SK
Sachin Khurana
Author with expertise in Advancements in Lung Cancer Research
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(29% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
13
/
i10-index:
16
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

‘Plasma first’ approach for detecting epidermal growth factor receptor mutation in advanced non-small cell lung carcinoma

Amber Rathor et al.Jul 27, 2024
Abstract Introduction The treatment approach for recently diagnosed advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) with EGFR mutations primarily relies on confirming the tissue diagnosis as non-squamous NSCLC. This routine clinical practice of tissue diagnosis imposes several barriers and delays in turnaround time (TAT) for biomarker testing, significantly delaying the time to treatment. The objective of this study is to investigate the ‘plasma first’ approach for detection of EGFR mutation in advanced stage treatment naïve NSCLC patients. Methods We prospectively collected blood samples of treatment naïve patients with clinical and radiological suspicion of advanced stage NSCLC prior to obtaining tissue biopsy. Plasma cfDNA was tested for EGFR mutation using two different methods. We compared the sensitivity and TAT of liquid biopsy with tissue biopsy. Results In total, we analyzed plasma cell-free DNA (cfDNA) of 236 patients suspected of having advanced NSCLC for EGFR mutations. We observed a notably shorter turnaround time (TAT) of 3 days, which was significantly quicker compared to the 12-day TAT for tissue biopsy ( p < 0.05). The ddPCR method had a sensitivity of 82.8%, which was higher than 66.34% sensitivity of ARMS-PCR. The current study also highlights that there is no significant difference in the clinical outcome of the patients whether treated based on liquid biopsy only or tissue biopsy (median progression-free survival of 11.56 vs. 11.9 months; p = 0.94). Conclusions Utilizing a ‘plasma first’ strategy, given its shorter turnaround time, strong positive concordance and comparable outcomes to tissue biopsy, emerges as a highly specific and reliable method for detecting EGFR mutations in advanced-stage NSCLC.
0
Citation1
0
Save
0

Structural Analysis for Assessing the Effectiveness of Anti-Corruption Strategies on Public Trust

Honganur Manjunath et al.Sep 14, 2024
Anti-corruption initiatives are critical tools in the fight against unethical behavior, selling transparency and integrity in both the public and commercial sectors. This study explores the efficacy of anti-corruption techniques on public trust in organizations. Using a dataset comprising 300 employees from a legal aid center, the research assesses the impact of diverse anti-corruption measures on Public Trust Score (PTS). Data turned into collected through surveys measuring the Transparency Index (TI), Accountability Index (AI), Effectiveness of Oversight Bodies (EOB), Public Awareness Level (PAL), and Quality of Anti-Corruption Training (QACT). SPSS was employed for analysis, consisting of Structural Equation Modelling (SEM), Pearson correlation was used to assess the significance and direction of the correlation between each independent variable and the dependent variable, and Multiple Linear regressions (MLR) was used to assess the influence of numerous independent variables. Simultaneously at the dependent variable. The findings imply that more advantageous transparency, accountability, and powerful oversight significantly enhance public acceptance, while public recognition and training quality have a notable but lesser impact.
0

POFUT2-mediated O-glycosylation of MIC2 is dispensable for Toxoplasma gondii tachyzoites

Sachin Khurana et al.Aug 14, 2018
Toxoplasma gondii is a ubiquitous obligate intracellular eukaryotic parasite that causes congenital birth defects, disease of the immunocompromised and blindness. Protein glycosylation plays an important role in the infectivity and evasion of immune response of many eukaryotic parasites and is also of great relevance to vaccine design. Here, we demonstrate that MIC2, the motility-associated adhesin of T. gondii, has highly glycosylated thrombospondin repeat domains (TSR). At least seven C-linked and three O-linked glycosylation sites exist within MIC2, with >95% occupancy at O-glycosylation sites. We demonstrate that the addition of O-glycans to MIC2 is mediated by a protein O-fucosyltransferase 2 homologue (TgPOFUT2) encoded by TGGT1_273550. While POFUT2 homologues are important for stabilizing motility associated adhesins and host infection in other apicomplexan parasites, in T. gondii loss of TgPOFUT2 has only a modest impact on MIC2 levels and the wider proteome. Consistent with this, both plaque formation and tachyzoite infectivity are broadly similar in the presence or absence of TgPOFUT2. These findings demonstrate that TgPOFUT2 O-glycosylates MIC2 and that this glycan is dispensable in T. gondii tachyzoites.
5

