Designer Chromosome One of the ultimate aims of synthetic biology is to build designer organisms from the ground up. Rapid advances in DNA synthesis has allowed the assembly of complete bacterial genomes. Eukaryotic organisms, with their generally much larger and more complex genomes, present an additional challenge to synthetic biologists. Annaluru et al. (p. 55 , published online 27 March) designed a synthetic eukaryotic chromosome based on yeast chromosome III. The designer chromosome, shorn of destabilizing transfer RNA genes and transposons, is ∼14% smaller than its wild-type template and is fully functional with every gene tagged for easy removal.

Background: The availability of upper endoscopy (UE) is limited in many rural low- and middle-income countries (LMIC). Few studies have evaluated use of elective endoscopies to address esophago-gastric diseases in remote Eastern Uganda. Objective: This research assesses the impact of introducing UE on diagnosing gastrointestinal diseases endemic to the area. Methods: This is a retrospective, cross sectional, single center study evaluating patients who received elective UE from Kyabirwa Surgical Center in rural Eastern Uganda, between 2020 to 2022. Primary outcome variables were presenting symptoms, endoscopic diagnoses and respective treatments. Results: 350 endoscopies were performed for 333 patients, (1:1 male-to-female ratio, average age 48). Abnormalities were found on endoscopy in 73% of patients, revealing diagnoses of esophageal cancer (16.4%, N=64), gastritis (16.7%, N=65), hiatal hernia (8.7%, N=34), esophagitis (7.4%, N=29), ulcer (6.2%, N=24), and candidiasis (5.1%, N=20). Most patients presented with epigastric pain alone (40%, N=133) or dysphagia (39%, N=130). 51% of patients with dysphagia had esophageal cancer on endoscopy, of which 28.1% had an interval palliative stent placed. Conclusions: The introduction of UE into a rural LMICs is possible and can verify baseline prevalence of endemic upper gastrointestinal diseases. Confirmation of diagnosis by endoscopy can direct medical management and interventional therapy. Keywords: Diagnostic and therapeutic upper endoscopy; ambulatory surgery center; rural Eastern Uganda.

Abstract Long non-coding RNAs (lncRNAs) are an emerging class of regulatory molecules that have been shown to play important roles in tumorigenesis and cancer progression. Here, we studied the recently identified lncRNA Mammary Tumor Associated RNA 20 ( MaTAR20 ) in mammary cancer progression. A CRISPR/Cas9 knockout of MaTAR20 in the metastatic 4T1 cell line led to reduced cancer cell proliferation and increased cell surface adhesion compared to control cells. Consistent with these knockout results antisense oligonucleotide (ASO) mediated knockdown of MaTAR20 resulted in reduced growth and invasion in 4T1 cells, and in primary mammary tumor organoids derived from the MMTV-PyMT mouse model of breast cancer. Injection of MaTAR20 -specific ASOs subcutaneously into tumor bearing MMTV-PyMT mice resulted in smaller and highly necrotic tumors in comparison to mice injected with a scrambled control ASO. To investigate the molecular mechanism by which MaTAR20 acts to advance mammary tumor progression, we applied a combination of RNA-sequencing and RNA-pulldown coupled to DNA-sequencing. These analyses demonstrated that the nuclear retained lncRNA is associated with several essential cancer signaling pathways such as VEGF signaling. In particular, MaTAR20 directly binds to and regulates the expression of Tnfsf15 . Our results indicate that MaTAR20 is an important driver of mammary tumor progression and represents a promising new therapeutic target.

Arterial catheter placement for hemodynamic monitoring is commonly performed in critically ill patients. The radial and femoral arteries are the two sites most frequently used; there is limited data on the use of the axillary artery for this purpose. The aim of this study was to investigate the rate of complications from ultrasound-guided axillary artery catheter placement in critically ill patients.

Misregulation of long non-coding RNA genes has been linked to a wide variety of cancer types. Here we report on Mammary Tumor Associated RNA 25 (MaTAR25), a nuclear enriched and chromatin associated lncRNA that plays a role in mammary tumor cell proliferation, migration, and invasion, both in vitro and in vivo. MaTAR25 functions by interacting with purine rich element binding protein B (PURB), and associating with a major downstream target gene Tensin 1 (Tns1) to regulate its expression in trans. Knockout of MaTAR25 results in down-regulation of Tns1 leading to a reorganization of the actin cytoskeleton, and a reduction of focal adhesions and microvilli. The human ortholog of MaTAR25, LINC01271, is upregulated with human breast cancer stage and metastasis.

