Felix Stickel and colleagues report the results of a genome-wide association study of alcohol-related cirrhosis. They confirm PNPLA3 as a susceptibility locus and identify new association signals in MBOAT7 and TM6SF2. Alcohol misuse is the leading cause of cirrhosis and the second most common indication for liver transplantation in the Western world1,2,3. We performed a genome-wide association study for alcohol-related cirrhosis in individuals of European descent (712 cases and 1,426 controls) with subsequent validation in two independent European cohorts (1,148 cases and 922 controls). We identified variants in the MBOAT7 (P = 1.03 × 10−9) and TM6SF2 (P = 7.89 × 10−10) genes as new risk loci and confirmed rs738409 in PNPLA3 as an important risk locus for alcohol-related cirrhosis (P = 1.54 × 10−48) at a genome-wide level of significance. These three loci have a role in lipid processing, suggesting that lipid turnover is important in the pathogenesis of alcohol-related cirrhosis.

Abstract Fat accumulation, de novo lipogenesis, and glycolysis are key drivers of hepatocyte reprogramming and the consequent metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD). Here we report that obesity leads to dysregulated expression of hepatic protein-tyrosine phosphatases (PTPs). PTPRK was found to be increased in steatotic hepatocytes in both humans and mice, and positively correlated with PPARγ-induced lipogenic signalling. High-fat-fed PTPRK knockout mice displayed reduced weight gain and hepatic fat accumulation. Phosphoproteomic analysis in primary hepatocytes and hepatic metabolomics identified fructose-1,6-bisphosphatase 1 and glycolysis as PTPRK targets in metabolic reprogramming. Silencing PTPRK in hepatoma cell lines resulted in reduced colony-forming ability and PTPRK knockout mice developed smaller tumours after diethylnitrosamine-induced hepatocarcinogenesis. Our study defines a novel role for PTPRK in regulating hepatic glycolysis, lipid metabolism, and tumour development. PTPRK inhibition may provide therapeutic possibilities in obesity-associated liver diseases. Highlights Hepatic receptor-type PTPs are increased in MASLD PTPRK is expressed in hepatocytes and upregulated in obesity PTPRK deficiency reduces body fat mass and liver steatosis in diet-induced obesity PTPRK regulates hepatic glycolysis and lipogenesis, promoting tumorigenesis

ABSTRACT Background and Aims Metabolic dysfunction-associated steatohepatitis (MASH) is a progressive liver disease that can lead to fibrosis, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. Though MASH is closely tied to metabolic risk factors, the underlying pathogenic mechanisms remain scarcely understood. Recent research underscores the importance of the gut-liver axis in its pathogenesis, an aspect less explored in human studies. Here, we investigated whether the duodenal epithelium of MASH patients, could exhibit intrinsic dysfunctions. Methods Duodenal epithelial organoids were generated from 16 MASH patients and 14 healthy controls. Biopsies and patient-derived organoid transcriptomes were then analyzed to evaluate if specific intestinal pathways were differentially modulated in MASH subjects. Functional assays were performed to assess the duodenal epithelial digestive potential and barrier functionality. Results Organoid formation efficiency was similar between control-derived epithelial organoids (CDEOs) and MASH-derived epithelial organoids (MDEOs) (71% and 69%, respectively). Despite global heterogeneity in growth patterns, MDEOs frequently exhibited cystic spheroid morphology. MDEOs displayed altered digestive homeostasis associated with reduced mature absorptive cell fate, but they retained their lipid metabolic capacity, possibly mediated by lipid oxidation in stem/progenitor cells. Additionally, MDEOs misexpressed components of tight and adherens junctions and desmosomes compared to controls. However, MDEOs maintained pore and leak pathway integrity, indicating that the duodenal epithelial barrier remained functionally preserved under tested conditions. Conclusions This study provides evidence that the duodenal epithelium of MASH patients exhibits significant alterations in its digestive and barrier functions. This study sheds light on the intricate dynamics of duodenal epithelial alterations in MASH, highlighting potential therapeutic avenues for restoring intestinal homeostasis.