Integration of Hepatitis B virus (HBV) into human genome disrupts genetic structures and cellular functions. Here, we conducted multiplatform long read sequencing on two cell lines and five clinical samples of HBV-infected hepatocellular carcinomas (HCC). We resolved three types of viral integration-induced complex genome rearrangements (CGR) and proposed a model of ‘multi-hits and sequential-breaks’ to depict their formation process by differentiating inserted HBV copies with HiFi long reads. We deduced that all three complex types were initialized from focal replacement and fragile virus-human junctions triggered subsequent rearrangements. We further revealed that such rearrangements caused a prevalent loss-of-heterozygosity at chr4q, accounting for 19.5% of HCC samples in ICGC cohort and contributing to immune and metabolic dysfunction. Overall, our long read based analysis reveals novel sequential rearrangement processes initiated by HBV integration, hinting its structural and functional impact on HCC.

Prior studies indicate no correlation between the gut microbes of healthy first-degree relatives (HFDRs) of patients with Crohn's disease (CD) and the development of CD. Here, we utilize HFDRs as controls to examine the microbiota and metabolome in individuals with active (CD-A) and quiescent (CD-R) CD, thereby minimizing the influence of genetic and environmental factors. When compared to non-relative controls, the use of HFDR controls identifies fewer differential taxa. Faecalibacterium, Dorea, and Fusicatenibacter are decreased in CD-R, independent of inflammation, and correlated with fecal short-chain fatty acids (SCFAs). Validation with a large multi-center cohort confirms decreased Faecalibacterium and other SCFA-producing genera in CD-R. Classification models based on these genera distinguish CD from healthy individuals and demonstrate superior diagnostic power than models constructed with markers identified using unrelated controls. Furthermore, these markers exhibited limited discriminatory capabilities for other diseases. Finally, our results are validated across multiple cohorts, underscoring their robustness and potential for diagnostic and therapeutic applications.

The aim of this study was to investigate the clinical feasibility of reducing the risk of unfavorable fractures during Le Fort III osteotomy by using a navigation-guided technique. A study was carried out involving 20 Crouzon syndrome patients treated with Le Fort III osteotomy and distraction osteogenesis from 2018 to 2023 at the International Hospital of Peking University. The Le Fort III osteotomy procedure in experimental group (9 patients) was carried out under the guidance of navigation technique, while in historical control group (11patients) was carried out by free hand. Immediate postoperative CT scans were acquired within 24 hours after surgery to observe the osteotomy lines and detect unfavorable fracture lines. There were 4 patients with unfavorable fractures in the navigation group (4/9=44%) while 10 patients in the freehand group (10/11=91%), with a statistically significant difference in the probability of unfavorable fracture and the number of fracture lines between the two groups (P<0.05). The difference in unfavorable fracture incidence in the two groups was significant in zygomatic area (P<0.05) while not significant in mid-palatal area(P>0.05). And the surgical duration of the navigation group was and significantly shorter than that (216 min vs 280 min) (P < 0.05). The above findings suggests that the navigation-guided technique is effective in reducing the risk of unfavorable fractures in Le Fort III osteotomy procedure and decreasing the surgical duration.