Our understanding of Ewing's sarcoma development mediated by the EWS/FLI fusion protein has been limited by a lack of knowledge regarding the tumor cell of origin. To circumvent this, we analyzed the function of EWS/FLI in Ewing's sarcoma itself. By combining retroviral-mediated RNA interference with reexpression studies, we show that ongoing EWS/FLI expression is required for the tumorigenic phenotype of Ewing's sarcoma. We used this system to define the full complement of EWS/FLI-regulated genes in Ewing's sarcoma. Functional analysis revealed that NKX2.2 is an EWS/FLI-regulated gene that is necessary for oncogenic transformation in this tumor. Thus, we developed a highly validated transcriptional profile for the EWS/FLI fusion protein and identified a critical target gene in Ewing's sarcoma development.

Abstract Hematopoiesis is a process of constitutive regeneration whereby hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) replenish mature blood cells. During maturation and aging, HSPCs shift their output to support the demands of prenatal development and postnatal maturation both at homeostasis and in response to stress. How HSPC ontogeny changes throughout life is unknown; studies to date have largely focused on specific individual ages, particularly at single cell resolution. Here, we performed single cell RNA-seq of human HSPCs from early prenatal development into mature adulthood. We observed shifts in HSPC transcriptional states and differentiation trajectories over time. We identified age-specific gene expression patterns throughout human maturation and developed methods for identifying, prospectively purifying, and functionally validating age-specific HSC states. Together, our findings define the temporal maturation of human HSPCs and uncover principles applicable to age-biased blood diseases. Summary Single cell RNA sequencing reveals that the mechanisms of human hematopoietic stem and progenitor cell (HSPC) fate commitment change over a lifetime from gestation to mature adulthood.

In the nematode Caenorhabditis elegans, RNA interference (RNAi) triggered by double-stranded RNA (dsRNA) spreads systemically to cause gene silencing throughout the organism and its progeny. We confirm that Caenorhabditis nematode SID-1 orthologs have dsRNA transport activity and demonstrate that the SID-1 paralog CHUP-1 does not transport dsRNA. Sequence comparison of these similar proteins, in conjunction with analysis of loss-of-function missense alleles identifies several conserved 2-7 amino acid microdomains within the extracellular domain that are important for dsRNA transport. Among these missense alleles, we identify and characterize a sid-1 allele, qt95, which causes tissue-specific silencing defects most easily explained as a systemic RNAi export defect. However, we conclude from genetic and biochemical analyses that sid-1(qt95) disrupts only import and speculate that the apparent export defect is caused by the cumulative effect of sequentially impaired dsRNA import steps. Thus, consistent with previous studies, we fail to detect a requirement for sid-1 in dsRNA export, but demonstrate for the first time that SID-1 functions in the intestine to support environmental RNAi.