Following its emergence in late 2019, the spread of SARS-CoV-21,2 has been tracked by phylogenetic analysis of viral genome sequences in unprecedented detail3–5. Although the virus spread globally in early 2020 before borders closed, intercontinental travel has since been greatly reduced. However, travel within Europe resumed in the summer of 2020. Here we report on a SARS-CoV-2 variant, 20E (EU1), that was identified in Spain in early summer 2020 and subsequently spread across Europe. We find no evidence that this variant has increased transmissibility, but instead demonstrate how rising incidence in Spain, resumption of travel, and lack of effective screening and containment may explain the variant's success. Despite travel restrictions, we estimate that 20E (EU1) was introduced hundreds of times to European countries by summertime travellers, which is likely to have undermined local efforts to minimize infection with SARS-CoV-2. Our results illustrate how a variant can rapidly become dominant even in the absence of a substantial transmission advantage in favourable epidemiological settings. Genomic surveillance is critical for understanding how travel can affect transmission of SARS-CoV-2, and thus for informing future containment strategies as travel resumes. Analysis of the spread of the 20E (EU1) variant of SARS-CoV-2 through Europe suggests that international travel and insufficient containment, rather than increased transmissibility, led to a resurgence of infections.

Mediterraneibacter gnavus is a Gram positive, non-sporulated, obligate anaerobe diplococci. It was first described in 1974 by Moore et al. (under the name Ruminococcus gnavus) from faeces and contents of the gastrointestinal tract of humans. It is a relatively common member of the human gut microbiota, nevertheless its role as a pathogenic bacterium has not been completely elucidated yet and it seems to depend on numerous factors, including those of the host. Here we present a case of prosthetic joint infection following total knee arthroplasty by M. gnavus. A 74 years old patient was admitted to the emergency department presenting with acute onset of left knee pain and swelling 20 days after total left knee arthroplasty. Follow-up revealed erythema and oedema without signs of fluctuation or purulent discharge from the surgical wound and elevated inflammatory reactants. Synovial fluid was taken for bacterial culture and antibiotic treatment with ceftazidime and daptomycin was established. Examination of the synovial fluid revealed abundant polymorphonuclear leucocytes, without visualizing bacteria. After four days of incubation, anaerobic culture exhibit growth of small, grey, umbilicated colonies in pure culture on Schaedler agar. The microorganism was identified as R. gnavus by MALDI-TOF (Bruker Daltonics) and M. gnavus by 16S ribosomal bacterial sequencing. The isolated showed susceptibility to the most commonly used anaerobicidal antibiotics except for clindamycin. Surgical treatment and infection source control included DAIR (debridement, antibiotics, and implant retention) and vacuum assisted therapy. The patient was discharged after six weeks with a 3-month course of oral amoxicillin as consolidation therapy. Subsequent follow-up revealed adequate wound healing with no signs of infection. Mediterraneibacter gnavus have been reported as the causal microorganism in a range of human infections, nevertheless its identification remains challenging. Infection of prosthetic joints by anaerobic microorganisms is uncommon and is not considered in its empirical antibiotic treatment, thus, correct and swift identification of anaerobic bacteria in these cases is paramount.

Abstract Drug repurposing is a novel strategy for the development of new therapies against antibiotic-resistant bacteria. Zidovudine, an antiviral largely used in the HIV-therapy, exerts antibacterial activity against Gram-negative bacteria. Zidovudine was identified in a previous drug repurposing synergy screening as fosfomycin enhancer against Klebsiella pneumoniae ATCC 13883. Our aim was to evaluate the antibacterial in vitro activity of zidovudine-based combinations with last-line antibiotics against MDR/XDR K. pneumoniae isolates. We validated the zidovudine/fosfomycin combination against a collection of 12 MDR K. pneumoniae isolates by the checkerboard assay (CBA). In addition, we performed time-kill assays (TKA) to analyze synergistic and bactericidal activities of zidovudine paired combinations with fosfomycin, ceftazidime-avibactam, colistin and tigecycline. These were compared with frequent clinical combinations in the treatment of MDR Enterobacteriaceae. The potential of the triple zidovudine/fosfomycin/colistin was also assessed by TKA. CBA synergy confirmation rate between zidovudine/fosfomycin was 83.33%. TKA yielded synergy confirmation rates of 83.3% for zidovudine/ceftazidime-avibactam, 75% for zidovudine/fosfomycin, 75% for zidovudine/colistin and 66.6% for zidovudine/tigecycline with potent killing activities. Frequent clinical combinations displayed synergy rates of 41.6% for meropenem/ertapenem, 33.33% for meropenem/colistin, 75% for fosfomycin/colistin and 66.6% for fosfomycin/tigecycline with lower bactericidal efficacy than zidovudine-based combinations. The triple zidovudine/fosfomycin/colistin combination exhibited activities similar to fosfomycin/colistin and fosfomycin/zidovudine. As conclusion, zidovudine is an effective partner in in vitro combinations with existing antibiotics against MDR K. pneumoniae , especially with ceftazidime-avibactam, fosfomycin or colistin. Further studies are needed to elucidate the clinical potential of zidovudine as a repurposed drug in the antibacterial therapy.

