Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
KD
Kayleigh Diveley
Author with expertise in Natural Killer Cells in Immunity
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(100% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
2
/
i10-index:
1
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Systematic profiling of full-length immunoglobulin and T-cell receptor repertoire diversity in rhesus macaque through long read transcriptome sequencing

Hayden Brochu et al.Sep 26, 2019
Abstract The diversity of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TCR) repertoires is a focal point of immunological studies. Rhesus macaques are key for modeling human immune responses, placing critical importance on the accurate annotation and quantification of their Ig and TCR repertoires. However, due to incomplete reference resources, the coverage and accuracy of the traditional targeted amplification strategies for profiling rhesus Ig and TCR repertoires are largely unknown. Here, using long read sequencing, we sequenced four Indian-origin rhesus macaque tissues and obtained high quality, full-length sequences for over 6,000 unique Ig and TCR transcripts, without the need for sequence assembly. We constructed the first complete reference set for the constant regions of all known isotypes and chain types of rhesus Ig and TCR repertoires. We show that sequence diversity exists across the entire variable regions of rhesus Ig and TCR transcripts. Consequently, existing strategies using targeted amplification of rearranged variable regions comprised of V(D)J gene segments miss a significant fraction (27% to 53% and 42% to 49%) of rhesus Ig/TCR diversity. To overcome these limitations, we designed new rhesus-specific assays that remove the need for primers conventionally targeting variable regions and allow single cell-level Ig and TCR repertoire analysis. Our improved approach will enable future studies to fully capture rhesus Ig and TCR repertoire diversity and is applicable for improving annotations in any model organism.
0
Citation1
0
Save
1

Single cell based high-throughput Ig and TCR repertoire sequencing analysis in rhesus macaques

Evan Walsh et al.Aug 17, 2021
Abstract Recent advancements in microfluidics and high-throughput sequencing technologies have enabled recovery of paired heavy- and light-chains of immunoglobulins (Ig) and VDJ- and VJ-chains of T cell receptors (TCR) from thousands of single cells simultaneously in humans and mice. Despite rhesus macaques being one of the most well-studied model organisms for the human adaptive immune response, high-throughput single cell immune repertoire sequencing assays are not yet available due to the complexity of these polyclonal receptors. Here we employed custom primers that capture all known rhesus macaque Ig and TCR isotypes and chains that are fully compatible with a commercial solution for single cell immune repertoire profiling. Using these rhesus specific assays, we sequenced Ig and TCR repertoires in over 60,000 cells from cryopreserved rhesus PBMC, splenocytes, and FACS-sorted B and T cells. We were able to recover every Ig isotype and TCR chain, measure clonal expansion in proliferating T cells, and pair Ig and TCR repertoires with gene expression profiles of the same single cells. Our results establish the ability to perform high-throughput immune repertoire analysis in rhesus macaques at the single cell level.