ObjectivesTo describe the burden, epidemiology and outcomes of co-infections and superinfections occurring in hospitalized patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19).MethodsWe performed an observational cohort study of all consecutive patients admitted for ≥48 hours to the Hospital Clinic of Barcelona for COVID-19 (28 February to 22 April 2020) who were discharged or dead. We describe demographic, epidemiologic, laboratory and microbiologic results, as well as outcome data retrieved from electronic health records.ResultsOf a total of 989 consecutive patients with COVID-19, 72 (7.2%) had 88 other microbiologically confirmed infections: 74 were bacterial, seven fungal and seven viral. Community-acquired co-infection at COVID-19 diagnosis was uncommon (31/989, 3.1%) and mainly caused by Streptococcus pneumoniae and Staphylococcus aureus. A total of 51 hospital-acquired bacterial superinfections, mostly caused by Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli, were diagnosed in 43 patients (4.7%), with a mean (SD) time from hospital admission to superinfection diagnosis of 10.6 (6.6) days. Overall mortality was 9.8% (97/989). Patients with community-acquired co-infections and hospital-acquired superinfections had worse outcomes.ConclusionsCo-infection at COVID-19 diagnosis is uncommon. Few patients developed superinfections during hospitalization. These findings are different compared to those of other viral pandemics. As it relates to hospitalized patients with COVID-19, such findings could prove essential in defining the role of empiric antimicrobial therapy or stewardship strategies.

One hundred and twenty consecutive episodes of nosocomial pneumonia (NP) in 118 nonneutropenic adults admitted to a 1,000-bed teaching hospital were studied in order to investigate the prognosis and risk factors. The overall fatality rate was 36.6 percent. The identification of a "high-risk" microorganism (Pseudomonas aeruginosa, Enterobacteriaceae, and other Gram-negative bacilli, Streptococcus faecalis, Staphylococcus aureus, Candida sp, Aspergillus sp, and episodes of polymicrobial pneumonia), bilateral involvement on chest x-ray examination, the presence of respiratory failure, inappropriate antibiotic therapy, and age older than 60 years or an underlying condition ultimately or rapidly fatal were those factors selected by a stepforward logistic regression analysis as independently worsening the prognosis. A series of variables frequently quoted as predisposing to NP was determined to be either present or absent in the same 120 cases of NP and in an equal number of randomly selected control subjects. After adjusting for confounding, factors significantly predisposing to NP were tracheal intubation, depressed level of consciousness, underlying chronic lung disease, thoracic or upper abdominal surgery, prior episode of a large volume aspiration, and age older than 70 years. Since some of the factors influencing the risk or the prognosis of NP are amenable to medical intervention, a percentage of NP might be prevented and its prognosis can be improved.

Background

 The distribution of the microbial aetiology and mortality of community-acquired pneumonia (CAP) was investigated in relation to the clinical setting and severity scores (pneumonia severity index (PSI) and confusion, blood urea nitrogen, respiratory rate, blood pressure, age (CURB-65)). 

Methods

 3523 patients with CAP were included (15% outpatients, 85% inpatients). The distribution of the microbial aetiology in relation to the clinical setting and severity scores (PSI, CURB-65) and the relative mortality of different aetiologies across the severity scores were analysed. 

Results

 The aetiology was established in 1463 patients (42%), of whom 257 died (7%). The ranking of aetiologies varied according to site of care, with increasing frequency of Streptococcus pneumoniae and mixed aetiologies and decreasing frequency of atypical pathogens in hospitalised patients and those in ICUs. The distribution of aetiologies according to severity scores showed corresponding patterns; however, the severity scores were more sensitive to Gram-negative enteric bacilli (GNEB) and Pseudomonas aeruginosa and less sensitive in identifying mixed aetiologies as moderate- and high-risk conditions. Mortality rates according to aetiology and severity scoring showed increasing mortality rates for all pathogens except atypical pathogens. S pneumoniae had the highest number of deaths while GNEB, P aeruginosa, Staphylococcus aureus and mixed aetiologies had the highest mortality rates. Legionella pneumophila was similarly distributed according to site of care and prognostic scores. 

Conclusions

 CAP due to atypical bacterial pathogens is recognised both clinically and by severity scoring as a low-risk condition. Severity scores are more sensitive in identifying patients with GNEB and P aeruginosa as moderate- and high-risk aetiologies whereas mixed aetiologies may be underestimated.

