Gold standard datasets on protein complexes are key to inferring and validating protein-protein interactions.Despite much progress in characterizing protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae, numerous researchers still use as reference the manually curated complexes catalogued by the Munich Information Center of Protein Sequences database.Although this catalogue has served the community extremely well, it no longer reflects the current state of knowledge.Here, we report two catalogues of yeast protein complexes as results of systematic curation efforts.The first one, denoted as CYC2008, is a comprehensive catalogue of 408 manually curated heteromeric protein complexes reliably backed by small-scale experiments reported in the current literature.This catalogue represents an up-to-date reference set for biologists interested in discovering protein interactions and protein complexes.The second catalogue, denoted as YHTP2008, comprises 400 high-throughput complexes annotated with current literature evidence.Among them, 262 correspond, at least partially, to CYC2008 complexes.Evidence for interacting subunits is collected for 68 complexes that have only partial or no overlap with CYC2008 complexes, whereas no literature evidence was found for 100 complexes.Some of these partially supported and as yet unsupported complexes may be interesting candidates for experimental follow up.

Summary Pediatric brain and spinal cancer are the leading disease-related cause of death in children, thus we urgently need curative therapeutic strategies for these tumors. To accelerate such discoveries, the Children’s Brain Tumor Network and Pacific Pediatric Neuro-Oncology Consortium created a systematic process for tumor biobanking, model generation, and sequencing with immediate access to harmonized data. We leverage these data to create OpenPBTA, an open collaborative project which establishes over 40 scalable analysis modules to genomically characterize 1,074 pediatric brain tumors. Transcriptomic classification reveals that TP53 loss is a significant marker for poor overall survival in ependymomas and H3 K28-altered diffuse midline gliomas and further identifies universal TP53 dysregulation in mismatch repair-deficient hypermutant high-grade gliomas. OpenPBTA is a foundational analysis platform actively being applied to other pediatric cancers and inform molecular tumor board decision-making, making it an invaluable resource to the pediatric oncology community. In Brief The OpenPBTA is a global, collaborative open-science initiative which brought together researchers and clinicians to genomically characterize 1,074 pediatric brain tumors and 22 patient-derived cell lines. Shapiro, et. al create over 40 open-source, scalable modules to perform cancer genomics analyses and provide a richly-annotated somatic dataset across 58 brain tumor histologies. The OpenPBTA framework can be used as a model for large-scale data integration to inform basic research, therapeutic target identification, and clinical translation. Highlights OpenPBTA collaborative analyses establish resource for 1,074 pediatric brain tumors NGS-based WHO-aligned integrated diagnoses generated for 641 of 1,074 tumors RNA-Seq analysis infers medulloblastoma subtypes, TP53 status, and telomerase activity OpenPBTA will accelerate therapeutic translation of genomic insights