Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
JM
Juha Mykkänen
Author with expertise in Diversity and Function of Gut Microbiome
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
273
h-index:
25
/
i10-index:
46
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Bacteroides dorei dominates gut microbiome prior to autoimmunity in Finnish children at high risk for type 1 diabetes

Austin Davis‐Richardson et al.Dec 10, 2014
The incidence of the autoimmune disease, type 1 diabetes (T1D), has increased dramatically over the last half century in many developed countries and is particularly high in Finland and other Nordic countries. Along with genetic predisposition, environmental factors are thought to play a critical role in this increase. As with other autoimmune diseases, the gut microbiome is thought to play a potential role in controlling progression to T1D in children with high genetic risk, but we know little about how the gut microbiome develops in children with high genetic risk for T1D. In this study, the early development of the gut microbiomes of 76 children at high genetic risk for T1D was determined using high-throughput 16S rRNA gene sequencing. Stool samples from children born in the same hospital in Turku, Finland were collected at monthly intervals beginning at 4-6 months after birth until 2.2 years of age. Of those 76 children, 29 seroconverted to T1D-related autoimmunity (cases) including 22 who later developed T1D, the remaining 47 subjects remained healthy (controls). While several significant compositional differences in low abundant species prior to seroconversion were found, one highly abundant group composed of two closely related species, Bacteroides dorei and Bacteroides vulgatus, was significantly higher in cases compared to controls prior to seroconversion. Metagenomic sequencing of samples high in the abundance of the B. dorei/vulgatus group before seroconversion, as well as longer 16S rRNA sequencing identified this group as Bacteroides dorei. The abundance of B. dorei peaked at 7.6 months in cases, over 8 months prior to the appearance of the first islet autoantibody, suggesting that early changes in the microbiome may be useful for predicting T1D autoimmunity in genetically susceptible infants. The cause of increased B. dorei abundance in cases is not known but its timing appears to coincide with the introduction of solid food.
0
Citation266
0
Save
4

Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulfite sequencing data analysis of human umbilical cord blood samples

Essi Laajala et al.May 18, 2021
Abstract Background DNA methylation patterns are largely established in-utero and might mediate the impacts of in-utero conditions on later health outcomes. Associations between perinatal DNA methylation marks and pregnancy-related variables, such as maternal age and gestational weight gain, have been earlier studied with methylation microarrays, which typically cover less than 2 % of human CpG sites. To detect such associations outside these regions, we chose the bisulfite sequencing approach. Methods We collected and curated all available clinical data on 200 newborn infants; whose umbilical cord blood samples were analyzed with the reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) method. A generalized linear mixed effects model was fit for each high coverage CpG site, followed by spatial and multiple testing adjustment of P values to identify differentially methylated cytosines (DMCs) and regions (DMRs) associated with clinical variables such as maternal age, mode of delivery, and birth weight. Type 1 error rate was then evaluated with a permutation analysis. Results We discovered a strong inflation of spatially adjusted P values through the permutation analysis, which we then applied for empirical type 1 error control. Based on empirically estimated significance thresholds, very little differential methylation was associated with any of the studied clinical variables, other than sex. With this analysis workflow, the sex-associated differentially methylated regions were highly reproducible across studies, technologies, and statistical models. Conclusions The inflation of P values was caused by a common method for spatial adjustment and DMR detection, implemented in tools comb-p and RADMeth. With standard significance thresholds, type 1 error rates were high with both these implementations, across alternative parameter settings and analysis strategies. We conclude that comb-p and RADMeth are convenient methods for the detection of differentially methylated regions, but the statistical significance should either be determined empirically or before the spatial adjustment. Our RRBS data analysis workflow is available in https://github.com/EssiLaajala/RRBS_workflow .
4
Citation2
0
Save
0

Randomized 20-year infancy-onset dietary intervention, life-long cardiovascular risk factors and retinal microvasculature

Oskari Repo et al.Jul 12, 2024
Abstract Background and Aims Retinal microvasculature characteristics predict cardiovascular morbidity and mortality. This study investigated associations of lifelong cardiovascular risk factors and effects of dietary intervention on retinal microvasculature in young adulthood. Methods The cohort is derived from the longitudinal Special Turku Coronary Risk Factor Intervention Project study. The Special Turku Coronary Risk Factor Intervention Project is a 20-year infancy-onset randomized controlled dietary intervention study with frequent study visits and follow-up extending to age 26 years. The dietary intervention aimed at a heart-healthy diet. Fundus photographs were taken at the 26-year follow-up, and microvascular measures [arteriolar and venular diameters, tortuosity (simple and curvature) and fractal dimensions] were derived (n = 486). Cumulative exposure as the area under the curve for cardiovascular risk factors and dietary components was determined for the longest available time period (e.g. from age 7 months to 26 years). Results The dietary intervention had a favourable effect on retinal microvasculature resulting in less tortuous arterioles and venules and increased arteriolar fractal dimension in the intervention group when compared with the control group. The intervention effects were found even when controlled for the cumulative cardiovascular risk factors. Reduced lifelong cumulative intake of saturated fats, main target of the intervention, was also associated with less tortuous venules. Several lifelong cumulative risk factors were independently associated with the retinal microvascular measures, e.g. cumulative systolic blood pressure with narrower arterioles. Conclusions Infancy-onset 20-year dietary intervention had favourable effects on the retinal microvasculature in young adulthood. Several lifelong cumulative cardiovascular risk factors were independently associated with retinal microvascular structure.
0

Lower hemoglobin levels associate with lower body mass index and healthier metabolic profile

Juha Auvinen et al.Nov 19, 2018
Hemoglobin (Hb) is the main carrier of oxygen. In general, high-end Hb levels within the normal range are considered beneficial for health1. However, activation of the hypoxia response has been shown to protect mice against metabolic dysfunction2-4. We used Hb levels as an indicator for oxygenation status and studied its association with >170 anthropometric and metabolic parameters in two Finnish birth cohorts both in cross-sectional and longitudinal design (max n = 7,175). Here we show a positive linear association between Hb levels and body mass index (BMI). Subjects with the lower Hb levels had better glucose tolerance, lower cholesterol and blood pressure levels, less adverse metabolite profiles and lower inflammatory load. Notably, these associations were not only mediated by the lower BMI, and the effect size of many of them increased with age. Polygenic risk score (PRS) analyses indicated shared genetic determinants between Hb levels and BMI, insulin, triglyceride and HDL cholesterol levels. Mendelian randomization (MR) analyses could not demonstrate causal relationships between Hb and metabolic parameters. However, manipulation of Hb levels by venesection in mice showed evidence for causal associations with body weight and metabolic parameters. Our findings suggest that lower-end normal Hb levels may be favorable for systemic metabolism involving mild chronic activation of the hypoxia response. Therefore modulation of Hb levels could be a novel strategy towards maintenance of metabolic health.