Significance Some cancers, termed carcinosarcomas (CSs), have mixed cell types, with either epithelial or mesenchymal features. Sequencing the genomes of uterine and ovarian CSs demonstrated that these different cell types derive from a common precursor cell that has many mutations typical of epithelial cancers. In addition, we find that these tumors have a significant burden of point mutations and amplification of histone genes, suggesting a potential role of these mutations in sarcomatous transformation. Consistent with this finding, expression of specific histone gene mutations in uterine carcinoma cells changed gene expression toward a mesenchymal state. These findings have potential implications for the treatment of these cancers.

Abstract As biomedical research becomes more data-intensive, bioinformatics is becoming essential to understanding biological processes, systems, and diseases. In this paper we describe the use of a series of peer teaching workshops as a strategy to respond to the bioinformatics training needs at a research-intensive institution. In addition to the data collected from the workshops, we also used personal experiences of researchers who participated as peer teachers to understand the incentives, challenges, and benefits of peer teaching. Developing communication skills such as confidence in teaching, explaining complex concepts, and better understanding of the topic emerged as primary benefits that the teachers obtained from this experience. Lack of time for teaching and the struggles of classroom management were identified as two major challenges. We suggest that peer teaching can be beneficial not only to train researchers in bioinformatics, but also as a professional development opportunity for graduate students and postdoctoral trainees.

Cellular barcoding of 3' mRNAs enabled massively parallel profiling of single cell gene expression and has been implemented in droplet and microwell based platforms. The latter further adds the value for compatibility with low input samples, optical imaging, scalability, and portability. However, cell lysis in microwells remains suboptimal despite the recently developed sophisticated solutions. Here, we present scFTDseq, a microchip platform for performing single-cell freeze-thaw lysis directly toward 3' mRNA sequencing. It offers format flexibility with a simplified, widely adoptable workflow that reduces the number of preparation steps and hands-on time, with the quality of data and the cost per sample matching that of the state-of-the-art scRNA-seq platforms. Freeze-thaw, known as an unfavorable lysis method resulting in possible RNA fragmentation, turns out to be fully compatible with single-cell 3' mRNA sequencing, which detects only ~50 bases at the 3' end. We applied it to the profiling of mixed populations including whole tumors for distinguishing all major cell types and to the profiling of circulating follicular helper T cells implicated in systemic lupus erythematosus pathogenesis. Our results delineate the heterogeneity in the transcriptional programs and effector functions of these rare pathogenic T cells. As scFTD-seq decouples on-chip cell isolation and the following library preparation steps, we envision it to potentially allow the sampling (capture of cells/beads in microwells) at the distributed sites including small clinics or point-of-care settings and downstream processing at a centralized facility, which should enable wide-spread adoption beyond academic laboratories for any users even with no experience in scRNA-seq library generation.