Although patients with SARS-CoV-2 infection have several risk factors for ventilator-associated lower respiratory tract infections (VA-LRTI), the reported incidence of hospital-acquired infections is low. We aimed to determine the relationship between SARS-CoV-2 pneumonia, as compared to influenza pneumonia or no viral infection, and the incidence of VA-LRTI.Multicenter retrospective European cohort performed in 36 ICUs. All adult patients receiving invasive mechanical ventilation > 48 h were eligible if they had: SARS-CoV-2 pneumonia, influenza pneumonia, or no viral infection at ICU admission. VA-LRTI, including ventilator-associated tracheobronchitis (VAT) and ventilator-associated pneumonia (VAP), were diagnosed using clinical, radiological and quantitative microbiological criteria. All VA-LRTI were prospectively identified, and chest-X rays were analyzed by at least two physicians. Cumulative incidence of first episodes of VA-LRTI was estimated using the Kalbfleisch and Prentice method, and compared using Fine-and Gray models.1576 patients were included (568 in SARS-CoV-2, 482 in influenza, and 526 in no viral infection groups). VA-LRTI incidence was significantly higher in SARS-CoV-2 patients (287, 50.5%), as compared to influenza patients (146, 30.3%, adjusted sub hazard ratio (sHR) 1.60 (95% confidence interval (CI) 1.26 to 2.04)) or patients with no viral infection (133, 25.3%, adjusted sHR 1.7 (95% CI 1.2 to 2.39)). Gram-negative bacilli were responsible for a large proportion (82% to 89.7%) of VA-LRTI, mainly Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp., and Klebsiella spp.The incidence of VA-LRTI is significantly higher in patients with SARS-CoV-2 infection, as compared to patients with influenza pneumonia, or no viral infection after statistical adjustment, but residual confounding may still play a role in the effect estimates.

Sepsis is a serious health condition worldwide, affecting more than 30 million people globally each year. In 2017, the World Health Organization (WHO) adopted a resolution on sepsis: "improving the prevention, diagnosis and clinical management of sepsis", with the aim of improving early diagnosis, management and prevention to save lives. Blood culture (BC) is generally used to diagnose sepsis because of the low quantity of microbes occurring in the blood during such infections. However, approximately 50% of bloodstream infections (BSI) give negative BC, this figure being higher for sepsis, which delays the start of appropriate antimicrobial therapy. This prospective study evaluated a multiplex real-time polymerase chain reaction, the MagicplexTM Sepsis test (MP), for the detection of pathogens from whole blood, comparing it to routine BC. We analysed 809 blood samples from 636 adult patients, with 132/809 (16.3%) of the samples positive for one or more relevant microorganism according to BC and/or MP. The sensitivity and specificity of MP were 29% and 95%, respectively, while the level of agreement between BC and MP was 87%. The rate of contaminated samples was higher for BC (10%) than MP (4.8%) (P < 0.001). Patients with only MP-positive samples were more likely to be on antimicrobial treatment (47%) than those with only BC-positive samples (18%) (P = 0.002). In summary, the MP test reduces the time taken to identify the microbial pathogen, improving the diagnosis of BSI in patients on antibiotic treatment.

Background: the role of neutrophil and lymphocyte counts as predictors of prognosis in Community Acquired Pneumonia (CAP) has not been appropriately studied. Methods: this was a retrospective study to evaluate by multivariate regression analysis, the association between neutrophil and lymphocyte counts with mortality at 30-days post discharge in two large cohorts of hospitalized patients with CAP and no prior immunosupression: a multicentric with 1550 patients recruited at 14 hospitals in Spain and a unicentric with 2840 patients recruited at the Hospital Clinic-Barcelona. Findings: The unicentric cohort accounted with a higher proportion of critically ill patients: 586 (20.6%) vs 131 (8.5%) and non survivors 245 (8.6%) vs 74 (4.8%). Lymphopenia (< 1000 lymphocytes/mm3) was present in the 52.8% of the patients in both cohorts. A sub-group of lymphopenic patients, those with lymphocyte counts below decil 3 (677 lymphocytes/mm3 in the multicentric cohort and 651 lymphocytes/mm3 in the unicentric one), showed > 2-fold increase in the risk of mortality, independently of the CURB-65 score, critical illness and receiving an appropriated antibiotic treatment: (OR [CI95%], p) (2.18 [1.21-3.92], 0.009) and (2.33 [1.61-3.33], <0.001) respectively. Neutrophil counts were not associated with mortality risk. Interpretation: Lymphopenia is present in a half of the patients with CAP needing of hospitalization, in absence of antecendents of immunosupression. Lymphopenic CAP with lymphocyte counts < 664 lymphocytes/mm3 constitutes a particular immunological phenotype of the disease which is associated to an increased risk of mortality.

Improved phenotyping in pneumonia is necessary to strengthen risk assessment. Via a feasible and multidimensional approach with basic parameters, we aimed to evaluate the effect of host response at admission on severity stratification in COVID-19 and community-acquired pneumonia (CAP). Three COVID-19 and one CAP multicenter cohorts including hospitalized patients were recruited. Three easily available variables reflecting different pathophysiologic mechanisms-immune, inflammation, and respiratory-were selected (absolute lymphocyte count [ALC], C-reactive protein [CRP] and, SpO