Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
PY
Puangrat Yongvanit
Author with expertise in Cholangiocarcinoma
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(25% Open Access)
Cited by:
1,661
h-index:
51
/
i10-index:
137
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Whole-Genome and Epigenomic Landscapes of Etiologically Distinct Subtypes of Cholangiocarcinoma

Apinya Jusakul et al.Jul 1, 2017
Abstract Cholangiocarcinoma (CCA) is a hepatobiliary malignancy exhibiting high incidence in countries with endemic liver-fluke infection. We analyzed 489 CCAs from 10 countries, combining whole-genome (71 cases), targeted/exome, copy-number, gene expression, and DNA methylation information. Integrative clustering defined 4 CCA clusters—fluke-positive CCAs (clusters 1/2) are enriched in ERBB2 amplifications and TP53 mutations; conversely, fluke-negative CCAs (clusters 3/4) exhibit high copy-number alterations and PD-1/PD-L2 expression, or epigenetic mutations (IDH1/2, BAP1) and FGFR/PRKA-related gene rearrangements. Whole-genome analysis highlighted FGFR2 3′ untranslated region deletion as a mechanism of FGFR2 upregulation. Integration of noncoding promoter mutations with protein–DNA binding profiles demonstrates pervasive modulation of H3K27me3-associated sites in CCA. Clusters 1 and 4 exhibit distinct DNA hypermethylation patterns targeting either CpG islands or shores—mutation signature and subclonality analysis suggests that these reflect different mutational pathways. Our results exemplify how genetics, epigenetics, and environmental carcinogens can interplay across different geographies to generate distinct molecular subtypes of cancer. Significance: Integrated whole-genome and epigenomic analysis of CCA on an international scale identifies new CCA driver genes, noncoding promoter mutations, and structural variants. CCA molecular landscapes differ radically by etiology, underscoring how distinct cancer subtypes in the same organ may arise through different extrinsic and intrinsic carcinogenic processes. Cancer Discov; 7(10); 1116–35. ©2017 AACR. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1047
0
Citation776
0
Save
0

Differential protein expression marks the transition from infection with Opisthorchis viverrini to cholangiocarcinoma

Jarinya Khoontawad et al.Nov 9, 2016
Parts of Southeast Asia have the highest incidence of intrahepatic cholangiocarcinoma (CCA) in the world due to infection by the liver fluke Opisthorchis viverrini (Ov). Ov-associated CCA is the culmination of chronic Ov-infection, with the persistent production of the growth factors and cytokines associated with persistent inflammation, which can endure for years in Ov-infected individuals prior to transitioning to CCA. Isobaric labelling and tandem mass spectrometry of liver tissue from a hamster model of CCA was used to compare protein expression profiles from inflammed tissue (Ov-infected but not cancerous) versus cancerous tissue (Ov-induced CCA). Immunohistochemistry and immunoblotting were used to verify dysregulated proteins in the animal model and in human tissue. We identified 154 dysregulated proteins that marked the transition from Ov-infection to Ov-induced CCA, i.e. proteins dysregulated during carcinogenesis but not Ov-infection. The verification of dysregulated proteins in resected liver tissue from humans with Ov-associated CCA showed the numerous parallels in protein dysregulation between human and animal models of Ov-induced CCA. To identify potential circulating markers for CCA, dysregulated proteins were compared to proteins isolated from exosomes secreted by a human CCA cell line (KKU055) and 27 proteins were identified as dysregulated in CCA and present in exosomes. These data form the basis of potential diagnostic biomarkers for human Ov-associated CCA. The profile of protein dysregulation observed during chronic Ov-infection and then in Ov-induced CCA provides insight into the etiology of an infection-induced inflammation-related cancer.