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Andrea Grioni
Author with expertise in Diagnosis and Management of Sjögren's Syndrome
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Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study

Monika Brüggemann et al.Jun 26, 2019
Amplicon-based next-generation sequencing (NGS) of immunoglobulin (IG) and T-cell receptor (TR) gene rearrangements for clonality assessment, marker identification and quantification of minimal residual disease (MRD) in lymphoid neoplasms has been the focus of intense research, development and application. However, standardization and validation in a scientifically controlled multicentre setting is still lacking. Therefore, IG/TR assay development and design, including bioinformatics, was performed within the EuroClonality-NGS working group and validated for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia (ALL). Five EuroMRD ALL reference laboratories performed IG/TR NGS in 50 diagnostic ALL samples, and compared results with those generated through routine IG/TR Sanger sequencing. A central polytarget quality control (cPT-QC) was used to monitor primer performance, and a central in-tube quality control (cIT-QC) was spiked into each sample as a library-specific quality control and calibrator. NGS identified 259 (average 5.2/sample, range 0-14) clonal sequences vs. Sanger-sequencing 248 (average 5.0/sample, range 0-14). NGS primers covered possible IG/TR rearrangement types more completely compared with local multiplex PCR sets and enabled sequencing of bi-allelic rearrangements and weak PCR products. The cPT-QC showed high reproducibility across all laboratories. These validated and reproducible quality-controlled EuroClonality-NGS assays can be used for standardized NGS-based identification of IG/TR markers in lymphoid malignancies.
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Modulation dose-dépendante des signatures protéomiques par le ianalumab chez les patients atteints de la maladie de Sjögren

X. Mariette et al.Jun 1, 2024
Le ianalumab, un anticorps monoclonal afuscosylé, déplète les cellules B entraînant une élimination cellulaire accrue et bloque les signaux de survie médiés par le récepteur du facteur d'activation des cellules B (BAFFR). La maladie de Sjögren (SjD) est une maladie auto-immune avec des manifestations glandulaires et extraglandulaires, une élévation du BAFF et des auto-anticorps dirigés contre les antigènes nucléaires. Un essai de phase 2b de recherche de dose du ianalumab (NCT02962895) chez 190 patients atteints de la maladie de Sjögren active a atteint son critère d'évaluation principal ; la dose de 300 mg était cliniquement efficace et améliorait le débit salivaire total. L'objectif est d'explorer les changements dans les concentrations de protéines sériques et salivaires chez les patients atteints de SjD afin de caractériser les biomarqueurs associés à l'activité de la maladie et à la réponse dose-dépendante du traitement par le ianalumab. Des patients atteints de SjD actif (n = 190) ont été randomisés (1:1:1:1) pour recevoir un placebo ou du ianalumab (5, 50 ou 300 mg). Des échantillons de sérum et de salive prélevés à la baseline et à la semaine (S) 24 ont été utilisés pour le profilage des protéines et des signatures protéiques de l'interféron (IFN) à l'aide de la plateforme SomaScan(R) v4.1. Les taux d'auto-anticorps, de BAFF, d'antigène de maturation des lymphocytes B (BCMA), des chimiokines CXCL13 et CCL21 ont été évalués par tests immunologiques. Un modèle linéaire à effets mixtes a été utilisé pour identifier les changements longitudinaux dans la concentration des protéines entre le placebo et les groupes de traitement à S24 par rapport à la baseline. Les résultats sont présentés sous forme de cartes thermiques et de regroupement hiérarchique. À la baseline, l'analyse en cluster n'a pas révélé de corrélations significatives entre les scores ESSDAI (y compris les sous-domaines) et les niveaux d'auto-anticorps ou de protéines d'intérêt. Le ianalumab a entraîné une amélioration du flux salivaire (Fig. 1a) et une diminution des taux d'auto-anticorps, accompagnée d'une modification des taux de protéines sériques. La dose de 300 mg a modulé de manière significative 42 protéines sériques, contre 20 protéines avec la dose de 50 mg et 9 protéines avec la dose de 5 mg après 24 semaines de traitement. Cette signature des protéines sériques comprend des marqueurs liés aux cellules B qui ont été régulés à la baisse par le ianalumab de manière dose-dépendante. En particulier, le BCMA soluble (traduisant l'activité plasmocytaire) et les chimiokines CXCL13 et CCL21, marqueurs de l'infiltration immunitaire des tissus glandulaires, ont été davantage régulées à des doses de 50 mg et 300 mg (Fig. 1b). De même, une tendance à la diminution de la signature protéique IFN a été observée aux doses les plus élevées. Enfin, certains de ces changements ont également été observés dans les niveaux de protéines salivaires correspondants. Aucune signature protéomique différentielle liée à l'activité initiale de la maladie n'a été identifiée. La réponse dose-dépendante de l'efficacité clinique du ianalumab chez les patients atteints de SjD observée dans l'essai de phase 2b se reflète également au niveau des protéines, avec une diminution dose-dépendante des auto-anticorps, de BCMA soluble (traduisant l'activité plasmocytaire), de CXCL13 et CCL21 (reflet de l'infiltration lymphocytaire glandulaire) et de la signature protéique IFN à S24. Des essais de confirmation de phase 3 sont en cours (NCT05349214 et NCT05350072).