CP
Chitra Pattabiraman
Author with expertise in Global Impact of Arboviral Diseases
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(40% Open Access)
Cited by:
1,219
h-index:
12
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

SARS-CoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and immune evasion

Petra Mlčochová et al.Sep 6, 2021
+96
M
S
P
Abstract The B.1.617.2 (Delta) variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first identified in the state of Maharashtra in late 2020 and spread throughout India, outcompeting pre-existing lineages including B.1.617.1 (Kappa) and B.1.1.7 (Alpha) 1 . In vitro, B.1.617.2 is sixfold less sensitive to serum neutralizing antibodies from recovered individuals, and eightfold less sensitive to vaccine-elicited antibodies, compared with wild-type Wuhan-1 bearing D614G. Serum neutralizing titres against B.1.617.2 were lower in ChAdOx1 vaccinees than in BNT162b2 vaccinees. B.1.617.2 spike pseudotyped viruses exhibited compromised sensitivity to monoclonal antibodies to the receptor-binding domain and the amino-terminal domain. B.1.617.2 demonstrated higher replication efficiency than B.1.1.7 in both airway organoid and human airway epithelial systems, associated with B.1.617.2 spike being in a predominantly cleaved state compared with B.1.1.7 spike. The B.1.617.2 spike protein was able to mediate highly efficient syncytium formation that was less sensitive to inhibition by neutralizing antibody, compared with that of wild-type spike. We also observed that B.1.617.2 had higher replication and spike-mediated entry than B.1.617.1, potentially explaining the B.1.617.2 dominance. In an analysis of more than 130 SARS-CoV-2-infected health care workers across three centres in India during a period of mixed lineage circulation, we observed reduced ChAdOx1 vaccine effectiveness against B.1.617.2 relative to non-B.1.617.2, with the caveat of possible residual confounding. Compromised vaccine efficacy against the highly fit and immune-evasive B.1.617.2 Delta variant warrants continued infection control measures in the post-vaccination era.
0

A Suv39H1-low chromatin state drives migratory cell populations in cervical cancers

Calvin Rodrigues et al.Dec 31, 2017
+5
R
C
C
The emergence of migratory cell populations within tumours represents a critical early stage during cancer metastasis. We have previously reported one such population, marked by CD66, in cervical cancers. It is unclear what broad mechanisms regulate such migratory populations. Here, we describe the role of a Suv39H1-low heterochromatin state as a driver of cervical cancer migratory populations. Cervical cancer cells sorted based on migratory ability in vitro show low Suv39H1, and Suv39H1 knockdown enhances cell migration. Histopathology shows the emergence of migratory Suv39H1low populations in advanced carcinoma progression. Meta-analysis of data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) reveals that Suv39H1-low tumours show migration and CD66 expression signatures, and correlate with lower patient survival. Lastly, genome-wide profiling of migrated populations using RNA-Seq and H3K9me3 ChIP-Seq reveals Suv39H1-linked transcriptome alterations and a broad loss of H3K9me3, suggesting an increase in chromatin plasticity in migrated populations. The understanding of such chromatin based regulation in migratory populations may prove valuable in efforts to develop anti-metastatic strategies.
0

Complete assembly of a dengue virus type 3 genome from a recent genotype III clade by metagenomic sequencing of serum

Chitra Pattabiraman et al.Oct 19, 2017
+8
T
A
C
Background: Mosquito-borne flaviviruses causing diseases such as dengue and Japanese encephalitis are devastating, particularly in the tropics. Although, multiple flaviviruses are known to co-circulate in India, when a patient presents with febrile illness, testing is usually limited to specific pathogens. Unbiased metagenomic sequencing of febrile cases can reveal the presence of multiple pathogens and provide complete genome information. Sequence information, a cornerstone for tracing virus evolution, is relevant for the design of vaccines and therapeutics. In order to assess the usefulness of unbiased metagenomic sequencing for the identification of viruses associated with febrile illness, we sequenced serum from four individuals and plasma from one individual, all hospitalized at a tertiary care centre in South India with severe or prolonged febrile illnesses, together with one healthy control in 2014. Results: We identified and assembled a complete dengue virus type 3 (DENV3) sequence from the serum of a case classified as severe dengue. We also found a small number of Japanese encephalitis virus (JEV) sequences in the serum of two adults with febrile illness, including the one who had dengue. Phylogenetic analysis of the dengue sequence indicates that it belongs to a predominantly Asian, DENV3, genotype III clade. It had an estimated divergence time of 13.86 years (95% Highest Posterior Densities 12.94-14.83 years) with the closest Indian strain. Amino acid substitutions were present throughout the sequenced genome, including 11 substitutions in the antigenic envelope protein compared to the strain used for the development of the first commercial dengue vaccine. Of these one substitution (E361D) was unique and six were in critical antigenic sites. Conclusions: We demonstrate that both genome assembly and detection of a low number of viral sequences are possible by unbiased sequencing of clinical material. Complete dengue virus sequence analysis places the sequenced genome in a recent, predominantly Asian clade within genotype III of DENV3. The detection of JEV, an agent not routinely tested in febrile illness in India, warrants further analysis and highlights the need to study co-circulating flaviviruses in parallel.
0

