Abstract Cromileptes altivelas that belongs to Serranidae in the order Perciformes, is widely distributed throughout the tropical waters of the Indo-West Pacific regions. Due to their excellent food quality and abundant nutrients, it has become a popular marine food fish with high market values. Here, we reported a chromosome-level genome assembly and annotation of the humpback grouper genome using more than 103X PacBio long-reads and high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) technologies. The N50 contig length of the assembly is as large as 4.14 Mbp, the final assembly is 1.07 Gb with N50 of scaffold 44.78 Mb, and 99.24% of the scaffold sequences were anchored into 24 chromosomes. The high-quality genome assembly also showed high gene completeness with 27,067 protein coding genes and 3,710 ncRNAs. This high accurate genome assembly and annotation will not only provide an essential genome resource for C. altivelas breeding and restocking, but will also serve as a key resource for studying fish genomics and genetics.

Penaeus monodon is a crucial economic crustacean globally and a focal point of aquatic research. Germplasm resources provide a diverse food source for humans, meeting various nutritional needs; they also maintain plant and animal gene banks, enhancing resilience, adaptability, and promoting ecological balance in terms of genetic diversity. To accurately assess the germplasm resources of P. monodon, we conducted a comprehensive investigation. We analyzed muscle characteristics, nutrient content, amino acids, fatty acids, and genetic diversity using whole-genome sequencing in six P. monodon groups. The results showed that the crude protein content of the six groups of P. monodon was 21.17–24.60 g/100 g, crude fat content was 0.60–0.80 g/100 g, essential amino acid content was 5.44–6.41 g/100 g, total amino acid content was 15.68–18.63 g/100 g, and total fatty acid content was 354.78–587.43 mg/100 g. Genetic differentiation index (Fst) values ranged from 0.029 to 0.604 for six groups. PmSZ has a good genetic condition. There was no significant difference in crude fat in conventional nutrients, and the difference in biochemical indexes T-AOC, CAT, and SOD was not significant (P > 0.05). The noteworthy point is that the analysis of genetic diversity reveals a moderate level of genetic diversity. PmDF and PmZH exhibit the highest degree of differentiation, while PmRP and PmZH show the lowest degree of differentiation. Our survey results establish a critical foundation for comprehending and harnessing the germplasm resources essential for selectively breeding robust P. monodon populations.

Fenneropenaeus merguiensis is one of the largest species of penaeid shrimp. It has a wide distribution of germplasm resources in the South China Sea and the southeastern coastal regions of China, yet its germplasm characteristics remain insufficiently understood. Therefore, we conducted analyses of basic nutritional components, amino acids, fatty acids, antioxidant indices, and genetic diversity in three F. merguiensis populations (FmRP, FmSZ, FmSY). The results showed a significant difference in ash content, with FmSZ having the highest ash content (1.77 g/100 g) (p < 0.05). A total of 17 amino acids were detected, and FmSZ exhibited higher concentrations of most amino acids, especially essential amino acids (p < 0.05). The analysis of fatty acid composition revealed significant differences between the populations, with FmSY potentially having a nutritional advantage overall (p < 0.05). In terms of antioxidant capacity and genetic diversity, there were no significant differences in total antioxidant capacity (T-AOC), catalase (CAT), or superoxide dismutase (SOD) among the populations (p > 0.05). However, genetic analysis indicated that FmSZ had the lowest inbreeding coefficient and relatively higher genetic diversity. In conclusion, among the three F. merguiensis populations, FmSZ has relatively higher nutritional quality and genetic diversity, and F. merguiensis is a high-quality aquatic product worth promoting. The analysis and characterization of various aspects of F. merguiensis from the three locations provide important information and data support for germplasm resources and genetic breeding efforts.

Ammonia-N stress is a significant environmental factor that adversely affects the health and productivity of aquaculture species. This study investigates the effects of ammonia-N stress on the shrimp