Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
HR
Hazır Rahman
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
20
/
i10-index:
32
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Allele mining, evolutionary genetic analysis of TaHKT1;5 gene and evaluation of salinity stress in selected lines of wheat

K. Thiyagarajan et al.Apr 3, 2022
ABSTRACT This study reports the novel allelic diversity in HKT 1;5 gene ( High Affinity Potassium Transporter ) in bread wheat and its phylogenetic relationship among the paralogs/orthologs of in Triticum aestivum and its wild relatives. HKT 1;5 gene is a known and pivotal gene associated with the salinity tolerance in plants upon the discrimination of K + over Na + in leaves without change in Na + concentration in root. This gene was sequenced in a diverse collection of bread wheat, durum wheat, wild relatives, and ditelosomic lines. Sequence analysis in bread wheat led to the identification of four alleles, which could be distinguished by number of SNPs. Sequence comparison between monocot bread wheat and dicot Arabidopsis thaliana revealed that the HKT1;5 gene is conserved at level of exonic regions; however, the presence of transposable elements especially in intronic regions is further intriguing towards evolutionary relatedness. Two paralogous or major alleles observed in Triticum monoccum and Aegilops tauschii were further categorized as sub-alleles based on their SNPs comparison. This gene was absent in T. urartu in accordance with existing evidence, while it was found in A. speltoides (an allelic variant) with a few base pairs insertion in the exon1 region causing a frameshift mutation with an altered amino acids and genomic database mining unveiled additional alleles in this species. Ditelosomic lines with 4DL and 4DS chromosomes revealed a higher similarity with bread and durum wheat respectively. Phylogenetic studies of HKT1;5 orthologs from different Poaceae species revealed the occurrence of five different ortholog groups with taxonomic consistency. Phenotyping based salinity stress experiment distinguished the unknown lines for salinity tolerance and sensitiveness in comparison with known reference lines and possible allelic comparison was made. The salinity stress analysis further revealed that some known drought/heat tolerance lines showed slightly better salinity tolerance with mean values and variability of traits than known saline tolerant wheat line at controlled ambient.
1
Citation1
0
Save
0

Screening, Characterization and Optimization of antibacterial peptides, produced by Bacillus safensis strain MK-12 isolated from waste dump soil KP, Pakistan

Sajid Iqbal et al.Apr 25, 2018
Aims: The current study was designed to isolate, screen and identify the indigenous soil antibacterial exhibiting bacteria (AEB) and effect of various parameters on growth of AEB and antibacterial peptides production. Methods and results: The soil isolates were screened for antagonistic activity against a set of ATCC and local MDR human pathogenic bacterial strains. The antibacterial compound was protein in nature, exhibited no haemolysis and molecular weight was less than 20 KDa. The potential AEB isolate was identified by morphology, biochemical testing and by 16S rRNA gene sequencing as B. safensis MK-12. Growth and antibacterial activity was optimized for B. safensis strain MK-12, exhibited maximum growth as well as antibacterial activity after 48 hours of incubation at pH 8, 30 Â°C in shaking incubator when fermented in optimized medium. Conclusion: The current study results indicate that indigenous soil is rich source of AEB and could be a promising source of antimicrobial compounds to fight against MDR bacteria in future. Significance and impact: This is the first scientific report on soil bacteria from northern region of Pakistan as per our knowledge. Therefore, screening of soil bacteria for antibacterial activity from unexplored area may contribute towards new antibiotic. Selected soil strain in the current study exhibited promising antibacterial activity against human pathogenic MDR bacterial strains.