TA
Thomas Abraham
Author with expertise in DNA Nanotechnology and Bioanalytical Applications
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(67% Open Access)
Cited by:
1,380
h-index:
43
/
i10-index:
105
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Contribution of Intimal Smooth Muscle Cells to Cholesterol Accumulation and Macrophage-Like Cells in Human Atherosclerosis

Sima Allahverdian et al.Jan 31, 2014
Background— Intimal smooth muscle cells (SMCs) contribute to the foam cell population in arterial plaque, and express lower levels of the cholesterol exporter ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) in comparison with medial arterial SMCs. The relative contribution of SMCs to the total foam cell population and their expression of ABCA1 in comparison with intimal monocyte-derived macrophages, however, are unknown. Although the expression of macrophage markers by SMCs following lipid loading has been described, the relevance of this phenotypic switch by SMCs in human coronary atherosclerosis has not been determined. Methods and Results— Human coronary artery sections from hearts explanted at the time of transplantation were processed to clearly delineate intracellular and extracellular lipids and allow costaining for cell-specific markers. Costaining for oil red O and the SMC-specific marker SM α-actin of foam cell–rich lesions revealed that 50±7% (average±standard error of the mean, n=14 subjects) of total foam cells were SMC derived. ABCA1 expression by intimal SMCs was significantly reduced between early and advanced atherosclerotic lesions, with no loss in ABCA1 expression by myeloid lineage cells. Costaining with the macrophage marker CD68 and SM α-actin revealed that 40±6% (n=15) of CD68-positive cells originated as SMCs in advanced human coronary atherosclerosis. Conclusions— These findings suggest SMCs contain a much larger burden of the excess cholesterol in human coronary atherosclerosis than previously known, in part, because of their relative inability to release excess cholesterol via ABCA1 in comparison with myeloid lineage cells. Our results also indicate that many cells identified as monocyte-derived macrophages in human atherosclerosis are in fact SMC derived.
0

Perceived Threat, Risk Perception, and Efficacy Beliefs Related to SARS and Other (Emerging) Infectious Diseases: Results of an International Survey

Onno Zwart et al.Jan 6, 2009
To study the levels of perceived threat, perceived severity, perceived vulnerability, response efficacy, and self-efficacy for severe acute respiratory syndrome (SARS) and eight other diseases in five European and three Asian countries.A computer-assisted phone survey was conducted among 3,436 respondents. The questionnaire focused on perceived threat, vulnerability, severity, response efficacy, and self-efficacy related to SARS and eight other diseases.Perceived threat of SARS in case of an outbreak in the country was higher than that of other diseases. Perceived vulnerability of SARS was at an intermediate level and perceived severity was high compared to other diseases. Perceived threat for SARS varied between countries in Europe and Asia with a higher perceived severity of SARS in Europe and a higher perceived vulnerability in Asia. Response efficacy and self-efficacy for SARS were higher in Asia compared to Europe. In multiple linear regression analyses, country was strongly associated with perceived threat.The relatively high perceived threat for SARS indicates that it is seen as a public health risk and offers a basis for communication in case of an outbreak. The strong association between perceived threat and country and different regional patterns require further research.
0

An autophagy assay reveals the ESCRT-III component CHMP2A as a regulator of phagophore closure

Yoshinori Takahashi et al.Jul 16, 2018
Abstract The mechanism of phagophore closure remains unclear due to technical limitations in distinguishing unclosed and closed autophagosomal membranes. Here, we report the HaloTag-LC3 autophagosome completion assay that specifically detects phagophores, nascent autophagosomes, and mature autophagic structures. Using this assay, we identify the endosomal sorting complexes required for transport (ESCRT)-III component CHMP2A as a critical regulator of phagophore closure. During autophagy, CHMP2A translocates to the phagophore and regulates the separation of the inner and outer autophagosomal membranes to form double-membrane autophagosomes. Consistently, inhibition of the AAA-ATPase VPS4 activity impairs autophagosome completion. The ESCRT-mediated membrane abscission appears to be a critical step in forming functional autolysosomes by preventing mislocalization of lysosome-associated membrane glycoprotein 1 to the inner autophagosomal membrane. Collectively, our work reveals a function for the ESCRT machinery in the final step of autophagosome formation and provides a useful tool for quantitative analysis of autophagosome biogenesis and maturation.
0

FRED (A Framework for Reconstructing Epidemic Dynamics): an open-source software system for modeling infectious diseases and control strategies using census-based populations

