more than 73% of individuals in 1000G database whereas Q209P is only predicted to be presented in 24% of individuals. GNAQ/11 Q209L showed higher likelihood to be presented by HLA-I molecules than almost all driver mutations analyzed. Samples carrying Q209L had a higher immune-reactive phenotype: (i) expression of antigen presenting genes HLA-A (p=0.009) and B2M (p=0.043); (ii) immunophenoscore (p=0.008); (iii) infiltration of immune system cells NK (p=0.002) and CD8+ T lymphocytes (p=0.02). Results suggest a high potential immunogenicity of the GNAQ/11 Q209L variant that could allow the generation of novel therapeutic tools to treat UM like neoantigen vaccinations.

TPS2674 Background: Tumors associated with SWI/SNF complex (SWI/SNFc) mutations, mainly SMARCA4 and SMARCB1 loss, are a heterogeneous group of malignancies with rhabdoid features that typically affect young patients (pts). These are aggressive malignancies with poor prognosis for which no standard treatment is available. Despite not having a high tumor mutation burden, tumor infiltrating lymphocytes (TILs) are usually present in high numbers. The biologic reasons for this feature are not clearly understood but might be associated to changes in gene expression due to aberrant chromatin remodeling. However, these TILs indicate that tumor antigens are recognized by lymphocytes unveiling a vulnerability that can be exploited by immunotherapy. The objective of the TILTS study is to develop a personalized adoptive cell therapy using TILs in pts affected by these tumors. Methods: Single arm, multi center, phase 2 study of TILs in pts with advanced tumors associated with SWI/SNFc mutations. Pts are treated at 3 centers in Spain: Catalan Institute of Oncology (ICO), Barcelona, Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO), Barcelona, and Centro Integral Oncológico Clara Campal (HM CIOCC), Madrid. Primary endpoint is overall response rate (ORR) by RECIST 1.1. Secondary endpoints include toxicity evaluation, duration of response (DOR), progression-free survival (PFS) or overall survival (OS). After informed consent is obtained, tumor resection is performed. Total volume of tumor resected should be at least 1.5 cc to assure TIL isolation. Eligible pts enter the treatment phase. TILs are produced under GMP conditions. During the TILs manufacturing process, pts are allowed to receive standard treatment if clinically indicated. Before TIL infusion, pts receive non-myeloablative preconditioning lymphodepletion with daily intravenous (IV) cyclophosphamide (60 mg/kg; IV x2 doses) and daily fludarabine (25 mg/m2; IV x5 doses). Infusion of autologous TILs is given on Day 0 followed by administration of IL-2 at 600,000 international units (IU)/kg every 8-12 hours for a maximum of 6 doses. After 4 weeks, a new tumor biopsy is optional. First image evaluation is performed after 8 weeks from TIL infusion. Pts without progression enter the follow-up phase. An ancillary translational study will explore mechanisms of immunogenicity, antigen recognition, TILs anti-tumor activity, and changes in the stool microbiome and specific TCR population during treatment. Also, tumor immune microenvironment will be analyzed. Clinical trial information: 2023-504632-17-00 . [Table: see text]

Oncolytic viruses often face challenges in achieving optimal antitumor immunity as standalone therapies. The penton base RGD-integrin interactions play a significant role in wild-type adenovirus-induced innate immune responses. To modify these responses, we present ISC301, a novel oncolytic adenovirus engineered by deleting the natural RGD motifs in the penton base while incorporating artificial RGD motifs in the fiber knobs. ISC301 demonstrated comparable

In this study, we present a proof-of-concept classical vaccination experiment that validates the in silico identification of tumor neoantigens (TNAs) using a machine learning-based platform called NAP-CNB. Unlike other TNA predictors, NAP-CNB leverages RNAseq data to consider the relative expression of neoantigens in tumors. Our experiments show the efficacy of NAP-CNB. Predicted TNAs elicited potent antitumor responses in vivo following classical vaccination protocols. Notably, optimal antitumor activity was observed when targeting the antigen with higher expression in the tumor, which was not the most immunogenic. Additionally, the vaccination combining different neoantigens resulted in vastly improved responses compared to each one individually, showing the worth of multiantigen-based approaches. These findings validate NAP-CNB as an innovative TNA-identification platform and make a substantial contribution to advancing the next generation of personalized immunotherapies.