The distributions of amphibians, birds and mammals have underpinned global and local conservation priorities, and have been fundamental to our understanding of the determinants of global biodiversity. In contrast, the global distributions of reptiles, representing a third of terrestrial vertebrate diversity, have been unavailable. This prevented the incorporation of reptiles into conservation planning and biased our understanding of the underlying processes governing global vertebrate biodiversity. Here, we present and analyse the global distribution of 10,064 reptile species (99% of extant terrestrial species). We show that richness patterns of the other three tetrapod classes are good spatial surrogates for species richness of all reptiles combined and of snakes, but characterize diversity patterns of lizards and turtles poorly. Hotspots of total and endemic lizard richness overlap very little with those of other taxa. Moreover, existing protected areas, sites of biodiversity significance and global conservation schemes represent birds and mammals better than reptiles. We show that additional conservation actions are needed to effectively protect reptiles, particularly lizards and turtles. Adding reptile knowledge to a global complementarity conservation priority scheme identifies many locations that consequently become important. Notably, investing resources in some of the world's arid, grassland and savannah habitats might be necessary to represent all terrestrial vertebrates efficiently.

Background With over 3,500 species encompassing a diverse range of morphologies and ecologies, snakes make up 36% of squamate diversity. Despite several attempts at estimating higher-level snake relationships and numerous assessments of generic- or species-level phylogenies, a large-scale species-level phylogeny solely focusing on snakes has not been completed. Here, we provide the largest-yet estimate of the snake tree of life using maximum likelihood on a supermatrix of 1745 taxa (1652 snake species + 7 outgroup taxa) and 9,523 base pairs from 10 loci (5 nuclear, 5 mitochondrial), including previously unsequenced genera (2) and species (61). Results Increased taxon sampling resulted in a phylogeny with a new higher-level topology and corroborate many lower-level relationships, strengthened by high nodal support values (> 85%) down to the species level (73.69% of nodes). Although the majority of families and subfamilies were strongly supported as monophyletic with > 88% support values, some families and numerous genera were paraphyletic, primarily due to limited taxon and loci sampling leading to a sparse supermatrix and minimal sequence overlap between some closely-related taxa. With all rogue taxa and incertae sedis species eliminated, higher-level relationships and support values remained relatively unchanged, except in five problematic clades. Conclusion Our analyses resulted in new topologies at higher- and lower-levels; resolved several previous topological issues; established novel paraphyletic affiliations; designated a new subfamily, Ahaetuliinae, for the genera Ahaetulla, Chrysopelea, Dendrelaphis, and Dryophiops; and appointed Hemerophis (Coluber) zebrinus to a new genus, Mopanveldophis. Although we provide insight into some distinguished problematic nodes, at the deeper phylogenetic scale, resolution of these nodes may require sampling of more slowly-evolving nuclear genes.

Using an allometric growth model to correct for body size variation has been known for many decades to be superior to several other widely used methods such as ratios, analysis of covariance, principal components analysis, and residual analysis. However, this technique remains relatively obscure and rarely applied. We optimize the implementation of this method through a newly developed and easy-to-use R package GroupStruct and use empirical datasets to test its relative efficacy compared to several commonly used methods. Our results demonstrate the superiority of the allometric method and highlights the negative impacts of applying improper body size correction methods.

Phylogenetic and morphological analyses delimit and diagnose, respectively, a new population of a karst-dwelling Cyrtodactylus from extreme northern Thailand. The new species, Cyrtodactylus phamiensis sp. nov. , of the chauquangensis group inhabits karst caves and outcroppings and karst vegetation in the vicinity of Pha Mi Village in Chiang Rai Province, Thailand. Within the chauquangensis group, Cyrtodactylus phamiensis sp. nov. is the earliest diverging species of a strongly supported clade composed of the granite-dwelling C. doisuthep and the karst-dwelling sister species Cyrtodactylus sp. 6 and C. erythrops . The nearly continuous karstic habitat between the type locality of Cyrtodactylus phamiensis sp. nov. and its close relatives Cyrtodactylus sp. 6 and C. erythrops , extends for approximately 200 km along the border region of Thailand and the eastern limit of the Shan Plateau of Myanmar. Further exploration of this region, especially the entire eastern ~ 95% of the Shan Plateau, will undoubtably recover new populations whose species status will need evaluation. As in all other countries of Indochina and northern Sundaland, the continual discovery of new karst-dwelling populations of Cyrtodactylus shows no signs of tapering off, even in relatively well-collected areas. This only highlights the conservation priority that these unique karstic landscapes still lack on a large scale across all of Asia.

The gekkonid lizard Cyrtodactylus intermedius was formerly considered to be a single widespread species in hilly areas across eastern Thailand through southern Vietnam but has recently been partitioned into a complex of 12 nominal species across its range. A population belonging to the C. intermedius group was recently found in an isolated limestone karst block in Kampot Province in southwestern Cambodia, part of which lies within the recently designated Phnom Preah Kuhear Loung Natural Heritage Site. Comparisons of morphometric, meristic, qualitative morphological and color pattern data, as well as a molecular analysis using the mitochondrial ND2 gene, revealed that this population differs from all other named members of the C. intermedius group, and so is described here as a new species. The karst-dwelling C. regicavernicolus sp. nov. was recovered as the sister species to C. laangensis, the most geographically proximate member of the complex and one that is also restricted to a small limestone karst habitat.

