A 5', 7-methylguanosine cap is a quintessential feature of RNA polymerase II-transcribed RNAs, and a textbook aspect of co-transcriptional RNA processing. The cap is bound by the cap-binding complex (CBC), canonically consisting of nuclear cap-binding proteins 1 and 2 (NCBP1/2). The CBC has come under renewed investigative interest in recent years due to its participation in RNA-fate decisions via interactions with RNA productive factors as well as with adapters of the degradative RNA exosome - including the proteins SRRT (a.k.a. ARS2) and ZC3H18, and macromolecular assemblies such as the nuclear exosome targeting (NEXT) complex and the poly(A) exosome targeting (PAXT) connection. A novel cap-binding protein, NCBP3, was recently proposed to form an alternative, non-canonical CBC together with NCBP1, and to interact with the canonical CBC along with the protein SRRT. The theme of post-transcriptional RNA fate, and how it relates to co-transcriptional ribonucleoprotein assembly is abundant with complicated, ambiguous, and likely incomplete models. In an effort to clarify the compositions of NCBP1-, 2-, and 3-related macromolecular assemblies, including their intersections and differences, we have applied an affinity capture-based interactome screening approach, where the experimental design and data processing have been modified and updated to identify interactome differences between targets under a range of experimental conditions, in the context of label-free quantitative mass spectrometry. This study generated a comprehensive view of NCBP-protein interactions in the ribonucleoprotein context and demonstrates the potential of our approach to benefit the interpretation of complex biological pathways.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.

Summary: Metagenomic surveys of human microbiota are becoming increasingly widespread in academic research as well as in food and pharmaceutical industries and clinical context. Intuitive tools for exploration of experimental data are of high interest to researchers. Knomics-Biota is a Web-based resource for exploratory analysis of human gut metagenomes. Users can generate analytical reports that correspond to common experimental schemes (like case-control study or paired comparison). Statistical analysis and visualizations of microbiota composition are provided in association with the external factors and in the context of thousands of publicly available datasets. Availability and Implementation: The Web-service is available at https://biota.knomics.ru . Contact: anna.popenko@knomics.ru or a.tyakht@gmail.com. Supplementary information: Supplementary figures are available at Bioinformatics online.

The avian bacterial pathogen Mycoplasma gallisepticum is a good model for transcriptional regulation studies due to its small genome and relative simplicity. In this study, we used RNA-Seq experiments combined with MS-based proteomics to accurately map coding sequences (CDSs), transcription start sites (TSSs) and transcription terminators (TTs) and to decipher their roles in stress-induced transcriptional responses. We identified 1061 TSSs at an FDR (false discovery rate) of 10% and showed that almost all transcription in M. gallisepticum is initiated from classic TATAAT promoters, which are surrounded by A/T-rich sequences and rarely accompanied by a -35 element. Our analysis revealed the pronounced complexity of the operon structure: on average, each coding operon has one internal TSS and TT in addition to the primary ones. Our new transcriptomic approach based on the intervals between the two closest transcription initiators and/or terminators allowed us to identify two classes of TTs: strong, unregulated and hairpin-containing TTs and weak, heat shock-regulated and hairpinless TTs. Comparing the gene expression levels under different conditions (such as heat, osmotic and peroxide stresses) revealed widespread and divergent transcription regulation in M. gallisepticum. Modeling suggested that the structure of the core promoter plays a major role in gene expression regulation. We have shown that the heat stress activation of cryptic promoters combined with the suppression of hairpinless TTs leads to widespread, seemingly non-functional transcription.

Background: Long interspersed element-1 (LINE-1, L1) is the major driver of mobile DNA activity in modern humans. When expressed, LINE-1 loci produce bicistronic transcripts encoding two proteins essential for retrotransposition, ORF1p and ORF2p. Many types of human cancers are characterized by L1 promoter hypomethylation, L1 transcription, L1 ORF1p protein expression, and somatic L1 retrotransposition. ORF2p encodes the endonuclease and reverse transcriptase activities required for L1 retrotransposition. Its expression is poorly characterized in human tissues and cell lines. Results: We report mass spectrometry based tumor proteome profiling studies wherein ORF2p eludes detection. To test whether ORF2p could be detected with specific reagents, we developed and validated five rabbit monoclonal antibodies with immunoreactivity for specific epitopes on the protein. These reagents readily detect ectopic ORF2p expressed from bicistronic L1 constructs. However, endogenous ORF2p is not detected in human tumor samples or cell lines by western blot, immunoprecipitation, or immunohistochemistry despite high levels of ORF1p expression. Moreover, we report endogenous ORF1p-associated interactomes, affinity isolated from colorectal cancers, wherein we similarly fail to detect ORF2p. These samples include primary tumors harboring hundreds of somatically-acquired L1 insertions. The new data are available via ProteomeXchange with identifier PXD013743. Conclusions: Although somatic retrotransposition provides unequivocal genetic evidence for the expression of ORF2p in human cancers, we are unable to directly measure its presence using several standard methods. Experimental systems have previously indicated an unequal stoichiometry between ORF1p and ORF2p, but in vivo, the expression of these two proteins may be more strikingly uncoupled. These findings are consistent with observations that ORF2p is not tolerable for cell growth.

Long Interspersed Nuclear Element-1 (LINE-1, L1) is a mobile genetic element active in human genomes. L1-encoded ORF1 and ORF2 proteins bind L1 RNAs, forming ribonucleoproteins (RNPs). These RNPs interact with diverse host proteins, some repressive and others required for the L1 lifecycle. Using differential affinity purifications and quantitative mass spectrometry, we have characterized the proteins associated with distinctive L1 macromolecular complexes. Our findings support the presence of multiple L1-derived retrotransposition intermediates in vivo. Among them, we describe a cytoplasmic intermediate that we hypothesize to be the canonical ORF1p/ORF2p/L1-RNA-containing RNP, and we describe a nuclear population containing ORF2p, but lacking ORF1p, which likely contains host factors participating in template-primed reverse transcription.