Recently, TERT promoter mutations were identified at high frequencies in cutaneous melanoma tumor samples and cell lines. The mutations were found to have a UV-signature and to lead to increased TERT gene expression. We analyzed a large cohort of melanoma patients for the presence and distribution of TERT promoter mutations and their association with clinico-pathological characteristics.410 melanoma tumor samples were analyzed by Sanger sequencing for the presence of TERT promoter mutations. An analysis of associations between mutation status and various clinical and pathologic variables was performed.TERT promoter mutations were identified in 154 (43%) of 362 successfully sequenced melanomas. Mutation frequencies varied between melanoma subtype, being most frequent in melanomas arising in nonacral skin (48%) and melanomas with occult primary (50%), and less frequent in mucosal (23%), and acral (19%) melanomas. Mutations carried a UV signature (C>T or CC>TT). The presence of TERT promoter mutations was associated with factors such as BRAF or NRAS mutation (P < .001), histologic type (P = .002), and Breslow thickness (P < .001). TERT promoter mutation was independently associated with poorer overall survival in patients with nonacral cutaneous melanomas (median survival 80 months vs 291 months for wild-type; hazard ratio corrected for other covariates 2.47; 95% confidence interval [CI] = 1.29 to 4.74; P = .006).UV-induced TERT promoter mutations are one of the most frequent genetic alterations in melanoma, with frequencies varying depending on melanoma subtype. In nonacral cutaneous melanomas, presence of TERT promoter mutations is independently associated with poor prognosis.

ABSTRACT Current global pandemic due to the SARS-CoV-2 has struggled and pushed the limits of global health systems. Supply chain disruptions and scarce availability of commercial laboratory reagents have motivated worldwide actors to search for alternative workflows to cope with the demand. We have used the OT-2 open-source liquid-handling robots (Opentrons, NY), RNA extraction and RT-qPCR reagents to set-up a reproducible workflow for RT-qPCR SARS-CoV-2 testing. We developed a framework with a template and several functions and classes that allow the creation of customized RT-qPCR automated circuits. As a proof of concept, we provide data obtained by a fully-functional tested code using the MagMax™ Pathogen RNA/DNA kit and the MagMax™ Viral/Pathogen II kit (Thermo Fisher Scientific, MA) on the Kingfisher™ Flex instrument (Thermo Fisher Scientific, MA). With these codes available is easy to create new stations or circuits from scratch, adapt existing ones to changes in the experimental protocol, or perform fine adjustments to fulfil special needs. The affordability of this platform makes it accessible for most laboratories and hospitals with a bioinformatician, democratising automated SARS-CoV-2 PCR testing and increasing, temporarily or not, the capacity of carrying out tests. It also confers flexibility, as this platform is not dependant on any particular commercial kit and can be quickly adapted to protocol changes or other special needs.

The total number of acquired melanocytic nevi on the skin is strongly correlated with melanoma risk. Here we report a meta-analysis of 11 nevus GWAS from Australia, Netherlands, United Kingdom, and United States, comprising a total of 52,506 phenotyped individuals. We confirm known loci including MTAP, PLA2G6, and IRF4, and detect novel SNPs at a genome-wide level of significance in KITLG, DOCK8, and a broad region of 9q32. In a bivariate analysis combining the nevus results with those from a recent melanoma GWAS meta-analysis (12,874 cases, 23,203 controls), SNPs near GPRC5A, CYP1B1, PPARGC1B, HDAC4, FAM208B and SYNE2 reached global significance, and other loci, including MIR146A and OBFC1, reached a suggestive level of significance. Overall, we conclude that most nevus genes affect melanoma risk (KITLG an exception), while many melanoma risk loci do not alter nevus count. For example, variants in TERC and OBFC1 affect both traits, but other telomere length maintenance genes seem to affect melanoma risk only. Our findings implicate multiple pathways in nevogenesis via genes we can show to be expressed under control of the MITF melanocytic cell lineage regulator.