Non-homologous end-joining (NHEJ) is critical for genome stability because of its roles in double-strand break repair. Ku and ligase D (LigD) are the crucial proteins in this process, and strains expressing Ku and LigD can cyclize linear DNA in vivo. Herein, we established a proof-of-concept mono-homologous linear DNA recombination for gene inactivation or genome editing by which cyclization of linear DNA in vivo by NHEJ could be used to generate non-replicable circular DNA and could allow allelic exchanges between the circular DNA and the chromosome. We achieved this approach in Dietzia sp. DQ12-45-1b, which expresses Ku and LigD homologs and presents NHEJ activity. By transforming the strain with a linear DNA mono homolog to the sequence in chromosome, we mutated the genome. This method did not require the screening of suitable plasmids and was easy and time-effective. Bioinformatic analysis showed that more than 20% prokaryotic organisms contain Ku and LigD, suggesting the wide distribution of NHEJ activities. Moreover, the Escherichia coli strain also showed NHEJ activity when the Ku and LigD of Dietzia sp. DQ12-45-1b were introduced and expressed in it. Therefore, this method may be a widely applicable genome editing tool for diverse prokaryotic organisms, especially for non-model microorganisms.

Summary Eukaryotic genomes encode several well-studied buffering mechanisms that robustly maintain invariant phenotypic outcome despite fluctuating environmental conditions. Here we show that the gut microbiota, represented by a single Drosophila facultative symbiont, Lactobacillus plantarum ( Lp WJL ), acts also as a broad genetic buffer that masks the contribution of the cryptic genetic variations in the host under nutritional stress. During chronic under-nutrition, Lp WJL consistently reduces variation in different host phenotypic traits and ensures robust organ patterning; Lp WJL also decreases genotype-dependent expression variation, particularly for development-associated genes. We further demonstrate that Lp WJL buffers via reactive oxygen species (ROS) signaling whose inhibition severely impairs microbiota-mediated phenotypic robustness. We thus identified an unexpected contribution of facultative symbionts to Drosophila fitness by assuring developmental robustness and phenotypic homogeneity in times of nutritional stress.

Abstract The Mediterranean mussel, Mytilus galloprovincialis , is a significant marine bivalve species that has ecological and economic importance. This species is robustly resilient and highly invasive. Despite the scientific and commercial interest in studying its biology and aquaculture, there remains a need for a high-quality, chromosome-scale reference genome. In this study, we have assembled a high-quality chromosome-scale reference genome for M. galloprovincialis . The total length of our reference genome is 1.41 Gb, with a scaffold N50 sequence length of 96.9 Mb. BUSCO analysis revealed a 97.5% completeness based on complete BUSCOs. Compared to the four other available M. galloprovincialis assemblies, the assembly described here is dramatically improved in both contiguity and completeness. This new reference genome will greatly contribute to a deeper understanding of the resilience and invasiveness of M. galloprovincialis .

