QH
Qin Hu
Author with expertise in Medicinal and Therapeutic Potential of Sea Buckthorn
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(0% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
34
/
i10-index:
87
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genome analysis and Hi-C assisted assembly of Elaeagnus angustifolia L., a deciduous tree belonging to Elaeagnaceae

Yunfei Mao et al.Jun 10, 2019
Elaeagnus angustifolia L. is a deciduous tree of the Elaeagnaceae family. It is widely used in the study of abiotic stress tolerance in plants and for the improvement of desertification-affected land due to its characteristics of drought resistance, salt tolerance, cold resistance, wind resistance, and other environmental adaptation. Here, we report the complete genome sequencing using the Pacific Biosciences (PacBio) platform and Hi-C assisted assembly of E. angustifolia. A total of 44.27 Gb raw PacBio sequel reads were obtained after filtering out low-quality data, with an average length of 8.64 Kb. And 39.56 Gb clean reads was obtained, with a sequencing coverage of 75×, and Q30 ratio > 95.46%. The 510.71 Mb genomic sequence was mapped to the chromosome, accounting for 96.94% of the total length of the sequence, and the corresponding number of sequences was 269, accounting for 45.83% of the total number of sequences. The genome sequence study of E. angustifolia can be a valuable source for the comparative genome analysis of the Elaeagnaceae family members, and can help to understand the evolutionary response mechanisms of the Elaeagnaceae to drought, salt, cold and wind resistance, and thereby provide effective theoretical support for the improvement of desertification-affected land.
0

Biomimetic androgen receptor-based AIE biosensor for detecting bisphenol analogues: An integrating in silico topological analysis, molecular docking, and experimental validation study

Ning Li et al.Jan 1, 2025
Bisphenol analogues are the typical class of endocrine disrupting chemicals (EDCs) that interfere with binding of endogenous hormones to androgen receptor (AR). With the expansion of industrial activities and the intensification of environmental pollution, an increasing array of bisphenol analogues is being released into the environment and food chain. This highlights the urgency to develop sensitive methods for the detection of bisphenol analogues. Here, we propose a biomimetic AR-based biosensor platform for detecting bisphenol analogues (BPF, TBBPA, and TBBPS) by binding with Aggregation-Induced Emission (AIE) probes. Following a comparison of the PROSS and ABACUS methods, biomimetic AR was designed using the ABACUS approach and subsequently expressed in vitro via the E. coli expression system. Through molecular docking and the observation of fluorescence changes upon binding with biomimetic AR, BS-46006 was selected as the AIE probe for the biosensor. The biomimetic AR-based biosensor showed sensitive detections of BPF, TBBPA, and TBBPS within a range of 0-50 mM. To further elucidate the multi-residue recognition mechanism, molecular orbitals, Electron Localization Function (ELF), and Localized Orbital Locator (LOL) were systematically calculated in this study. Lowest unoccupied molecular orbital and highest occupied molecular orbital indicated the energy gap of BPF, TBBPA, and TBBPS, which correspond to 0.12812, 0.19689, and 0.18711 eV, respectively. ELF and LOL offered clearer perspective through heat maps to visually represent the electron delocalization in BPF, TBBPA, and TBBPS. The matrix effect analysis suggested that the responses of bisphenol analogues in soil matrices could be effectively mitigated through sample pretreatment. The analysis of spiked soil samples showed the acceptable recoveries ranged from 91 % to 105 %. Additionally, the biomimetic AR-based AIE biosensor, which combines multi-residue detection with Tolerable Daily Intakes, shows great promise for the risk assessment of bisphenol analogues. This research may present a viable approach for the analysis of environmental pollutants.