Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
MR
Michael Radermacher
Author with expertise in Cryo-Electron Microscopy Techniques
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(100% Open Access)
Cited by:
1,523
h-index:
44
/
i10-index:
96
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

DoG Picker and TiltPicker: Software tools to facilitate particle selection in single particle electron microscopy

Neil Voss et al.Jan 20, 2009
Solving the structure of macromolecular complexes using transmission electron microscopy can be an arduous task. Many of the steps in this process rely strongly on the aid of pre-existing structural knowledge, and are greatly complicated when this information is unavailable. Here, we present two software tools meant to facilitate particle picking, an early stage in the single-particle processing of unknown macromolecules. The first tool, DoG Picker, is an efficient and reasonably general, particle picker based on the Difference of Gaussians (DoG) image transform. It can function alone, as a reference-free particle picker with the unique ability to sort particles based on size, or it can also be used as a way to bootstrap the creation of templates or training datasets for other particle pickers. The second tool is TiltPicker, an interactive graphical interface application designed to streamline the selection of particle pairs from tilted-pair datasets. In many respects, TiltPicker is a re-implementation of the SPIDER WEB tilted-particle picker, but built on modern computer frameworks making it easier to deploy and maintain. The TiltPicker program also includes several useful new features beyond those of its predecessor.
0
Paper
Citation621
0
Save
0

Architecture of the Xenopus nuclear pore complex revealed by three-dimensional cryo-electron microscopy

Christopher Akey et al.Jul 1, 1993
The nuclear pore complex spans the nuclear envelope and functions as a macromolecular transporter in the ATP-dependent process of nucleocytoplasmic transport. In this report, we present three dimensional (3D) structures for both membrane-associated and detergent-extracted Xenopus NPCs, imaged in frozen buffers by cryo-electron microscopy. A comparison of the differing configurations present in the 3D maps suggests that the spokes may possess an intrinsic conformational flexibility. When combined with recent data from a 3D map of negatively stained NPCs (Hinshaw, J. E., B. O. Carragher, and R. A. Milligan. 1992. Cell. 69:1133-1141), these observations suggest a minimal domain model for the spoke-ring complex which may account for the observed plasticity of this assembly. Moreover, lumenal domains in adjacent spokes are interconnected by radial arm dimers, forming a lumenal ring that may be responsible for anchoring the NPC within the nuclear envelope pore. Importantly, the NPC transporter is visualized as a centrally tapered cylinder that spans the entire width of the NPC, in a direction normal to the nuclear envelope. The central positioning, tripartite structure, and hollow nature of the transporter suggests that it may form a macromolecular transport channel, with a globular gating domain at each end. Finally, the packing of the transporter within the spokes creates a set of eight internal channels that may be responsible, in part, for the diffusion of ions and small molecules across the nuclear envelope.
3

Serotype specific sugars impact structure but not functions of the trimeric autotransporter adhesin EmaA of Aggregatibacter actinomycetemcomitans

Gaoyan Tang-Siegel et al.Jun 8, 2022
ABSTRACT The human oral pathobiont Aggregatibacter actinomycetemcomitans expresses multiple virulence factors including the trimeric, extracellular matrix protein adhesin A (EmaA). The posttranslational modification of EmaA is proposed to be dependent on the sugars and enzymes associated with O-polysaccharide (O-PS) synthesis of the lipopolysaccharide (LPS). This modification is important for the structure and function of this adhesin. To determine if the composition of the sugars alters structure and/or function, the prototypic 202 kDa protein was expressed in a non-serotype b, emaA mutant strain. The transformed strain displayed EmaA adhesins similar in appearance to the prototypic adhesin as observed by 2D electron microscopy of whole-mount negatively stained bacterial preparations. Biochemical analysis indicated that the protein monomers were post-translationally modified. 3D electron tomographic reconstruction and structure analyses of the functional domain revealed three well-defined subdomains (SI, SII and SIII) with a linker region between SII and SIII. Structural changes were observed in all three subdomains and the linker region of the adhesins synthesized compared with the known structure. These changes however did not affect the ability of the strain to bind collagen or form biofilms. The data suggest that changes in the composition of the glycan moiety alter the 3D structure of the molecule without negatively affecting the function(s) associated with this adhesin. IMPORTANCE The human oral pathogen A. actinomycetemcomitans is a causative agent of periodontal and several systemic diseases. EmaA is a trimeric autotransporter protein adhesin important for the colonization of this pathobiont in vivo . This adhesin is modified with sugars associated with the O-polysaccharide (O-PS) and the modification is mediated using the same enzymes involved in lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis. The interaction with collagen is not mediated by the specific binding between the glycans and collagen but is attributed to changes in the final quaternary structure necessary to maintain an active adhesin. In this study, we have determined that the composition of the sugars utilized in the post-translational modification of this adhesin is exchangeable without compromising functional activities.
3
Citation1
0
Save