ABSTRACT PREMISE The HybPiper pipeline has become one of the most widely used tools for the assembly of target enrichment (sequence capture) data for phylogenomic analysis. Between the production of locus sequences and phylogenetic analysis, the identification of paralogs is a critical step ensuring accurate inference of evolutionary relationships. Algorithmic approaches using gene tree topologies for the inference of ortholog groups are computationally efficient and broadly applicable to non-model organisms, especially in the absence of a known species tree. Unfortunately, software compatibility issues, unfamiliarity with relevant programming languages, and the complexity involved in running numerous subsequent analysis steps continue to limit the broad uptake of these approaches and constrain their application in practice. METHODS AND RESULTS We updated the scripts constituting HybPiper and a pipeline for the inference of ortholog groups (“Yang and Smith”) to provide novel options for the treatment of supercontigs, remove bugs, and seamlessly use the outputs of the former as inputs for the latter. The pipelines were containerised using Singularity and implemented via two Nextflow pipelines for easier deployment and to vastly reduce the number of commands required for their use. We tested the pipelines with several datasets, one of which is presented for demonstration. CONCLUSIONS hybpiper-rbgv and yang-and-smith-rbgv provide easy installation, user-friendly experience, and robust results to the phylogenetic community. They are presently used as the analysis pipeline of the Australian Angiosperm Tree of Life project. The pipelines are available at https://github.com/chrisjackson-pellicle .

ABSTRACT Universal target enrichment kits maximise utility across wide evolutionary breadth while minimising the number of baits required to create a cost-efficient kit. Locus assembly requires a target reference, but the taxonomic breadth of the kit means that target references files can be phylogenetically sparse. The Angiosperms353 kit has been successfully used to capture loci throughout angiosperms but includes sequence information from 6–18 taxa per locus. Consequently, reads sequenced from on-target DNA molecules may fail to map to references, resulting in fewer on-target reads for assembly, reducing locus recovery. We expanded the Angiosperms353 target file, incorporating sequences from 566 transcriptomes to produce a ‘mega353’ target file, with each gene represented by 17–373 taxa. This mega353 file is a drop-in replacement for the original Angiosperms353 file in HybPiper analyses. We provide tools to subsample the file based on user-selected taxon groups, and to incorporate other transcriptome or protein-coding gene datasets. Compared to the default Angiosperms353 file, the mega353 file increased the percentage of on-target reads by an average of 31%, increased loci recovery at 75% length by 61.9%, and increased the total length of the concatenated loci by 30%. The mega353 file and associated scripts are available at: https://github.com/chrisjackson-pellicle/NewTargets

While conducting phylogenetic analyses of sequence-capture data of Australian members of Asteraceae tribe Astereae, we found that Elachanthus pusillus F.Muell., Isoetopsis graminifolia Turcz. and Kippistia suaedifolia F.Muell. formed a clade with Minuria. We, therefore, conducted an analysis focused on this clade, but with replicate samples of the three smaller genera, and confirmed our results. Kippistia had been synonymised under Minuria between 1876 and 1980, when it was reinstated. Elachanthus and Isoetopsis had not previously been suggested to be part of Minuria, and, indeed, Isoetopsis had been considered so morphologically divergent that even its tribal affiliations were long controversial. However, on closer examination, Elachanthus and Isoetopsis are strikingly similar to Minuria, especially in cypsela and pappus morphology. The evolution of both genera from a common ancestor in Minuria appears plausible in the light of their overall similarity to annual species of that genus such as M. annua, their multiple uniform rows of herbaceous phyllaries with scarious margins, a pappus of scales v. the tendency of Minuria to form pappi with scale-like bases, female outer and male inner florets, and a cypsela indumentum shared with some species of Minuria. We propose the following three new combinations under Minuria: M. pusilla, M. glabra and M. graminifolia.

Olearia heloderma Albr. & I. Telford , sp. nov., a distinctive species from the mountainous region near the Australian Capital Territory and New South Wales border is described and illustrated, with notes on distribution, habitat, conservation status, relationships and features distinguishing it from other species of Olearia.

Context Confidence in risk analyses for weed biological control (biocontrol) agents is underpinned by knowledge of the phylogenetic associations between the target weed and off-target plant species, with an emphasis on native taxa that co-occur with the weed in its introduced range. The origins of off-target plant species are also considered when assessing potential adverse effects of releasing weed biocontrol agents into the environment. Erigeron bonariensis L. (flaxleaf fleabane), native to South America, is a major cropping weed in North America, Europe, and Australia. Phylogenomic analysis of the weed's tribe, Astereae, for a biocontrol program has put into question the existence of native Australian fleabanes.Aims We aimed to resolve the establishment means of a supposed native species to Australia by testing its phylogenetic and morphological associations with other Erigeron taxa at a global scale.Methods Target-sequence capture data were combined with traditional taxonomy.Key results We rediscovered the closest presumed native relative of flaxleaf fleabane, the rare and declining E. conyzoides F.Muell. (daisy fleabane), during field work in Victoria, Australia. Molecular data and morphology indicated that E. conyzoides and E. acer L. from the northern hemisphere are not distinct.Conclusions Erigeron conyzoides is very likely not a distinct species endemic to Australia but rather a disjunct population of E. acer.Implications This finding improves confidence in the host-specificity of candidate biocontrol agents for fleabane in Australia, because we argue that the closest related truly native species is much more distantly related to fleabane than previously thought.

Abstract Fast and efficient identification is critical for reducing the likelihood of weed establishment and for appropriately managing established weeds. Traditional identification tools require either knowledge of technical morphological terminology or time-consuming image matching by the user. In recent years, deep learning computer vision models have become mature enough to enable automatic identification. The major remaining bottlenecks are the availability of a sufficient number of high-quality, reliably identified training images and the user-friendly, mobile operationalization of the technology. Here, we present the first weed identification and reporting app and website for all of Australia. It includes an image classification model covering more than 400 species of weeds and some Australian native relatives, with a focus on emerging biosecurity threats and spreading weeds that can still be eradicated or contained. It links the user to additional information provided by state and territory governments, flags species that are locally reportable or notifiable, and allows the creation of observation records in a central database. State and local weed officers can create notification profiles to be alerted of relevant weed observations in their area. We discuss the background of the WeedScan project, the approach taken in design and software development, the photo library used for training the WeedScan image classifier, the model itself and its accuracy, and technical challenges and how these were overcome.