Abstract Cell therapies have yielded durable clinical benefits for patients with cancer, but the risks associated with the development of therapies from manipulated human cells are still being understood. For example, we currently lack a comprehensive understanding of the mechanisms of neurotoxicity observed in patients receiving T cell therapies, including recent reports of encephalitis caused by human herpesvirus 6 (HHV-6) reactivation 1 . Here, via petabase-scale viral RNA data mining, we examine the landscape of human latent viral reactivation and demonstrate that HHV-6B can become reactivated in human CD4+ T cells in standard in vitro cultures. Using single-cell sequencing, we identify a rare population of HHV-6 ‘super-expressors’ (~1 in 300-10,000 cells) that possess high viral transcriptional activity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell culture before spreading to infect other cells in vitro . Through the analysis of single-cell sequencing data from patients receiving cell therapy products that are FDA-approved 2 or used in clinical studies 3,4 , we identify the presence of CAR+, HHV-6 super-expressor T cells in vivo . Together, our study implicates cell therapy products as a source of lytic HHV-6 reported in clinical trials 1,5–7 and has broad implications for the design, production, and monitoring of cell therapies.

Memory T selected cells (CD45RA

Cytokine release syndrome (CRS) and immune-effector cell associated neurotoxicity syndrome (ICANS) are complications of CD19-directed chimeric antigen receptor (CD19-CAR) T-cell therapy. The Endothelial Activation and Stress Index (EASIX) and modified EASIX (m-EASIX) scores have been retrospectively proven to be predictive of CRS and ICANS in adult CAR T cell recipients. However, these scores have not been evaluated in pediatric cohorts. We retrospectively report on 76 pediatric, adolescent and young adult (AYA) patients with relapsed/refractory B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) treated with CD19-CAR T cells at St. Jude Children's Research Hospital or John's Hopkins Hospital. Data included patient-, disease-, and treatment characteristics. EASIX and m-EASIX scores were calculated at days -5 pre, 0 and +3 post CAR T cell infusion. CRS and ICANS occurred in 47 and 17 patients, respectively. At all evaluated time points, compared to those with no/mild CRS/ICANS, median EASIX scores were higher for patients who developed severe CRS and any-grade ICANS, and median m-EASIX scores were higher in patients who developed severe CRS and severe ICANS. Receiver Operating Characteristic (ROC) curve analysis showed that both scores were strong predictors of CRS, especially severe CRS, at all time points. Any grade and severe ICANS were best predicted by both scores at day +3. m-EASIX uniformly outperformed EASIX, except for predicting any grade ICANS. Our results validate the potential utility for EASIX and m-EASIX scores for predicting CAR T-cell related complications for pediatric and AYA patients.