The olfactory system depends upon organizational maps that are developmentally refined and maintained, however the cellular and molecular mechanisms that underlie these processes are unknown. Studies have shown that microglia and complement molecules are important for the developmental refinement of circuitry within the visual system, thus we asked whether they played a similar role in the olfactory system through the formation of the olfactory bulb (OB) maps, the glomerular and intrabulbar maps. Our findings revealed that microglia in mature animals engulf olfactory sensory neuron (OSN) axons and the synaptic terminals of tufted cells in the glomerular and intrabulbar maps respectively, suggesting microglia could anatomically shape the mature OB circuitry. To determine the mechanisms underlying this axonal pruning activity we used complement 3 (C3) and complement receptor 3 (CR3) knockout mice to investigate if C3 signaling was necessary for precise OB map development. Our results demonstrate that glomerular and intrabulbar map disorganization as typically present in early postnatal mice persists into adulthood when C3 signaling is disrupted. These data clearly establish the C3/CR3 pathway as necessary for the proper developmental refinement of both olfactory maps. We further present the olfactory system as a unique platform to study the role of glia in the development and adult refinement of regenerating circuits.