RH
Rifat Hamoudi
Author with expertise in Lymphoid Neoplasms
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
24
(67% Open Access)
Cited by:
6,574
h-index:
52
/
i10-index:
158
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Distinct H3F3A and H3F3B driver mutations define chondroblastoma and giant cell tumor of bone

Sam Behjati et al.Oct 27, 2013
Adrienne Flanagan and colleagues identify distinct driver mutations in H3F3A and H3F3B in chondroblastoma and giant cell tumor of bone. The mutations occur in over 90% of tumors and exhibit a high degree of tumor type specificity. It is recognized that some mutated cancer genes contribute to the development of many cancer types, whereas others are cancer type specific. For genes that are mutated in multiple cancer classes, mutations are usually similar in the different affected cancer types. Here, however, we report exquisite tumor type specificity for different histone H3.3 driver alterations. In 73 of 77 cases of chondroblastoma (95%), we found p.Lys36Met alterations predominantly encoded in H3F3B, which is one of two genes for histone H3.3. In contrast, in 92% (49/53) of giant cell tumors of bone, we found histone H3.3 alterations exclusively in H3F3A, leading to p.Gly34Trp or, in one case, p.Gly34Leu alterations. The mutations were restricted to the stromal cell population and were not detected in osteoclasts or their precursors. In the context of previously reported H3F3A mutations encoding p.Lys27Met and p.Gly34Arg or p.Gly34Val alterations in childhood brain tumors, a remarkable picture of tumor type specificity for histone H3.3 driver alterations emerges, indicating that histone H3.3 residues, mutations and genes have distinct functions.
0
Citation734
0
Save
0

T(11;18) is a marker for all stage gastric MALT lymphomas that will not respond to H. pylori eradication

William Meehan et al.May 1, 2002
Eradication of Helicobacter pylori leads to cure of gastric mucosa-associated lymphoid tissue (MALT) lymphoma in 75% of localized cases. However, prolonged follow-up is necessary to determine whether a lymphoma responds to therapy. In a small series of cases, we showed that t(11;18)(q21;q21)-positive MALT lymphomas failed to respond to H. pylori eradication. The present study aimed to verify this finding in a large cohort and confirm whether the translocation predicts the response of stage I(E) tumors, for which clinical staging has little prognostic value.A total of 111 patients with H. pylori-positive gastric MALT lymphoma treated with antibiotics were studied. Clinical staging was undertaken before therapy. The response of lymphoma to H. pylori eradication was determined by histologic examination of gastric biopsy specimens. Diagnostic biopsy specimens were analyzed for t(11;18)(q21;q21) by reverse-transcription polymerase chain reaction of the API2-MALT1 transcript.Forty-seven of the 48 patients who showed complete regression had lymphoma at stage I(E), whereas 43 of the 63 nonresponsive cases were at stage I(E) and the remaining cases at stage II(E) or above. t(11;18)(q21;q21) was detected in 2 of 48 complete-regression cases, and these positive cases showed relapse of lymphoma in the absence of H. pylori reinfection. In contrast, the translocation was present in 42 of the 63 nonresponsive cases, including 26 of 43 (60%) at stage I(E).t(11;18)(q21;q21)-positive gastric MALT lymphomas, including those at stage I(E), do not respond to H. pylori eradication. Detection of the translocation should help the clinical management of patients with gastric MALT lymphoma.
0

High incidence of Kaposi sarcoma–associated herpesvirus–related non-Hodgkin lymphoma in patients with HIV infection and multicentric Castleman disease

