Abstract Words are the building blocks of science. As our understanding of the world progresses, scientific disciplines naturally enrich their specialized vocabulary (jargon). However, in the era of interdisciplinarity, the use of jargon may hinder effective communication amongst scientists that do not share a common linguistic background. The question of how jargon limits the transmission of scientific knowledge has long been debated, but rarely addressed quantitatively. We explored the relationship between the use of jargon and citations using 21,486 articles focusing on cave research, a multidisciplinary field particularly prone to terminological specialization and where linguistic disagreement among peers is frequent. We demonstrate that the use of jargon in the title and abstract significantly reduces the number of citations a paper receives. Given that these elements are the hook to readers, we urge scientists to restrict jargon to sections of the paper where its use is unavoidable.

Abstract Whereas the study of patterns of distribution of microscopic animals has long been dominated by the ubiquity paradigm, we are starting to appreciate that microscopic animals are not as widespread as previously thought and that habitat preferences may have a strong role in structuring their patterns of occurrence. However, we still ignore to what extent and through which mechanisms the environment selects for specific communities or traits in microscopic animals. This gap is partly due to the lack of data on the relevant traits of many species, and partly because measuring environmental variables at an appropriate resolution may be problematic. We here overcome both issues by analysing the functional space of marine mite communities living in a sea-grass ( Posidonia oceanica ) meadow across two habitats: the leaves and the matte. The strictly benthic lifestyle and the conserved morphology of mites allow for unambiguous characterization of their functional traits, while the discrete nature of the two habitats alleviates the uncertainty in their ecological characterization. Our results show that habitat filters the distribution of certain traits favouring a higher diversity, dispersion, and evenness of functional traits in the matte than in the leaves. We further observed temporal variations in the functional diversity of communities, potentially following the seasonal renovation and decay of seagrass leaves. However, in spite of the stark ecological differences between the two habitats and across seasons, the filtering effect is partial and affects mostly relative species abundances. We conclude that in other microscopic organisms, habitat filtering might appear even more subtle especially if they are capable of long distance dispersal or occur in ecological systems where environmental variables vary continuously or fluctuate through time. Our study therefore emphasises the need of moving from a merely taxonomical toward a functional view of ecological studies of microscopic organisms if we want to achieve a mechanistic understanding of their habitat and distribution patterns. Data availability statement Raw data and R script to generate the analyses will be deposited in a public repository upon acceptance.

Abstract Molecular techniques like metabarcoding, while promising for exploring diversity of communities, are often impeded by the lack of reference DNA sequences available for taxonomic annotation. Our study explores the benefits of combining targeted DNA barcoding and morphological taxonomy to improve metabarcoding efficiency, using beach meiofauna as a case study. Beaches are globally important ecosystems and are inhabited by meiofauna, microscopic animals living in the interstitial space between the sand grains, which play a key role in coastal biodiversity and ecosystem dynamics. However, research on meiofauna faces challenges due to limited taxonomic expertise and sparse sampling. We generated 775 new cytochrome c oxidase I DNA barcodes from meiofauna specimens collected along the Netherlands’ west coast and combined them with the NCBI GenBank database. We analysed alpha and beta diversity in 561 metabarcoding samples from 24 North Sea beaches, a region extensively studied for meiofauna, using both the enriched reference database and the NCBI database without the additional reference barcodes. Our results show a 2.5-fold increase in sequence annotation and a doubling of species-level Operational Taxonomic Units (OTUs) identification when annotating the metabarcoding data with the enhanced database. Additionally, our analyses revealed a bell-shaped curve of OTU richness across the intertidal zone, aligning more closely with morphological analysis patterns, and more defined community dissimilarity patterns between supralittoral and intertidal sites. Our research highlights the importance of expanding molecular reference databases and combining morphological taxonomy with molecular techniques for biodiversity assessments, ultimately improving our understanding of coastal ecosystems.

