Abstract Cell therapies have yielded durable clinical benefits for patients with cancer, but the risks associated with the development of therapies from manipulated human cells are still being understood. For example, we currently lack a comprehensive understanding of the mechanisms of neurotoxicity observed in patients receiving T cell therapies, including recent reports of encephalitis caused by human herpesvirus 6 (HHV-6) reactivation 1 . Here, via petabase-scale viral RNA data mining, we examine the landscape of human latent viral reactivation and demonstrate that HHV-6B can become reactivated in human CD4+ T cells in standard in vitro cultures. Using single-cell sequencing, we identify a rare population of HHV-6 ‘super-expressors’ (~1 in 300-10,000 cells) that possess high viral transcriptional activity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell culture before spreading to infect other cells in vitro . Through the analysis of single-cell sequencing data from patients receiving cell therapy products that are FDA-approved 2 or used in clinical studies 3,4 , we identify the presence of CAR+, HHV-6 super-expressor T cells in vivo . Together, our study implicates cell therapy products as a source of lytic HHV-6 reported in clinical trials 1,5–7 and has broad implications for the design, production, and monitoring of cell therapies.

ABSTRACT Prophylaxis strategies for Graft versus host disease (GVHD) in allogeneic hematopoietic cell transplantation (allo‐HCT) frequently encompass a combination of a calcineurin inhibitor (CNI) with either methotrexate (MTX) or mycophenolate mofetil (MMF). The aim of this retrospective, EBMT registry‐based study was to determine outcome differences for chronic myeloid malignancies and secondary acute myeloid leukemia (sAML) between MTX‐ and MMF‐based prophylaxis regimens while taking potential heterogeneity between subgroups into consideration. Eligible were patients transplanted between 2007 and 2017 who received either MTX‐ or MMF prophylaxis in combination with a CNI. Endpoints after allo‐HCT were overall survival, relapse‐free survival (RFS), relapse incidence, non‐relapse mortality (NRM), and Grades 2–4 acute GVHD (aGvHD). Overall, 13 699 patients from 321 centers were included. Median follow‐up was 42.8 months (IQR 19.8–74.5 months). MTX prophylaxis was associated with reduced overall mortality (HR 0.87, 95% CI 0.81–0.95, p = 0.001) and NRM (HR 0.86, 95% CI 0.78–0.96, p = 0.006) compared with MMF in multivariable Cox regression models in the whole cohort without significant interaction between prophylaxis and subgroups. In contrast, there was no significant association of prophylaxis with risk of relapse (HR 1.03 MTX vs. MMF, 95% CI 0.94–1.14, p = 0.53) or RFS (HR 0.95, 95% CI 0.88–1.01, p = 0.12). There was a reduced risk of Grades 2–4 acute GVHD and reduced mortality after acute GVHD with MTX prophylaxis but no association with outcome in a landmark analysis in patients without aGvHD at 3 months after allo‐HCT. In conclusion, MTX‐complemented CNI prophylaxis was associated with favorable survival, and with favorable survival after aGVHD compared with MMF.

Abstract COVID-19 has been associated with high mortality in patients treated with Chimeric Antigen Receptor (CAR) T-cell therapy for hematologic malignancies. Here, we investigated whether the outcome has improved over time with the primary objective of assessing COVID-19-attributable mortality in the Omicron period of 2022 compared to previous years. Data for this multicenter study were collected using the MED-A and COVID-19 report forms developed by the EBMT. One-hundred-eighty patients were included in the analysis, 39 diagnosed in 2020, 35 in 2021 and 106 in 2022. The median age was 58.9 years (min-max: 5.2–78.4). There was a successive decrease in COVID-19-related mortality over time (2020: 43.6%, 2021: 22.9%, 2022: 7.5%) and in multivariate analysis year of infection was the strongest predictor of survival ( p = 0.0001). Comparing 2022 with 2020–2021, significantly fewer patients had lower respiratory symptoms (21.7% vs 37.8%, p = 0.01), needed oxygen support (25.5% vs 43.2%, p = 0.01), or were admitted to ICU (5.7% vs 33.8%, p = 0.0001). Although COVID-19-related mortality has decreased over time, CAR T-cell recipients remain at higher risk for complications than the general population. Consequently, vigilant monitoring for COVID-19 in patients undergoing B-cell-targeting CAR T-cell treatment is continuously recommended ensuring optimal prevention of infection and advanced state-of-the art treatment when needed.