Next-Gen sequencing of novel pandemic swine flu [A(H1N1)pdm09] virus in India revealed novel mutations across the genome

Paban Dash et al.Jul 5, 2019
+7
K
P
P
The Influenza A H1N1 virus of 2009 was the first pandemic flu virus of the 21st century. Identifying the emergence of mutations in rapidly mutating Influenza viruses that allow increased transmission or confer resistance are invaluable to global outbreak response. Here we recovered 5 complete Influenza A genomes from 4 oropharygeal swabs and one cell culture isolate from a severe Indian outbreak of flu in early 2015. Multiple amino acids substitutions including those known to confer resistance to Oseltamivir and increased pathogenecity in mice were found in the Neuraminidase gene. Additional mutations both reported and novel were found throughout the genome compared to the vaccine strain (California/04/2009). All eight segments of the complete genomes were found to be genetically related to the 2009 pandemic strain, A(H1N1)pdm09 and belonging to the emerging genogroup 6B. This group was found to be of south East Asian origin by time scale phylogentic analysis. A phylogeographic analysis revealed 39 significant migration events among globally circulating viruses. This study is the first extensive complete genome and phylogeographic analysis of 2015 Indian A(H1N1) pdm09 viruses. We report several novel mutations in the 2015 Indian strains which need to be evaluated for effect on viral replication, transmission and resistance to therapy. The identification of mutant A(H1N1)pdm09 from India warrants continuous monitoring of viral evolution for implementation of suitable medical countermeasures.
1

Evolutionary dynamics of dengue virus in India

Suraj Jagtap et al.Sep 10, 2022
+2
C
S
S
Abstract More than a hundred thousand dengue cases are diagnosed in India annually, and about half of the country’s population carries dengue virus-specific antibodies. Dengue propagates and adapts to the selection pressures imposed by a multitude of factors that can lead to the emergence of new variants. Yet, there has been no systematic analysis of the evolution of the dengue virus in the country. Here, we present a comprehensive analysis of all DENV gene sequences collected between 1956 and 2018 from India. We examine the spatio-temporal dynamics of India-specific genotypes, their evolutionary relationship with global and local dengue virus strains, interserotype dynamics and their divergence from the vaccine strains. Our analysis highlights the co-circulation of all DENV serotypes in India with cyclical outbreaks every 3-4 years. Since 2000, genotype III of DENV1, cosmopolitan genotype of DENV2, genotype III of DENV3 and genotype I of DENV4 have been dominating across the country. Substitution rates are comparable across the serotypes, suggesting a lack of serotype-specific evolutionary divergence. Yet, the envelope (E) protein displays strong signatures of evolution under immune selection. Apart from drifting away from its ancestors and other contemporary serotypes in general, we find evidence for recurring interserotype drift towards each other, suggesting selection via cross-reactive antibody-dependent enhancement. We identify the emergence of the highly divergent DENV4-Id lineage in South India, which has acquired half of all E gene mutations in the antigenic sites. Moreover, the DENV4-Id is drifting towards DENV1 and DENV3 clades, suggesting the role of cross-reactive antibodies in its evolution. Due to the regional restriction of the Indian genotypes and immunity-driven virus evolution in the country, ∼50% of all E gene differences with the current vaccines are focused on the antigenic sites. Our study shows how high incidence and pre-existing population immunity are shaping dengue virus evolution in India. Author summary Dengue is a mosquito-borne disease with four closely related serotypes of the virus (DENV1-4). Further, cross-reacting dengue antibodies from a previous infecting dengue serotype can protect or enhance infection from other serotypes. This can force the emergence of new dengue variants that find ways to escape the immune action or take advantage of it. In endemic countries like India, high rates of previous dengue infection can drive the evolution of dengue serotypes in complex ways. We compare all published dengue virus sequences to understand how new variants of dengue are emerging in India. Dengue cases and corresponding viruses display triennial surges. Further, the dengue envelope protein for each serotype shows recurring divergence and reversal towards its ancestral strain over a three-year window. Such fluctuations are also correlated among the dengue serotypes in India and could arise from the changing levels of cross-reactive antibodies. This, combined with the regional exchange of the virus among Asia-Pacific countries, has led to the emergence of India-specific DENV lineages, including a new DENV4 (Id) variant. This has also contributed to significant variations in the epitope regions of the current dengue viruses in India compared to the vaccines with implications for their efficacy.