Abstract The volume of scientific publications is ever increasing, making it difficult for scholars to publish papers that can capture the attention of the readers. An obvious way to attract readership is by making a truly significant discovery; yet another way may involve tweaking the language to overemphasize the novelty of results. Using a dataset of 52,236 paper abstracts published between 1997 and 2017 in 17 ecological journals, we found that the relative frequency of the use of novelty terms (e.g. groundbreaking, new) almost doubled over time. Conversely, we found no such pattern with the use of confirmatory terms (e.g. replicated, reproducibility). While increasing research opportunities are triggering advances in ecology, the writing style of authors and publishing habits of journals may better reflect the inherent confirmatory nature of ecology. We call for an open discussion among researchers about potential reasons and implications associated with this language-use and scientometrics matter.

Abstract Molecular techniques like metabarcoding, while promising for exploring diversity of communities, are often impeded by the lack of reference DNA sequences available for taxonomic annotation. Our study explores the benefits of combining targeted DNA barcoding and morphological taxonomy to improve metabarcoding efficiency, using beach meiofauna as a case study. Beaches are globally important ecosystems and are inhabited by meiofauna, microscopic animals living in the interstitial space between the sand grains, which play a key role in coastal biodiversity and ecosystem dynamics. However, research on meiofauna faces challenges due to limited taxonomic expertise and sparse sampling. We generated 775 new cytochrome c oxidase I DNA barcodes from meiofauna specimens collected along the Netherlands' west coast and combined them with the NCBI GenBank database. We analysed alpha and beta diversity in 561 metabarcoding samples from 24 North Sea beaches, a region extensively studied for meiofauna, using both the enriched reference database and the NCBI database without the additional reference barcodes. Our results show a 2.5‐fold increase in sequence annotation and a doubling of species‐level Operational Taxonomic Units (OTUs) identification when annotating the metabarcoding data with the enhanced database. Additionally, our analyses revealed a bell‐shaped curve of OTU richness across the intertidal zone, aligning more closely with morphological analysis patterns, and more defined community dissimilarity patterns between supralittoral and intertidal sites. Our research highlights the importance of expanding molecular reference databases and combining morphological taxonomy with molecular techniques for biodiversity assessments, ultimately improving our understanding of coastal ecosystems.

ABSTRACT Posidonia oceanica meadows are biodiversity reservoirs and provide many ecosystem services in coastal Mediterranean regions. Marine meiofauna, on the other hand, not only represents a major component of regional marine biodiversity, but also a useful tool to address both theoretical and applied questions in ecology, evolution, and conservation. We review the meiofaunal diversity in the P. oceanica ecosystem combining a literature review and a case study. First, we gathered records of 664 species from 69 published studies as well as unpublished sources, including few species exclusive from this ecosystem. Eighteen of those studies quantified the spatial and temporal changes of species composition, highlighting habitat-specific assemblages that fluctuate following the annual changes experienced by P. oceanica . Hydrodynamics, habitat complexity, and food availability, all three inherently linked to the seagrass phenology, are recognised as the main factors at shaping the complex distribution patterns of meiofauna in the meadows. These drivers have been identified mainly from Copepoda and Nematoda, and depend ultimately on species-specific preferences. Second, we tested the generality of these observations using marine mites as a model group, showing that the same processes might be in place also for other less abundant meiofaunal groups. Overall, our study highlights an outstanding diversity of meiofauna in P. oceanica and shows its potential for future research, not only focused on exploring and describing new species of neglected meiofaunal organisms, but also providing a more complete understanding on the functioning of the iconic Mediterranean ecosystem created by P. oceanica .

Abstract Sandy beaches are important ecosystems providing coastal protection and recreation, but they face significant threats from human activities and sea level rise. They are inhabited by meiofauna, small benthic invertebrates that are highly abundant and diverse, but are commonly understudied biotic components of beach ecosystems. Here, we investigate the factors shaping meiofaunal metacommunities by employing Generalised Dissimilarity Modelling (GDM) and Joint Species Distribution Modelling (JSDM) to study community turnover and assembly processes. We analysed over 550 meiofauna samples from a >650 km stretch of the southern North Sea coastline using a metabarcoding approach. Our findings reveal that environmental factors, especially Distance from Low Tide and Sediment Grain Size, are important drivers of meiofauna community turnover. This highlights the influence of the gradient from marine to terrestrial habitats and sediment conditions. Spatial factors, which indicate dispersal limitations, also significantly impact community composition, challenging the view that marine meiofauna have broad geographic distributions. The JSDM results show that species sorting by environmental conditions is the dominant process in community assembly with increasing environmental differences between sampling sites, but that biotic associations, or similar environmental preferences, are a major driver of community assembly at sites with similar environmental conditions. Further, we find that spatial factors also significantly influence community assembly across the study region. By facilitating the inference of ecological niches for a high number of meiofaunal taxa, JSDM provides a powerful framework for understanding the ecology of these animals. Our results highlight the importance of considering environmental gradients and dispersal limitations in meiofauna and beach ecosystem research, and future research should aim at adding information on functional traits and biotic interactions under varying environmental conditions to understand meiofauna community dynamics and resilience.