The sulfonylpiperazine MMV020291 prevents red blood cell invasion by the malaria parasitePlasmodium falciparumthrough interference with actin-1/profilin dynamics

Madeline Dans et al.Sep 30, 2022
Abstract With emerging resistance to frontline treatments, it is vital that new antimalarial drugs are identified to target Plasmodium falciparum . We have recently described a compound, MMV020291, as a specific inhibitor of red blood cell invasion, and have generated analogues with improved potency. Here, we identify actin and profilin as putative targets of the MMV020291 series through resistance selection and whole genome sequencing of three MMV020291 resistant populations. This revealed three non-synonymous single nucleotide polymorphisms in two genes; two in profilin (N154Y, K124N) and a third one in actin-1 (M356L). Using CRISPR-Cas9, we engineered these mutations into wildtype parasites which rendered them resistant to MMV020291. We demonstrate that MMV020291 reduces actin polymerisation that is required by the merozoite stage parasites to invade red blood cells. Additionally, the series inhibits the actin-1 dependent process of apicoplast segregation, leading to a delayed death phenotype. In vitro co-sedimentation experiments using recombinant P. falciparum actin-1 and profilin proteins indicate that potent MMV020291 analogues amplify the actin-monomer sequestering effect of profilin, thereby reducing the formation of filamentous actin. Altogether, this study identifies the first compound series targeting the actin-1/profilin interaction in P. falciparum and paves the way for future antimalarial development against the highly dynamic process of actin polymerisation.
0

Prevalence of EGFR Mutations in Patients With Resected Stage I to III Nonsquamous Non–Small Cell Lung Cancer: Results of India Cohort

Ullas Batra et al.Jan 1, 2025
PURPOSE The spectrum of EGFR is inadequately researched in patients with early-stage non–small cell lung cancer (NSCLC) in India. EARLY-epidermal growth factor receptor (EGFR) India (ClinicalTrials.gov identifier: NCT04742192 ), as part of a noninterventional, real-world global study, evaluated the prevalence of EGFR mutations in early-stage NSCLC in India. METHODS Prospective data from adult patients with surgically resected stage IA to IIIB (American Joint Committee on Cancer eighth edition) NSCLC between March 2021 and October 2022 were analyzed. In addition to descriptive statistics, Fisher's exact test with Monte Carlo was used to determine the association between EGFR mutations and clinicodemographic parameters. RESULTS Of 74 patients (median age, 57.0 [range, 33.0-77.0] years) enrolled from eight centers in India, 73.0% (54 of 74) were males, 56.1% (37 of 66) were nonsmokers, and 95.9% (71 of 74) had adenocarcinoma. The EGFR mutation prevalence was 26.0% (19 of 73), of which Exon-19 deletions were the predominant subtype (13, 68.4%) followed by Exon 21-L858R (4, 21.1%), Exon 20-T790M (1, 5.3%), and compound (1, 5.3%) mutations. Nearly half (48.6%, 36 of 74) of the patients underwent only surgical resection. The remaining 51.4% (38 of 74) of the patients were prescribed neoadjuvant (n = 12; 16.2%) and adjuvant (n = 31; 41.9%) systemic therapies, and one patient (1.4%) received radiotherapy along with systemic therapy. In 60 patients with stage IB to IIIB NSCLC, systemic therapies, mainly platinum-based chemotherapy, were prescribed in 36 (60.0%). Only 8.1% (6 of 74) of the patients were prescribed EGFR-tyrosine kinase inhibitor (TKI), of which two received neoadjuvant and four were planned for adjuvant EGFR-TKI. Two (2.7%) patients were prescribed adjuvant immunotherapy. The univariate analysis showed higher odds of EGFR mutation for females (odds ratio, 3.96; P = .017). CONCLUSION EARLY-EGFR India results showed the prevalence of EGFR mutation to be 26%. The study emphasized the pressing need for up-front biomarker testing at diagnosis to ensure optimal and timely personalized treatment.