Abstract With the continued promise of immunotherapy as an avenue for treating cancer, understanding how host genetics contributes to the tumor immune microenvironment (TIME) is essential to tailoring cancer screening and treatment strategies. Approaches that intersect SNP modifiers of molecular phenotype, such as gene expression, with disease phenotypes have shown promise for implicating causal genetic factors. Here we evaluated 194 literature-curated TIME associations and 890 associations detected with 157 immune phenotype (IP) components found using genotypes from over 8,000 individuals in The Cancer Genome Atlas. Of these 1084, 233 associations comprising 219 unique TIME-SNPs were also cancer relevant, associating with cancer risk, survival, and/or immunotherapy treatment response. Many cancer relevant TIME-SNPS overlapped regions of active transcription, and were associated with gene expression in specific immune cell subsets, such as macrophages and dendritic cells. TIME-SNPs associated with cancer risk and response to immunotherapy implicated genes involved in antigen presentation, especially by antigen presenting cells. The strongest associations with survival were with PD-L1 and CTLA-4 , suggesting that SNPs modifying the potential for immune evasion could contribute to disease progression. To assess whether our approach could reveal novel cancer immunotherapy targets, we inhibited CTSS, a gene implicated by cancer risk and immunotherapy response-associated TIME-SNPs; CTSS inhibition resulted in slowed tumor growth and extended survival in vivo . These results validate the potential of cancer relevant TIME-SNPs to implicate target genes for countering immune suppressive characteristics of the TIME and set the stage for future host genetics analysis integrating germline variation and TIME characteristics. Significance A systematic screen for common germline variants associated with the tumor immune microenvironment across > 8000 tumors reveals novel cancer risk factors and targets for immunotherapy.

Abstract Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) ranks 6th in cancer incidence worldwide and has a five-year survival rate of only 63%. Immunotherapies – principally immune checkpoint inhibitors (ICI), such as anti-PD-1 and anti-CTLA-4 antibodies that restore endogenous antitumor T-cell immunity – offer the greatest promise for HNSCC treatment. Anti-PD-1 has been recently approved for first line treatment of recurrent and metastatic HNSCC; however less than 20% of patients show clinical benefit and durable responses. In addition, the clinical application of ICI has been limited by immune-related adverse events (irAEs) consequent to compromised peripheral immune tolerance. Although irAEs are often reversible, they can become severe, prompting premature therapy termination or becoming life-threatening. To address the irAEs inherent to systemic ICI therapy, we developed a novel, local delivery strategy based upon an array of soluble microneedles (MN). Using our recently reported syngeneic, tobacco-signature murine HNSCC model, we found that both systemic and local-MN anti-CTLA-4 therapy lead to >90% tumor response, which is dependent on CD8 T cells and conventional dendritic cell type 1 (cDC1). However, local-MN delivery limited the distribution of anti-CTLA-4 antibody from areas distal to draining lymphatic basins. Employing Foxp3- GFP DTR transgenic mice to interrogate irAEs in vivo , we found that local-MN delivery of anti-CTLA-4 protects animals from irAEs observed with systemic therapy. Taken together, our findings support the exploration of MN-intratumoral ICI delivery as a viable strategy for HNSCC treatment with reduced irAEs, and the opportunity to target cDC1s as part of multimodal treatment options to boost ICI therapy.

Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the sixth most common cancer worldwide. Tobacco use is the main risk factor for HNSCC, and tobacco-associated HNSCCs have poor prognosis and response to available treatments. Recently approved anti-PD-1 immune checkpoint inhibitors showed limited activity (≤20%) in HNSCC, highlighting the need to identify new therapeutic options. For this, mouse models that accurately reflect the complexity of the HNSCC mutational landscape and tumor immune environment are urgently needed. Here, we report the first mouse HNSCC model system that recapitulates the human tobacco-related HNSCC mutanome, in which tumors grow when implanted in the tongue of immunocompetent mice. These HNSCC lesions have similar immune infiltration and response rates to anti-PD-1 (≤20%) immunotherapy as human HNSCCs. Remarkably, we found that >70% of HNSCC lesions respond to intratumoral anti-CTLA-4. This syngeneic HNSCC mouse model provides a platform for the development of novel immunotherapeutic options for HNSCC.

Abstract Immune checkpoint inhibition (ICI) with anti-CTLA-4 and anti-PD-1 has revolutionized oncology; however, response rates remain limited in most cancer types, highlighting the need for more effective immune oncology (IO) treatment strategies. Paradoxically, head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC), which bears a mutational burden and immune infiltrate commensurate with cancers that respond robustly to ICI, has demonstrated no response to anti- CTLA-4 in any setting or to anti-PD-1 for locally-advanced disease. Scrutiny of the landmark clinical trials defining current IO treatments in HNSCC reveals that recruited patients necessarily received regional ablative therapies per standard of care, prompting us to hypothesize that standard therapies, which by design ablate locoregional lymphatics, may compromise host immunity and the tumor response to ICI. To address this, we employed tobacco-signature HNSCC murine models in which we mapped tumor-draining lymphatics and developed models for regional lymphablation with surgery or radiation. Remarkably, we found that lymphablation eliminates the tumor ICI response, significantly worsening overall survival and repolarizing the tumor- and peripheral-immune compartments. Mechanistically, within tumor-draining lymphatics, we observed an upregulation of cDC1 cells and IFN-I signaling, showed that both are necessary for the ICI response and lost with lymphablation. Ultimately, we defined rational IO sequences that mobilize peripheral immunity, achieve optimal tumor responses, confer durable immunity and control regional lymphatic metastasis. In sum, we provide a mechanistic understanding of how standard regional, lymphablative therapies impact the response to ICI, which affords insights that can be applied to define rational, lymphatic-preserving IO treatment sequences for cancer. One Sentence Summary Despite the promise of immune checkpoint inhibition, therapeutic responses remain limited, raising the possibility that standard of care treatments delivered in concert may compromise the tumor response; here, we provide a mechanistic understanding of how standard oncologic therapies targeting regional lymphatics impact the tumor response to immune-oncology therapy in order to define rational treatment sequences that mobilize systemic antitumor immunity, achieve optimal tumor responses, confer durable antitumor immunity, and control regional metastatic disease. Graphical Abstract