The balance between epithelial stemness and differentiation requires the precise regulation of gene expression programs. Epitranscriptomic RNA modifications have been implicated in both epithelial development as well as cancers. However, the underlying mechanisms are poorly understood. Here, we show that deletion of the m 6 A methyltransferase, METTL3, impairs the m 6 A-mediated degradation of numerous mRNA transcripts encoding critical chromatin modifying enzymes, resulting in widespread gene expression abnormalities as well as both aberrant cutaneous and oral epithelial phenotypes in vivo . Collectively, these results offer new insights into a new layer of gene regulation within epithelial surface tissues and will inform future epitranscriptomic studies within epithelial cancer and developmental biology.