Significance HIV-1 requires integration for efficient gene expression, and the local chromatin environment significantly influences the level of HIV-1 transcription. Silent, integrated proviruses constitute the latent HIV reservoir. As HIV-1 commandeers cellular factors to dictate its preferred integration sites, these interactions consequentially influence latency. We examined the impact of polyadenylation specificity factor CPSF6, which binds HIV-1 capsid, and the integrase-binding chromatin reader LEDGF/p75 on viral infection and integration site distribution. Integration sites were determined in cells knocked down or knocked out for one or both host factors. Our data indicate that CPSF6 directs HIV-1 to transcriptionally active chromatin, where LEDGF/p75 predominantly directs the positions of integration within genes. These findings clarify the roles of cellular forces that dictate HIV-1 integration preferences and hence virus pathogenesis.

Abstract A multimer of retroviral integrase (IN) synapses viral DNA ends within a stable intasome nucleoprotein complex for integration into a host cell genome. Reconstitution of the intasome from the maedi-visna virus (MVV), an ovine lentivirus, revealed a large assembly containing sixteen IN subunits (1). Herein, we report cryo-EM structures of the lentiviral intasome prior to engagement of target DNA and following strand transfer, refined at 3.4 and 3.5 Å resolution, respectively. The structures elucidate details of the protein-protein and protein-DNA interfaces involved in lentiviral intasome formation. We show that the homomeric interfaces involved in IN hexadecamer formation and the α-helical configuration of the linker connecting the C-terminal and catalytic core domains are critical for MVV IN strand transfer activity in vitro and for virus infectivity. Single-molecule microscopy in conjunction with photobleaching revealed that the MVV intasome can bind a variable number, up to sixteen molecules, of the lentivirus-specific host factor LEDGF/p75. Concordantly, ablation of endogenous LEDGF/p75 resulted in gross redistribution of MVV integration sites in human and ovine cells. Our data confirm the importance of the expanded architecture observed in cryo-EM studies of lentiviral intasomes and suggest that this organization underlies multivalent interactions with chromatin for integration targeting to active genes.

Influenza is a global problem infecting 5-10 % of adults and 20-30 % of children annually. Non-pharmaceutical interventions (NPIs) are attractive approaches to complement vaccination in the prevention and reduction of influenza. Strong cyclical reduction of absolute humidity has been associated with influenza outbreaks in temperate climates. This study tested the hypothesis that raising absolute humidity above seasonal lows would impact influenza virus survival and transmission in a key source of influenza distribution, a community school. Air samples and objects handled by students (e.g. blocks and markers) were collected from preschool classrooms. All samples were processed and PCR used to determine the presence of influenza and its amount. Additionally samples were tested for their ability to infect cells in cultures. Deliberate classroom humidification (with commercial steam humidifiers) resulted in a significant reduction of the total number of influenza positive samples (air and fomite), viral copy number, and efficiency of viral infectivity. This is the first prospective study suggesting that exogenous humidification could serve as a scalable NPI for influenza or other viral outbreaks.