e12617 Background: The KEYNOTE-522 trial demonstrated the addition of pembrolizumab to anthracycline-taxane-platinum chemotherapy improves pathologic complete response (pCR) and event free survival (EFS) in triple-negative breast cancer (TNBC). Penpulimab is a newly developed PD-1 monoclonal antibody with complete elimination of FcgR binding and ADCC/ADCP. This study aims to assess the efficacy of the anthracycline free neoadjuvant regimen of penpulimab plus carboplatin and taxanes in TNBC. Methods: In this open-label, phase 2 study, patients with untreated, histologically confirmed TNBC in stage II-III were enrolled. Patients received 6 cycles of neoadjuvant therapy with penpulimab (200 mg, d1, q3w) plus taxanes (docetaxel 75 mg/m 2 or nab-paclitaxel 260 mg/m 2 , d1, q3w) and carboplatin (AUC=6, d1, q3w). Patients who either completed or discontinued the neoadjuvant treatment would undergo breast surgery. Adjuvant chemotherapy and immunotherapy were at the discretion of the treating physician, and radiation therapy was per standard of care. The primary endpoint was the rate of pCR based on the definition of ypT0/Tis ypN0. Secondary endpoints included residual cancer burden (RCB), EFS, overall survival (OS), adverse events (AE), and immune response biomarkers. Based on the Simon’s Two-Stage design, if >7 of 16 patients achieved pCR, the enrollment would proceed to full accrual of 46 patients as planned. If >23 of 46 patients achieved pCR, we would deem the study to have met the primary endpoint. Results: Nine out of 16 pts achieved pCR in the first stage, reaching the threshold for the second stage. From Nov 2022 to Jan 2024, 22 patients were enrolled, among which 17 patients received neoadjuvant treatment and underwent breast surgery. The median age was 51 years (range, 32-69). 13 (76.5%) patients had stage II breast cancer at diagnosis. 10 of the 17 patients achieved pCR (58.8%; 95% CI, 32.9-81.6), and 12 patients achieved RCB 0-I (70.6%; 95% CI, 44.0%-89.7%). Subgroup analysis showed the pCR rate of patients who were diagnosed initially to be lymph node negative was 75.0% (6/8), higher than that of patients who were lymph node positive (44.4%; 4/9). The ORR and DCR were 82.4% (95% CI, 56.6%-96.2%) and 88.2% (95% CI, 63.6%-98.5%), respectively. Treatment-emergent adverse events (TEAEs) of any grade occurred in all 17 pts, in which 10 (58.8%) were grade ≥3. The most common grade ≥3 TEAEs were neutropenia (47.1%), leukopenia (41.2%), anemia (23.5%), and thrombocytopenia (17.6%). 6 patients (35.3%) experienced immune related adverse events (irAEs), all of which were grade 1 hypothyroidism. Conclusions: The preliminary results demonstrated that penpulimab plus carboplatin and taxanes as neoadjuvant therapy for early-stage TNBC showed promising antitumor efficacy and manageable safety profile. The study is still ongoing. Clinical trial information: ChiCTR2300071925.

We assessed the correlation between optic nerve sheath diameter (ONSD) values measured by bedside ultrasound and intracranial pressure (ICP) changes among patients under neurocritical care and evaluated the diagnostic performance of ONSD for increased ICP. Sixty-seven neurologically critical patients who were hospitalised in the intensive care unit (ICU) of Jining No.1 People's Hospital between September 2023 and March 2024 and underwent lumbar puncture were included. The ONSD was measured and recorded using bedside ultrasound before the lumbar puncture. Patients were divided into normal and increased ICP groups on the basis of the initial lumbar puncture pressure on admission, and both groups were compared. Spearman's correlation analysis was used for evaluating the correlation between ONSD values and ICP. Receiver operating characteristic (ROC) curves were employed for evaluating the diagnostic performance of ONSD for increased ICP. At admission, the Glasgow Coma Scale scores of patients in the increased ICP group were significantly lower than those of patients in the normal ICP group (P < 0.05). The ONSD level of patients in the increased ICP group was significantly higher than that of patients in the normal ICP group (P < 0.05). Spearman's correlation analysis revealed that ONSD positively correlated with ICP among patients with severe neurological diseases (r = 0.777, P < 0.001). The area under the ROC curve when using ONSD for diagnosing lumbar puncture opening pressure ≥ 200 mmH2O was 0.896 (95% confidence interval, 0.817–0.974). When using ONSD ≥ 4.74 mm as the threshold for diagnosing lumbar puncture opening pressure ≥ 200 mmH2O, the sensitivity and specificity were 0.909 and 0.765, respectively. In patients with critical neurological illness, ONSD measured using bedside ultrasound positively correlated with ICP. Increased ICP can be diagnosed for ONSD ≥ 4.74 mm. The ONSD value measured by bedside ultrasound can be used for evaluating ICP among patients with critical neurological illness.