Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
RS
Rongye Shi
Author with expertise in Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(63% Open Access)
Cited by:
747
h-index:
22
/
i10-index:
33
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

DUX4 , a candidate gene of facioscapulohumeral muscular dystrophy, encodes a transcriptional activator of PITX1

Manjusha Dixit et al.Nov 6, 2007
Facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD) is an autosomal dominant disorder linked to contractions of the D4Z4 repeat array in the subtelomeric region of chromosome 4q. By comparing genome-wide gene expression data from muscle biopsies of patients with FSHD to those of 11 other neuromuscular disorders, paired-like homeodomain transcription factor 1 ( PITX1 ) was found specifically up-regulated in patients with FSHD. In addition, we showed that the double homeobox 4 gene ( DUX4 ) that maps within the D4Z4 repeat unit was up-regulated in patient myoblasts at both mRNA and protein level. We further showed that the DUX4 protein could activate transient expression of a luciferase reporter gene fused to the Pitx1 promoter as well as the endogenous Pitx1 gene in transfected C2C12 cells. In EMSAs, DUX4 specifically interacted with a 30-bp sequence 5′-CGGATGCTGTCTTCTAATTAGTTTGGACCC-3′ in the Pitx1 promoter. Mutations of the TAAT core affected Pitx1-LUC activation in C2C12 cells and DUX4 binding in vitro . Our results suggest that up-regulation of both DUX4 and PITX1 in FSHD muscles may play critical roles in the molecular mechanisms of the disease.
0
Citation336
0
Save
0

PBMC Fixation and Processing for Chromium Single-Cell RNA Sequencing

Jinguo Chen et al.May 5, 2018
Background: Interest in single-cell transcriptomic analysis is growing rapidly, especially for profiling rare or heterogeneous populations of cells. In almost all reported works investigators have used live cells, which introduces cell stress during preparation and hinders complex study designs. Recent studies have indicated that cells fixed by denaturing fixative can be used in single-cell sequencing, however they did not usually work with most types of primary cells including immune cells. Methods: The methanol-fixation and new processing method was introduced to preserve human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) for single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) analysis on 10X Chromium platform. Results: When methanol fixation protocol was broken up into three steps: fixation, storage and rehydration, we found that PBMC RNA was degraded during rehydration with PBS, not at cell fixation and up to three-month storage steps. Resuspension but not rehydration in 3X saline sodium citrate (SSC) buffer instead of PBS preserved PBMC RNA integrity and prevented RNA leakage. Diluted SSC buffer did not interfere with full-length cDNA synthesis. The methanol-fixed PBMCs resuspended in 3X SSC were successfully implemented into 10X Chromium standard scRNA-seq workflows with no elevated low quality cells and cell doublets. The fixation process did not alter the single-cell transcriptional profiles and gene expression levels. Major subpopulations classified by marker genes could be identified in fixed PBMCs at a similar proportion as in live PBMCs. This new fixation processing protocol also worked in several other fixed primary cell types and cell lines as in live ones. Conclusions: We expect that the methanol-based cell fixation procedure presented here will allow better and more effective batching schemes for a complex single cell experimental design with primary cells or tissues. Keywords: Fixation, methanol, SSC, PBMC, primary cells, droplet-based single-cell RNA-Seq, Chromium
0

T Cell Activators Exhibit Distinct Downstream Effects on Chimeric Antigen Receptor T Cell Phenotype and Function

Sarah Underwood et al.Jun 1, 2024
Abstract T cell activation is an essential step in chimeric Ag receptor (CAR) T (CAR T) cell manufacturing and is accomplished by the addition of activator reagents that trigger the TCR and provide costimulation. We explore several T cell activation reagents and examine their effects on key attributes of CAR T cell cultures, such as activation/exhaustion markers, cell expansion, gene expression, and transduction efficiency. Four distinct activators were examined, all using anti-CD3 and anti-CD28, but incorporating different mechanisms of delivery: Dynabeads (magnetic microspheres), TransAct (polymeric nanomatrix), Cloudz (alginate hydrogel), and Microbubbles (lipid membrane containing perfluorocarbon gas). Clinical-grade lentiviral vector was used to transduce cells with a bivalent CD19/CD22 CAR, and cell counts and flow cytometry were used to monitor the cells throughout the culture. We observed differences in CD4/CD8 ratio when stimulating with the Cloudz activator, where there was a significant skewing toward CD8 T cells. The naive T cell subset expressing CD62L+CCR7+CD45RA+ was the highest in all donors when stimulating with Dynabeads, whereas effector/effector memory cells were highest when using the Cloudz. Functional assays demonstrated differences in killing of target cells and proinflammatory cytokine secretion, with the highest killing from the Cloudz-stimulated cells among all donors. This study demonstrates that the means by which these stimulatory Abs are presented to T cells contribute to the activation, resulting in differing effects on CAR T cell function. These studies highlight important differences in the final product that should be considered when manufacturing CAR T cells for patients in the clinic.