Éric Oksenhendler et al.Apr 1, 2002
Multicentric Castleman disease (MCD) is a distinct type of lymphoproliferative disorder associated with inflammatory symptoms and interleukin 6 (IL-6) dysregulation. In the context of human immunodeficiency virus (HIV) infection, MCD is associated with Kaposi sarcoma–associated herpesvirus, also called human herpesvirus type 8 (KSHV/HHV8). Within a prospective cohort study on 60 HIV-infected patients with MCD, and a median follow-up period of 20 months, 14 patients developed KSHV/HHV8-associated non-Hodgkin lymphoma (NHL): 3 “classic” KSHV/HHV8+ Epstein-Barr virus–positive (EBV+) primary effusion lymphoma (PEL), 5 KSHV/HHV8+ EBV− visceral large cell NHL with a PEL-like phenotype, and 6 plasmablastic lymphoma/leukemia (3/3 KSHV/HHV8+ EBV−). The NHL incidence observed in this cohort study (101/1000 patient-years) is about 15-fold what is expected in the general HIV+ population. MCD-associated KSHV/HHV8+ NHL fell into 2 groups, suggesting different pathogenesis. The plasmablastic NHL likely represents the expansion of plasmablastic microlymphoma from the MCD lesion and progression toward aggressive NHL. In contrast, the PEL and PEL-like NHL may implicate a different original infected cell whose growth is promoted by the cytokine-rich environment of the MCD lesions.
0
Citation395
0
Save
0

Anomaly Detection and Artificial Intelligence Identified the Pathogenic Role of Apoptosis and RELB Proto-Oncogene, NF-kB Subunit in Diffuse Large B-Cell Lymphoma

Joaquim Carreras et al.Jun 7, 2024
Background: Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is one of the most frequent lymphomas. DLBCL is phenotypically, genetically, and clinically heterogeneous. Aim: We aim to identify new prognostic markers. Methods: We performed anomaly detection analysis, other artificial intelligence techniques, and conventional statistics using gene expression data of 414 patients from the Lymphoma/Leukemia Molecular Profiling Project (GSE10846), and immunohistochemistry in 10 reactive tonsils and 30 DLBCL cases. Results: First, an unsupervised anomaly detection analysis pinpointed outliers (anomalies) in the series, and 12 genes were identified: DPM2, TRAPPC1, HYAL2, TRIM35, NUDT18, TMEM219, CHCHD10, IGFBP7, LAMTOR2, ZNF688, UBL7, and RELB, which belonged to the apoptosis, MAPK, MTOR, and NF-kB pathways. Second, these 12 genes were used to predict overall survival using machine learning, artificial neural networks, and conventional statistics. In a multivariate Cox regression analysis, high expressions of HYAL2 and UBL7 were correlated with poor overall survival, whereas TRAPPC1, IGFBP7, and RELB were correlated with good overall survival (p < 0.01). As a single marker and only in RCHOP-like treated cases, the prognostic value of RELB was confirmed using GSEA analysis and Kaplan–Meier with log-rank test and validated in the TCGA and GSE57611 datasets. Anomaly detection analysis was successfully tested in the GSE31312 and GSE117556 datasets. Using immunohistochemistry, RELB was positive in B-lymphocytes and macrophage/dendritic-like cells, and correlation with HLA DP-DR, SIRPA, CD85A (LILRB3), PD-L1, MARCO, and TOX was explored. Conclusions: Anomaly detection and other bioinformatic techniques successfully predicted the prognosis of DLBCL, and high RELB was associated with a favorable prognosis.
0
Citation3
0
Save
0

ChronoBak: Automated cost-effective incremental backup software for large-scale data

Reem Alhamidi et al.Sep 5, 2024
ABSTRACT Background: Data backup is an important component of data protection and management. It is especially imperative to back up large-scale data to guard against losses due to hardware failure, unauthorized access, software/system malfunction, and unintended deletion. However, businesses and organizations suffer from the financial investment required for data backup and recovery systems. Health-care systems suffer from data breaches and hacking incidents, which increase annually. Therefore, a cost-effective and highly secure backup approach is necessary. Methods: Seven different backup scripts were written in bash within Linux, and Crontab was used as the core chronological scheduler to execute the backup scripts on specific dates and times. These bash scripts, together with Crontab as their scheduler, were used to implement automated incremental backups on a Unix/Linux-based system. Results: ChronoBak is a collection of bash scripts that are compiled and executed through Crontab, which is a standard Unix/Linux function used to schedule hourly, daily, weekly, and monthly maintenance routines using Linux scripts. This strategy enabled us to implement cost-effective incremental backups within any time range. Conclusion: We developed ChronoBak software, which executes an automated incremental backup that is scheduled efficiently and systematically using standard and hidden directories, thereby providing an additional layer of security against cyber threats and system malfunctions.
Load More