Abstract Exploitation of different locomotor substrates in different ecological niches has driven the evolution of specialized morphological structures, and similar ecological demands, such as the structure of the microhabitat, often lead to convergent or parallel evolution. The evolution of adhesive toepads in geckos remains understudied because of the paucity of phylogenetically‐informed investigations of candidate clades exhibiting purported incipient expression of these (i.e. species having evolved some, but not all, parts of the complex adhesive system of pad‐bearing geckos). Using Cyrtodactylus , a speciose genus with well‐established ecotypes, we tested the hypothesis that microhabitats that require more climbing will lead to the acquisition of incipient adhesive morphology. We measured subdigital scale area, a proxy for adhesive toepad evolution, and quantified subdigital scale shape for 77 of the 354 described species, including at least one representative of each ecotype. Subdigital scale area increased from terrestrial through generalist and saxicoline (rock‐dwelling) to arboreal ecotypes, with subdigital scale shape evolving from ancestral conditions for padless lizards to lateromedially expanded lamella‐like scales only in the arboreal ecotypes. This significant link between phenotype and environment supports the contention that scansorial, and particularly arboreal, Cyrtodactylus ecotypes have evolved incipiently expressed adhesive toepads. This highlights the suitability of this genus as a model system for studying the ecology and evolution of adhesive toepads as well as being a promising candidate for research on adaptive radiations. Read the free Plain Language Summary for this article on the Journal blog.

The manuscript titled “Exons, Introns, and UCEs Reveal Conflicting Phylogenomic Signals in a Rapid Radiation of Frogs (Ranidae: Hylarana )” has been withdrawn from BioRxiv temporarily. The manuscript has been withdrawn because it utilizes a new protocol for data collection, which has yet not been published. Once the paper describing the new method becomes available for circulation, this manuscript will be resubmitted to BioRxiv. Therefore, the authors do not wish this work to be cited as reference for the project. If you have any questions, please contact the corresponding author.

Recent phylogenetic studies of gekkonid lizards have revealed unexpected, widespread paraphyly and polyphyly among genera, unclear generic boundaries, and a tendency towards the nesting of taxa exhibiting specialized, apomorphic morphologies within geographically widespread ''generalist'' clades. This is especially true in the Australasia, where the monophyly of Gekko proper has been questioned with respect to phenotypically ornate flap-legged geckos of the genus Luperosaurus , the Philippine false geckos of the genus Pseudogekko , and even the elaborately ''derived'' parachute geckos of the genus Ptychozoon . Here we employ sequence capture targeting 5060 ultraconserved elements to infer phylogenomic relationships among 42 representative ingroup gekkonine lizard taxa. We analyzed multiple datasets of varying degrees of completeness (10, 50, 75, 95, and 100 percent complete with 4715, 4051, 3376, 2366, and 772 UCEs, respectively) using concatenated maximum likelihood and multispecies coalescent methods. Our sampling scheme was designed to address four persistent systematic questions in this group: (1) Are Luperosaurus and Ptychozoon monophyletic and are any of these named species truly nested within Gekko ? (2) Are prior phylogenetic estimates of Sulawesi's L. iskandari as sister to Melanesian G. vittatus supported by our genome-scale dataset? (3) Is the high elevation L. gulat of Palawan Island correctly placed within Gekko ? (4) And, finally, where do the enigmatic taxa P. rhacophorus and L. browni fall in a higher-level gekkonid phylogeny? We resolve these issues; confirm with strong support some previously inferred findings (placement of Ptychozoon taxa within Gekko ; the sister relationship between L. iskandari and G. vittatus ); resolve the systematic position of unplaced taxa ( L. gulat , and L. browni ); and transfer L. iskandari , L. gulat , L. browni , and all members of the genus Ptychozoon to the genus Gekko . Our unexpected and novel systematic inference of the placement of Ptychozoon rhacophorus suggests that this species is not related to Ptychozoon or even Luperosaurus (as previously expected) but may, in fact, be most closely related to several Indochinese species of Gekko . With our final, well-supported topologies, we recognize seven newly defined subgenera to accommodate ~60 species within the more broadly defined and maximally-inclusive Australasian genus Gekko . The newly defined subgenera will aide taxonomists and systematists in species descriptions by allowing them to only diagnose putatively new species from the most relevant members of the same subgenus, not necessarily the phenotypically variable genus Gekko as a whole, and we argue that it appropriately recognizes geographically circumscribed units (e.g., a new subgenus for a novel clade, entirely endemic to the Philippines) while simultaneously recognizing several of the most systematically controversial, phenotypically distinct, and phylogenetically unique lineages. An added benefit of recognizing the most inclusive definition of Gekko , containing multiple phylogenetically-defined subgenera, is that this practice has the potential to alleviate taxonomic vandalism, if widely adopted, by creating formally available, supraspecific taxa, accompanied by character-based diagnoses and properly assigned type species, such that future, more atomized classifications would necessarily be required to adopt today's subgenera as tomorrow's genera under the guidelines of The Code of Zoological Nomenclature. Not only does this simple practice effectively eliminate the nefarious motivation behind taxonomic vandalism, but it also ensures that supraspecific names are created only when accompanied by data, that they are coined with reference to a phylogenetic estimate, and that they explicitly involve appropriate specifiers in the form of type species and, ultimately, type specimens.

The Spotted Litter Skink, Sphenomorphus maculatus, initially described by Edward Blyth in 1854, lacks a taxonomic reference point, as the holotype was reported lost by 1868. A preliminary molecular phylogenetic analysis revealed indications of cryptic diversity within S. maculatus across its range in Northeast India. We aimed to pinpoint the precise type locality, concluding that it corresponds to the peripheral forested regions surrounding Guwahati, India. To establish a robust taxonomic foundation for future investigations, we designate a neotype under the provisions of the ICZN Code (Article 75). We also provide a comprehensive redescription of the neotype. This analysis and redescription were based on recently collected specimens from the identified type locality, and approximate areas based on the movements of Col. Jenkins, who was the original collector of the holotype. Genetic data from six loci of the neotype and from the other specimens were deposited in GenBank, contributing valuable information for future reference.