John Grefenstette et al.Oct 8, 2013
Mathematical and computational models provide valuable tools that help public health planners to evaluate competing health interventions, especially for novel circumstances that cannot be examined through observational or controlled studies, such as pandemic influenza. The spread of diseases like influenza depends on the mixing patterns within the population, and these mixing patterns depend in part on local factors including the spatial distribution and age structure of the population, the distribution of size and composition of households, employment status and commuting patterns of adults, and the size and age structure of schools. Finally, public health planners must take into account the health behavior patterns of the population, patterns that often vary according to socioeconomic factors such as race, household income, and education levels. FRED (a Framework for Reconstructing Epidemic Dynamics) is a freely available open-source agent-based modeling system based closely on models used in previously published studies of pandemic influenza. This version of FRED uses open-access census-based synthetic populations that capture the demographic and geographic heterogeneities of the population, including realistic household, school, and workplace social networks. FRED epidemic models are currently available for every state and county in the United States, and for selected international locations. State and county public health planners can use FRED to explore the effects of possible influenza epidemics in specific geographic regions of interest and to help evaluate the effect of interventions such as vaccination programs and school closure policies. FRED is available under a free open source license in order to contribute to the development of better modeling tools and to encourage open discussion of modeling tools being used to evaluate public health policies. We also welcome participation by other researchers in the further development of FRED.
0

Nanomule Peptide-siRNA Conjugate that Traverses the Intact Blood Brain Barrier and Attenuates Stroke

Brett Eyford et al.Dec 10, 2019
The blood-brain barrier (BBB), hinders the distribution of therapeutics, intended for treatment of diseases of the brain. A twelve-amino acid peptide, termed MTfp, was derived from MTf, and retains the ability to cross the BBB intact and ferry cargo into intacellular organelles within neurons, glia and microglia in the brain. A novel MTfp-siRNA peptide-oligonucleotide conjugate (POC), directed against NOX4, a gene known to potentiate ischemic stroke, was chemically synthesized. The MTfp-NOX4 siRNA POC traversed the BBB, resulting in the knockdown of NOX4 expression in the brain. Following induction of ischemic stroke, animals treated with the POC exhibited significantly smaller infarcts; accompanied by significant protection against neurological deterioration and improved recovery. The data demonstrates that the MTfp portion, of this novel POC, can facilitate BBB transcytosis; where the siRNA moiety can elicit effective therapeutic knockdown of a gene associated with a disease of the central nervous system (CNS). This is a general platform to transport therapeutics to the CNS and thereby, offers new avenues for potential treatments of neuropathologies that are currently refractory to existing therapies.
0

Context-dependent activation of SIRT3 is necessary for anchorage-independent survival and metastasis of ovarian cancer cells.

Yeon Kim et al.Jun 13, 2019
Cells must alter their antioxidant capacity for maximal metastatic potential. However, the antioxidant adaptations required for transcoelomic metastasis, which is the passive dissemination of cancer cells in the peritoneal cavity as seen in ovarian cancer, have largely remained unexplored. Contradicting the need for oxidant scavenging by tumor cells is the observation that expression of the nutrient stress sensor and regulator of mitochondrial antioxidant defenses, SIRT3, is suppressed in many primary tumors. We discovered that this mitochondrial deacetylase is however, upregulated in a context-dependent manner in cancer cells. SIRT3 activity and expression transiently increased following ovarian cancer cell detachment and in tumor cells derived from malignant ascites of high-grade serous adenocarcinoma patients. Mechanistically, SIRT3 prevents mitochondrial superoxide surges in detached cells by regulating the manganese superoxide dismutase SOD2. This mitochondrial stress response is under dual regulation by SIRT3. SIRT3 rapidly increases SOD2 activity as an early adaptation to cellular detachment, which is followed by SIRT3-dependent transcriptional increases in SOD2 during sustained anchorage-independence. In addition, SIRT3 inhibits glycolytic capacity in anchorage-independent cells thereby contributing to metabolic changes in response to detachment. While manipulation of SIRT3 expression has few deleterious effects on cancer cells in attached conditions, SIRT3 up-regulation and SIRT3-mediated oxidant scavenging following matrix detachment are required for anoikis resistance in vitro, and both SIRT3 and SOD2 are necessary for colonization of the peritoneal cavity in vivo. Our results highlight the novel context-specific, pro-metastatic role of SIRT3 in ovarian cancer.