Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
JP
Josef Pasulka
Author with expertise in Mechanisms and Applications of RNA Interference
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(63% Open Access)
Cited by:
4
h-index:
16
/
i10-index:
20
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Enhanced RNAi does not provide efficient innate antiviral immunity in mice

Marcos Kulmann et al.Jan 7, 2025
Abstract In RNA interference (RNAi), long double-stranded RNA is cleaved by the Dicer endonuclease into small interfering RNAs (siRNAs), which guide degradation of complementary RNAs. While RNAi mediates antiviral innate immunity in plants and many invertebrates, vertebrates have adopted a sequence-independent response and their Dicer produces siRNAs inefficiently because it is adapted to process small hairpin microRNA precursors in the gene-regulating microRNA pathway. Mammalian endogenous RNAi is thus a rudimentary pathway of unclear significance. To investigate its antiviral potential, we modified the mouse Dicer locus to express a truncated variant (DicerΔHEL1) known to stimulate RNAi and we analyzed how DicerΔHEL1/wt mice respond to four RNA viruses: coxsackievirus B3 and encephalomyocarditis virus from Picornaviridae; tick-borne encephalitis virus from Flaviviridae; and lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) from Arenaviridae. Increased Dicer activity in DicerΔHEL1/wt mice did not elicit any antiviral effect, supporting an insignificant antiviral function of endogenous mammalian RNAi in vivo. However, we also observed that sufficiently high expression of DicerΔHEL1 suppressed LCMV in embryonic stem cells and in a transgenic mouse model. Altogether, mice with increased Dicer activity offer a new benchmark for identifying and studying viruses susceptible to mammalian RNAi in vivo.
0

Restricted and non-essential redundancy of RNAi and piRNA pathways in mouse oocytes

Eliška Táborská et al.Jun 20, 2019
Germline genome defense evolves to recognize and suppress retrotransposons. One of defensive mechanisms is the PIWI-associated RNA (piRNA) pathway, which employs small RNAs for sequence-specific post-transcriptional and transcriptional repression. The loss of the piRNA pathway in mice causes male sterility while females remain fertile. Unlike spermatogenic cells, mouse oocytes have also RNA interference (RNAi), another small RNA pathway capable of retrotransposon suppression. To examine whether RNAi compensates the loss of the piRNA pathway in mouse oocytes, we produced a new RNAi pathway mutant DicerSOM and crossed it with a catalytically-dead mutant of Mili, an essential piRNA gene. Normal follicular and oocyte in double mutants showed that RNAi does not suppress a strong piRNA knock-out phenotype. However, we observed redundant and non-redundant targeting of specific retrotransposons. Intracisternal A Particle retrotransposon was mainly targeted by the piRNA pathway, MT and RLTR10 retrotransposons were targeted mainly by RNAi. Importantly, only double mutants showed increased background levels of transcripts potentially originating from intact LINE-1 elements. Our results thus show that while both small RNA pathways are simultaneously expendable defense pathways for ovarian oocyte development, yet another transcriptional silencing mechanism must mediate LINE-1 repression in female germ cells.
0

Enhanced RNAi does not provide efficient innate antiviral immunity in micein vivo

Marcos Kulmann et al.Jul 29, 2024
Abstract In RNA interference (RNAi), long double-stranded RNA (dsRNA) is cleaved by Dicer endonuclease into small RNA interfering RNAs (siRNAs), which guide degradation of complementary RNAs. While RNAi mediates antiviral innate immunity in plants and many invertebrates, vertebrates adopted sequence-independent response and their Dicer produces siRNAs inefficiently because it is adapted to process small hairpin microRNA precursors in the gene-regulating microRNA pathway. Mammalian RNAi is thus a rudimentary pathway of unclear significance. To investigate its antiviral potential, we modified mouse Dicer locus to express a truncated variant (Dicer ΔHEL1 ) known to stimulate RNAi. Next, we analyzed how Dicer ΔHEL1/wt mice respond to four RNA viruses: Coxsackievirus B3 (CVB3) and encephalomyocarditis virus (ECMV) from Picornaviridae ; tick-borne encephalitis virus (TBEV) from Flaviviridae ; and lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) from Arenaviridae . Increased Dicer activity in Dicer ΔHEL1/wt mice did not elicit any antiviral effect. supporting insignificant antiviral function of endogenous mammalian RNAi in vivo . However, we also report that sufficiently high expression of Dicer ΔHEL1 suppressed LCMV in embryonic stem cells and in a transgenic mouse model. Altogether, mice with increased Dicer activity offer a new benchmark for identifying and studying viruses susceptible to mammalian RNAi in vivo .
0

Main constraints for RNAi induced by expressed long dsRNA in mouse cells

Tomáš Demeter et al.Dec 3, 2018
RNA interference (RNAi) is sequence-specific mRNA degradation guided by small RNAs (siRNAs) produced from long double-stranded RNA (dsRNA) by RNase Dicer. Proteins executing RNAi are present in mammalian cells but sustain a gene-regulating microRNA pathway while dsRNA-induced innate immunity relies on a sequence-independent interferon response. While striving to benchmark mammalian RNAi analysis, we report that the main RNAi constraint is siRNA production, which integrates Dicer activity, dsRNA structure, and siRNA targeting efficiency. Unexpectedly, increased expression of dsRNA-binding Dicer co-factors TARBP2 or PACT reduces RNAi but not microRNA function. Elimination of Protein Kinase R, a key dsRNA sensor for interferon response, had minimal positive effects in fibroblasts. Without increasing Dicer activity, RNAi can occur when the first Dicer cleavage of an abundant dsRNA produces an efficient siRNA. In mammals, efficient RNAi may effectively employ substrates, which have some features of microRNA precursors, hence bringing the two pathways mechanistically even closer. At the same time, Dicer substrate optimization, which viruses would avoid, represents an opportunity for evolving RNAi, yet unlikely as an antiviral system.