Abstract Climate change is rearranging the mosaic of biodiversity on our planet. These broad-scale species re-distributions will affect the structure of communities across multiple biodiversity facets (taxonomic, phylogenetic, and functional diversity). The current challenges to understand such effects involve focusing on organisms other than vertebrates and considering the signature of species redistribution on phylogenetic and functional diversity in addition to species composition. Using European dragonflies and damselflies (Odonata), we asked: i) how climate change will redefine taxonomic, phylogenetic, and functional diversity at continental scales; ii) which traits will mediate species’ response to global change; and iii) whether this response will be conserved across the phylogeny. First, we constructed stacked species distribution models for 107 species of Odonata under current and future climate conditions. Then, we quantified the temporal variation of taxonomic, functional and phylogenetic components, forecasting alpha and beta diversity changes through our geographical grid. Lastly, we used phylogenetic comparative models to test the influence of phylogeny and traits on range shifts. We observed broad latitudinal and altitudinal rearrangements in community composition driven by climate change. Given the high dispersal ability of Odonata, changes are predicted to be rapid, especially in areas experiencing faster climate change rates. According to our predictions, changes in species composition cascade to affect functional and phylogenetic diversity, determining broad turnovers in traits and evolutionary lineages. There was no clear phylogenetic signal in the range-shift response of European Odonata to climate change. According to our phylogenetic regression models, only body size and flight period can be partly correlated with observed range shifts. By considering all three primary facets of biodiversity, our results support the design of inclusive management and conservation strategies, accounting not only for the diversity of species, but also the services they provide and the phylogenetic heritage they carry in a targeted ecosystem.

Knowledge of biodiversity is unevenly distributed across the Tree of Life. In the long run, such disparity in awareness unbalances our understanding of life on Earth, influencing policy decisions and the allocation of research and conservation funding. We investigated how humans accumulate knowledge of biodiversity by searching for consistent relationships between scientific (number of publications) and societal (number of views in Wikipedia) interest, and species-level morphological, ecological and socio-cultural factors. Across a random selection of 3,007 species spanning 29 Phyla/Divisions, we show that socio-cultural factors are the most important correlates of scientific and societal interest in biodiversity, including the fact that a species is useful or harmful to humans, has a common name and is listed in the IUCN Red List. Furthermore, large-bodied, broadly distributed and taxonomically unique species receive more scientific and societal attention, whereas colorfulness and phylogenetic proximity to humans correlates exclusively with societal attention. These results highlight a favoritism towards limited branches of the Tree of Life, and that scientific and societal priorities in biodiversity research broadly align. This suggests that we may be missing out on key species in our research and conservation agenda simply because they are not on our cultural radar.

It is said that the quality of a scientific publication is as good as the science it cites, but the properties of high-quality reference lists have never been numerically quantified. We examined seven numerical characteristics of reference lists of 50,878 primary research articles published in 17 ecological journals between 1997 and 2017. Over this 20-years period, there have been significant changes in reference lists properties. On average, more recent ecological papers have longer reference lists, cite more high Impact Factor papers, and fewer non-journal publications. Furthermore, we show that highly cited papers across the ecology literature have longer reference lists, cite more recent and impactful papers, and account for more self-citations. Conversely, the proportion of classic papers and non-journal publications cited, as well as the temporal range of the reference list, have no significant influence on articles citations. From this analysis, we distill a recipe for crafting impactful reference lists.