JW
Jingtian Wang
Author with expertise in Marine Microbial Diversity and Biogeography
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(100% Open Access)
Cited by:
5
h-index:
13
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Proteomic analysis of the spineless cuttlefish Sepiella japonica: Exploratory analyses on the phenomenon of death after spawning

Hongfei Li et al.Sep 5, 2022
To better understand the physiological events involving death after spawning in S. japonica (Japanese spineless cuttlefish), we have presently generated a proteomic data set to properly examine this phenomenon. As such, a proteomic-based approach was employed to identify differentially expressed proteins (DEPs) in the optic glands of S. japonica , at three distinct growth stages: pre-spawning after sexual maturity (group A); spawning (group B) and postspawning before death (group C). About 955, 1000, and 1024 DEPs were identified for each comparative group analysis (i.e., group B vs A, group B vs C, and group C vs A). We further discovered that the function of these newly identified DEPs was mostly related to molecular events such as gene translation and signal transduction. According to the enriched GO terms obtained by Gene Ontology analysis, the function of most DEPs was correlated with structural molecule activity, ribosome function and gene expression. The majority of DEPs were known to be involved in signal transduction and energy metabolism, interestingly, some aging-related DEPs were also identified. Putting together, our study provides new insights, at the protein level, in the phenomenon of death after spawning in S. japonica , by referring to anti-aging effects conserved in other cephalopoda species.
0
Citation2
0
Save
1

Differential CO2-fixation potentials and supporting roles of phagotrophy and proton pump among plankton lineages in a subtropical marginal sea

Hongfei Li et al.Feb 10, 2022
Abstract Lineage-wise physiological activities of plankton communities in the ocean are important but challenging to characterize. Here we conducted whole-assemblage metatranscriptomic profiling at continental shelf and slope sites of South China Sea to investigate carbon fixation in different lineages. We catalogued 4.4 million unique genes, ∼37% being annotatable and mainly involved in microbial metabolism, photosynthesis, amino acid synthesis, oxidative phosphorylation, and two-component systems. With RuBisCO expression as proxy, Calvin carbon fixation (CCF) was mainly contributed by Bacillariophyta, Chlorophyta, Cyanobacteria, Haptophyta and non-diatom Stramenopiles, which was differentially affected by environmental factors among lineages. CCF exhibited positive or negative correlations with phagotrophy gene expression depending on lineages, suggesting phagotrophy enhances (Bacillariophyta, Haptophyta, and Chlorophyta) or complements (Dinophyta) CCF. Our data reveal significant potential of non-Calvin carbon fixation (NCF), mainly contributed by Flavobacteriales, Alteromonadales, Oceanospirillales and Rhodobacterales. Furthermore, in Flavobacteriales, Alteromonadales, Pelagibacterales and Rhodobacterales, NCF potential was positively correlated with proteorhodopsin expression, suggesting that NCF is energetically supported by proteorhodopsin. The novel insights into lineage-dependent potential of carbon fixation, widespread mixotrophy, and proteorhodopsin as energy source for NCF lay a methodological and informational foundation for further research to understand the carbon fixation and trophic landscape in the ocean. Importance Lineage-dependent physiologies are very important for understanding the contributions of different lineages to the biogeochemical processes in the oceanic plankton, but it is hardly possible using classical ecological methods. Even though metatranscriptomic methods have now been increasingly used to investigate physiologies of marine plankton, lineage-specific contribution to carbon fixation and phagotrophy has not received due research effort. Using whole-assemblage (prokaryotes + eukaryotes) plankton metatranscriptomic approach, with RNA quantity-based calibration to allow comparison across separately sequenced samples, this study reveals differential capacities of carbon fixation among lineages, widespread mixotrophy, and the potential of proteorhodopsin as energy source for non-photosynthetic carbon fixation. With these novel insights this study lays a methodological and informational foundation for further research to understand the carbon fixation and trophic landscape in the ocean.
1
Citation1
0
Save
5

Identification of novel regulators of dendrite arborization using cell type-specific RNA metabolic labeling

Mohamed Aboukilila et al.Sep 28, 2020
Abstract Obtaining neuron transcriptomes is challenging; their complex morphology and interconnected microenvironments make it difficult to isolate neurons without potentially altering gene expression. Multidendritic sensory neurons (md neurons) of Drosophila larvae are commonly used to study peripheral nervous system biology, particularly dendrite arborization. We sought to test if EC-tagging, a biosynthetic RNA tagging and purification method that avoids the caveats of physical isolation, would enable discovery of novel regulators of md neuron dendrite arborization. RNAs were biosynthetically tagged by expressing CD:UPRT (a nucleobase-converting fusion enzyme) in md neurons and feeding 5-ethynylcytosine (EC) to larvae. Tagged RNAs were subsequently purified and used for RNA-sequencing. Reference RNA was prepared in a similar manner using 5-ethynyluridine (EUd) to tag RNA in all cells and negative control RNA-seq was performed on “mock tagged” samples to identify non-specifically purified transcripts. Differential expression analysis identified md neuron enriched and depleted transcripts. Three candidate genes encoding RNA-binding proteins (RBPs) were tested for a role in md neuron dendrite arborization. Loss-of-function for the m6A-binding factor Ythdc1 did not cause any dendrite arborization defects while RNAi of the other two candidates, the poly(A) polymerase Hiiragi and the translation regulator Hephaestus, caused significant defects in dendrite arborization. This work provides an expanded view of transcription in md neurons and a technical framework for combining EC-tagging with RNA-seq to profile transcription in cells that may not be amenable to physical isolation.
1

Comparative transcriptomics unveil distinctive metabolic pathway of phosphonate utilization by diatom Phaeodactylum tricornutum

Huilin Shu et al.Feb 9, 2022
Abstract Phosphonates are important constituents of marine organic phosphorus, however, the bioavailability and catabolism of phosphonates by eukaryotic phytoplankton remain enigmatic. Here, we use diatom Phaeodactylum tricornutum to investigate the bioavailability of phosphonates and elaborate the underlying molecular mechanism. Our results showed that 2-aminoethylphosphonic (2-AEP) can be utilized as alternative phosphorus source. Comparative transcriptomics unveil the 2-AEP utilization comprising two steps, molecular uptake through clathrin-mediated endocytosis and incorporation into the membrane phospholipids in the form of diacylglyceryl-2-AEP (DAG-2-AEP). In the global ocean, we found the prevalence of key genes responsible for vesicle formation ( CLTC, AP-2 ) and DAG-AEP synthesis ( PCYT2 and EPT1 ) in diatom assemblage. In accordance with the observation of elevated transcript abundance in cold waters, our culture experiments showed that cells grown in 2-AEP are more active at lower temperature. This study elucidated a distinctive mechanism of phosphonate utilization by diatom and inspected the ecological implications in adaptive mechanism.