Abstract Background New therapeutical strategies are urgently needed against multidrug-resistant (MDR) Enterobacterales. Azithromycin is a widely prescribed antibiotic with additional immunomodulatory properties, but traditionally underused for the treatment of enterobacterial infections. We previously identified azithromycin as a potent enhancer of colistin, fosfomycin and tigecycline against Klebsiella pneumoniae ATCC 13883. Objectives The aim of this work was to evaluate the antibacterial in vitro activity of azithromycin-based combinations with last-line antibiotics against an expanded panel of MDR/XDR K. pneumoniae isolates. Methods Time-kill assays of azithromycin alone and in pair-wise combinations with fosfomycin, colistin and tigecycline were performed against a collection of 12 MDR/XDR K. pneumoniae isolates. Synergistic and bactericidal activities of azithromycin-based combinations were analyzed after 8, 24 and 48 hours of treatment, and compared with antimicrobial combinations frequently used in the clinic for the treatment of MDR Enterobacterales. Results Synergistic interactions were detected in 100% (12/12) for azithromycin/fosfomycin, 58.3% (7/12) for azithromycin/colistin and 75% (9/12) for azithromycin/tigecycline of the strains, showing potent killing activities. Clinical combinations currently used in the clinic showed synergy in 41.6% (5/12) for meropenem/ertapenem, 33.33% (4/12) for meropenem/colistin, 75% (9/12) for fosfomycin/colistin and 66.6% (8/12) for fosfomycin/tigecycline of the strains, with lower bactericidal efficacy. Conclusions Novel azithromycin-based combinations with last-line MDR/XDR K. pneumoniae antibiotics were identified showing in vitro capacity to eradicate MDR/XDR K. pneumoniae . Our results provide an in vitro basis supporting azithromycin used in combinatorial treatment for MDR-related infections.

Background/Objectives: Infections caused by multidrug-resistant (MDR)bacteria pose a significant public health threat by worsening patient outcomes, contributing to hospital outbreaks, and increasing health and economic burdens. Advanced genomic tools enhance the detection of resistance genes, virulence factors, and high-risk clones, thus improving the management of MDR infections. In the Autonomous Community of Aragon, the diversity and incidence of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) have increased during the last years. This study analyses CPE trends at a tertiary hospital in Spain from 2021 to 2023, aiming to optimize personalized medicine. Methods: CPE isolates were the first isolate per patient, year, species, and carbapenemase from January 2021 to December 2023. Additional metadata were collected from the laboratory’s information system. Antibiotic susceptibility testing was performed by broth microdilution. Whole-genome sequencing (WGS) was performed using Illumina short reads. De novo assembly was used to generate draft genomes in order to determine their complete taxonomic classification, resistome, plasmidome, sequence type (ST), core–genome multilocus sequence typing (cgMLST), and phylogenetic relationships using a suite of bioinformatics tools and in-house scripts. Results: Between 2021 and 2023, 0.4% out of 38,145 Enterobacteriaceae isolates were CPE. The CPE rate tripled in 2022 and doubled again in 2023. The most common species was Klebsiella pneumoniae (51.8%) and the most common carbapenemase was blaOXA-48. WGS revealed concordant species identification and the carbapenemase distribution in detail. Resistance rates to critical antibiotics, such as carbapenems, were variable, but in most cases were above 70%. Genetic diversity was observed in WGS and phylogenetic analyses, with plasmids often mediating carbapenemase dissemination. Conclusions: The increasing rate of CPE in healthcare settings highlights a critical public health challenge, with limited treatment options. Genomic characterization is essential to understanding resistance mechanisms, aiding therapy, limiting outbreaks, and improving precision medicine.

Research on the microbiome has progressed from identifying specific microbial communities to exploring how these organisms produce and modify metabolites that impact a wide range of health conditions, including gastrointestinal, metabolic, autoimmune, and neurodegenerative diseases. This review provides an overview of the bacteria commonly found in the intestinal tract, focusing on their main functional outputs. We explore biomarkers that not only indicate a well-balanced microbiota but also potential dysbiosis, which could foreshadow susceptibility to future health conditions. Additionally, it discusses the establishment of the microbiota during the early years of life, examining factors such as gestational age at birth, type of delivery, antibiotic intake, and genetic and environmental influences. Through a comprehensive analysis of current research, this article aims to enhance our understanding of the microbiota’s foundational development and its long-term implications for health and disease management.

The genus Aspergillus consists of a vast number of medically and environmentally relevant species. Aspergillus species classified in series Versicolores are ubiquitous in the environment and include the opportunistic pathogen Aspergillus sydowii, which is associated with onychomycosis and superficial skin infections. Despite frequent clinical reports of A. sydowii and related series Versicolores species, antifungal susceptibility data are scarce, hampering optimal treatment choices and subsequent patient outcomes. Here, we employed antifungal susceptibility testing (AFST) based on microbroth dilution on a set of 155 series Versicolores strains using the common antifungals amphotericin B, itraconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole and micafungin with the addition of luliconazole and olorofim. All strains were identified using partial calmodulin gene sequencing, with 145 being A. sydowii, seven A. creber and three A. versicolor, using the latest taxonomic insights. Overall, tested antifungals were potent against the entire strain collection. In comparison to A. fumigatus, azole and amphotericin B MICs were slightly elevated for some strains. AFST with luliconazole and olorofim, here reported for the first time, displayed the highest in vitro activity, making these antifungals interesting alternative drugs but clinical studies are warranted for future therapeutic use.