Background The use of computed tomography (CT) of the abdomen and pelvis following motor vehicle collisions (MVCs) as standard diagnostic evaluation is widely accepted. However, the incidence of positive findings is low, and it is unknown which features increase the risk of having abdominal injuries. Objectives The aim of this study is to identify risk factors on presentation that are associated with positive CT findings. Methods A retrospective review of patients from January 2020 to January 2023 in a level II urban trauma center who were in MVCs was performed. Standard ACS TQIP metrics were recorded, as well as vehicle speed, CT findings, and presenting characteristics. Low-speed MVCs were considered to be ≤25 mph and high-speed MVCs were considered to be >25 mph. Results In 4,444 trauma activations, there were 738 (16.6%) MVCs: 310 (42.0%) were low-speed, 160 (21.7%) were high-speed, and 268 (36.3%) were unknown-speed. Twenty-nine patients had positive CT findings. There was a significant difference in positive CT findings in low-speed versus high-speed MVCs (1.9% vs 5.9%, p < 0.05). Multivariate analysis for positive CT findings revealed that high-speed and unknown MVCs (ORadj 5.25 [95% CI 1.62-17.0] and ORadj 3.84 [1.34-11.0], respectively) were significant risk factors for positive CT findings. The number needed to scan for a positive CT finding was 53 patients for low speed, 17 for high speed, and 19 for unknown speed. Conclusion Our data indicate that a high-speed MVC is a discrete risk factor for positive CT findings. More research is needed to determine if there are other clinical factors to ultimately create a set of criteria for abdominal imaging in trauma.

SUMMARY Phosphorylation of ubiquitin at Ser65 increases the population of a rare C-terminally retracted (CR) conformation. Transition between the CR and the Major ubiquitin conformations is critical for promoting mitochondrial degradation. The mechanisms by which the Major and CR conformations of Ser65-phosphorylated (pSer65) ubiquitin interconvert, however, have not yet been revealed. Here, we perform all-atom molecular dynamics simulations using the string method with swarms of trajectories to calculate the lowest free-energy path between these two conformers. Our analysis reveals the existence of a Bent intermediate in which the C-terminal residues of the β5 strand shift to resemble the CR conformation, while pSer65 retains contacts resembling the Major conformation. This stable intermediate was reproduced in well-tempered metadynamics calculations, with the exception of a Gln2Ala mutant that disrupts contacts with pSer65. Lastly, dynamical network modelling reveals that the transition from the Major to CR conformations involves a decoupling of residues near pSer65 from the adjacent β1 strand.

The early and late stages of human immunodeficiency virus (HIV) replication are orchestrated by the capsid (CA) protein, which self-assembles into a conical protein shell during viral maturation. Small molecule drugs known as capsid inhibitors (CIs) impede the highly-regulated activity of CA. Intriguingly, a few CIs, such as PF-3450074 (PF74) and GS-CA1, exhibit effects at multiple stages of the viral lifecycle at effective concentrations in the pM to nM regimes, while the majority of CIs target a single stage of the viral lifecycle and are effective at nM to μM concentrations. In this work, we use coarse-grained (CG) molecular dynamics simulations to elucidate the molecular mechanisms that enable CIs to have such curious broad-spectrum activity. Our quantitatively analyzed findings show that CIs can have a profound impact on the hierarchical self-assembly of CA by perturbing the population of small CA oligomers. The self-assembly process is accelerated by the emergence of alternative assembly pathways that favor the rapid incorporation of CA pentamers, and leads to increased structural pleomorphism of mature capsids. Two relevant phenotypes are observed: (1) eccentric capsid formation that may fail to encase the viral genome and (2) rapid disassembly of the capsid, which express at late and early stages of infection, respectively. Finally, our study emphasizes the importance of adopting a dynamical perspective on inhibitory mechanisms and provides a basis for the design of future therapeutics that are effective at low stoichiometric ratios of drug to protein.