CJ
Carlos Juan
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(50% Open Access)
Cited by:
419
h-index:
33
/
i10-index:
55
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A molecular phylogeny of Schizothoracinae (Teleostei: Cypriniformes: Cyprinidae) based on 12 protein-coding mitochondrial genes and RAG1 gene analysis

Yurong Du et al.Jan 17, 2019
Abstract The ever-increasing interest in the investigation of origin and speciation of schizothoracine fishes can be dated to 20th century. However, molecular phylogeny of Schizothoracinae and their phylogenetic relationships, as well as the divergence times still remain controversial. In this study, two DNA sets consisting of 12 protein-coding mitochondrial genes from 254 individuals and RAG1 gene from 106 individuals were used to reconstruct the phylogenetic relationships and calculate the divergence times among the subfamily schizothoracinae. Our results indicated that both of the data sets supported a non-monophyletic relationship due to involving of species of Barbinae . However, the phylogenetic relationships based on mtDNA genes were more reliable than that inferred from RAG1 gene. The highly specialized grade formed a monophyletic group, together with Ptychobarbus as a sister group of Diptychus and Gymnodiptychus , which was belonging to specialized grade, indicating that Ptychobarbus may be transition species to involve to highly specialized schizothoracianae. In addition, the primitive grade clustered with Percocypris pingi , a species of Barbinae . Based on mtDNA gene, the speciation time of Schizothoracinae was 66 Ma, and the divergence time of the primitive grade and Percocypris pingi was 64 Ma. The speciation times of the three grades Schizothoracinae were 57 Ma, 51 Ma and 43 Ma, respectively; and the divergence time of specialized and highly specialized grade was 46 Ma. The divergence times of three grades were not consistent with the three stages of uplift of Qinghai-Tibet Plateau, which is older than the times.
0
Citation1
0
Save
0

The development trends of antineoplastics targeting PD-1/PD-L1 based on scientometrics and patentometrics

Ting Zhang et al.May 1, 2020
Abstract Background This paper aims to show the scientific research and technological development trends of antineoplastics targeting PD-1/PD-L1 based on scientometrics and patentometrics. Methodology/Principal Findings Publications and patents related to antineoplastics targeting PD-1/PD-L1were searched and collected from the Web of Science (WoS) and the Derwent Innovation Index (DII) respectively. Totally, 11244 publications and 5501 patents were obtained. The publications were analyzed from the annual number, the top countries/regions and organizations to describe the scientific research trends in this field. The patents were analyzed from the annual number, the top priority countries and patent assignees to reveal the characteristics and status of technological development. As well as the identification of scientific research focus and technological development focus was based on the title and abstract of the publications and patents, using the freely available computer program VOSviewer for clustering and visualization analysis. The number of scientific publications and patent applications showed obvious increase of 29.84% and 33.46% in recent ten years (2009-2018), respectively. Results suggested that the most productive countries/regions publishing on antineoplastics targeting PD-1/PD-L1 were USA and China, and the top three productive organizations were all from USA, including Harvard University, VA Boston Healthcare System (VA BHS) and University Of California System. There were four scientific research focus: (1) immune escape mechanism, (2) biomarkers related to efficacy and prognosis, (3) immune-related adverse event, and (4) drug design and preparation, and five technological development focus: (1) testing methods and apparatus, (2) indications related to carcinoma, (3) biomarkers related to diagnosis and prognosis, (4) small molecule inhibitors, and (5) indications other than carcinoma. Conclusions/Significance The results of this study presents an overview of the characteristics of research status and trends of antineoplastics targeting PD-1/PD-L1, which could help readers broaden innovative ideas and discover new technological opportunities, and also serve as important indicators for government policymaking.
0
0
Save
0

Using rDNA ITS2 barcoding to identify kratom (Mitragyna speciosa) from the genus Mitragyna and Neolamarckia cadamba

M. Chen et al.Jul 11, 2024
Abstract This study collected 80 samples of suspected kratom plant powder. A polymerase chain reaction sequence analysis was conducted using two sets of DNA barcode primers for plant ribosomal (r)DNA internal transcribed spacers (ITSs), namely, ITS3/ITS4 and ITS‐p3/ITS‐u4. Among the 80 samples, 40 were analyzed using the ITS3/ITS4 primer pair, and then DNA sequences were subjected to a National Center for Biotechnology Information–Basic Local Alignment Search Tool (NCBI–BLAST) comparison. Results showed that 29 samples had a 100% match (364/364) with Mitragyna speciosa (kratom), and 6 samples had a 99.73% match (363/364) with M. speciosa , whereas 5 samples had disordered and unreadable sequences. The 5 unreadable samples and an additional 40 suspected kratom samples were then analyzed using the ITS‐p3/ITS‐u4 primer pair, followed by an NCBI–BLAST comparison. Among these, 32 samples had a 100% match (404/404) with M. speciosa , and 11 samples had a 99.75% match (403/404) with M. speciosa . Among the samples with sequences matching M. speciosa , three distinct types were observed (no variance/404, 287M/404, and 287A/404). One sample had a 99.51% match (404/406) with Neolamarckia cadamba , and another sample had a sequencing length of 305 bp, with 25 positions showing mixed base pairs, indicating a mixture of different species. Analysis of the mixed base pair pattern suggested a possible mixture of M. speciosa and N. cadamba . Actually, M. speciosa and N. cadamba have very similar external morphologies. This indicates that the ITS‐p3/ITS‐u4 primer pair is effective in distinguishing mixtures of M. speciosa and N. cadamba and is thus more suitable than ITS3/ITS4 for identifying and analyzing samples of suspected kratom plant powder.