Abstract Formalin fixation has been shown to substantially reduce T 2 estimates when performing post-mortem imaging, primarily driven by the presence of bulk fixative in tissue. Prior to scanning, post-mortem tissue samples are often placed into a fluid that has more favourable imaging properties, such as matched magnetic susceptibility. This study investigates whether there is any evidence for a change in T 2 in regions close to the tissue surface in post-mortem T 2 maps due to fixative outflux into this surrounding fluid. Furthermore, we investigate whether a simulated spatial map of fixative concentration can be used as a confound regressor to reduce T 2 inhomogeneity. To achieve this, T 2 maps and diffusion tensor estimates were obtained in 14 whole, formalin fixed post-mortem brains placed in fluorinert approximately 48 hours prior to scanning. This consisted of 7 brains fixed with 10% formalin and 7 brains fixed with 10% neutral buffered formalin (NBF). Fixative outflux was modelled using a Kinetic Tensor (KT) model, which incorporates voxelwise diffusion tensor estimates to account for diffusion anisotropy and tissue-specific diffusion coefficients. Brains fixed with 10% NBF revealed a spatial T 2 pattern consistent with the modelled fixative outflux. Confound regression of fixative concentration reduced T 2 inhomogeneity across both white and grey matter, with the greatest reduction attributed to the KT model vs simpler models of fixative outflux. No such effect was observed in brains fixed with 10% formalin. Correlations with ferritin and myelin proteolipid protein (PLP) histology lead to an increased similarity for the relationship between T 2 and PLP for the two fixative types after KT correction. Only small correlations were identified between T 2 and ferritin before and after KT correction.

Abstract Sensitive and specific diagnostic and prognostic biomarkers for prostate cancer (PCa) are urgently needed. Urine samples are a non-invasive means to obtain abundant and readily accessible “liquid biopsies”. Herein we used urine liquid biopsies to identify and characterize a novel group of urine-enriched RNAs and metabolites in PCa patients and normal individuals with or without benign prostatic disease. Differentially expressed RNAs were identified in urine samples by deep sequencing and metabolites in urine were measured by mass spectrometry. The mRNA and metabolite profiles were distinct in patients with benign and malignant disease. Integrated analysis of urinary gene expression and metabolite signatures unveiled an aberrant glutamate metabolism and tricarboxylic acid (TCA) cycle node in prostate cancer-derived cells. Functional validation supports a role for glutamate metabolism and glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1)-dependent redox balance in prostate cancer, which can be exploited for novel biomarkers and therapies.

Abstract Cancer‐associated fibroblasts (CAFs) play a pivotal role in the metabolic symbiosis that drives tumor proliferation and immune evasion. Paradoxically, eliminating CAFs can disrupt tissue homeostasis and potentially accelerate tumor spread. To address this challenge, this study proposes a novel strategy to reprogram CAFs, transforming them into “anchors” and “fuel stations” for anti‐tumor immune cells, thereby enhancing the immune response against tumors. Utilizing a fibroblast‐specific lipid nanoparticle (LNP) delivery system, key metabolic genes in CAFs are targeted and downregulated, specifically hexokinase 2 (HK2) and mitochondrial cytochrome c oxidase I (MTCO1). The dual inhibition of glycolysis and mitochondrial respiration in CAFs consequently results in glucose overload and mitochondrial dysfunction. As a result, these energy‐deprived CAFs exhibit high expression of MHC II molecules and inflammatory cytokines, promoting immune cell infiltration and providing essential fuel for subsequent activation and proliferation. Furthermore, this metabolic reprogramming results in reduced angiogenesis and an immune microenvironment characterized by M1 macrophage polarization and enhanced lymphocyte infiltration. Consequently, this approach improves the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICIs) in castration‐resistant prostate cancer (CRPC). Thus, the reprogramming of CAFs into immune cell allies offers a promising strategy to overcome the limitations of current ICIs therapies.

The APETALA2/ethylene-responsive factor (AP2/ERF) is a well-researched superfamily of plant transcription factors. The APETALA2 (AP2) subfamily is essential for plant growth and development. However, a systematic analysis of the AP2 subfamily in poplar has yet to be conducted. This study identified 29 AP2 genes in the poplar genome, classifying them into three clades—euAP2, euANT, and basalANT based on evolutionary relationships. These genes are distributed across 12 chromosomes and one scaffold. Results from the syntenic analysis suggest that whole-genome duplication events are the primary factors driving the expansion of the AP2 subfamily in poplar. Cis-element analysis reveals that numerous PtAP2 genes possess hormone-related cis-elements. These genes also contain cis-elements linked to plant development and stress responses. PtAP2s from different clades exhibit significantly tissue-specific expression patterns in poplar. Gene expression levels in the euAP2 clade are significantly higher than in the euANT and basalANT clades across various tissues, with basalANT showing the lowest expression. Through RT-qPCR and recombinant Saccharomyces cerevisiae assays under salt stress, it was discovered that the majority of AP2 genes showed a negative response in salt stress regulation in poplar trees. In conclusion, this study offers valuable insights into salt tolerance in poplar trees and the role of AP2 genes under salt stress conditions.