ДЛ
Д. Лебедев
Author with expertise in Influenza Virus Research and Epidemiology
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(20% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
12
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

The amyloidogenicity of the influenza virus PB1-derived peptide sheds light on its antiviral activity

Yana Zabrodskaya et al.Oct 31, 2017
The influenza virus polymerase complex is a promising target for new antiviral drug development. It is known that, within the influenza virus polymerase complex, the PB1 subunit region from the 1st to the 25th amino acid residues has to be is in an alpha-helical conformation for proper interaction with the PA subunit. We have previously shown that PB1(6-13) peptide at low concentrations is able to interact with the PB1 subunit N-terminal region in a peptide model which shows aggregate formation and antiviral activity in cell cultures. In this paper, it was shown that PB1(6-13) peptide is prone to form the amyloid-like fibrillar aggregates. The peptide homo-oligomerization kinetics were examined, and the affinity and characteristic interaction time of PB1(6-13) peptide monomers and the influenza virus polymerase complex PB1 subunit N-terminal region were evaluated by the SPR and TR-SAXS methods. Based on the data obtained, a hypothesis about the PB1(6-13) peptide mechanism of action was proposed: the peptide in its monomeric form is capable of altering the conformation of the PB1 subunit N-terminal region, causing a change from an alpha helix to a beta structure. This conformational change disrupts PB1 and PA subunit interaction and, by that mechanism, the peptide displays antiviral activity.
0

Cold and distant: structural features of the nucleoprotein complex of a cold-adapted influenza A virus strain

А. Швецов et al.Nov 20, 2019
Two influenza A nucleoprotein variants (wt: G102R; and mutant: G102R and E292G) were studied with regard to macro-molecular interactions in oligomeric form (24-mers). The E292G mutation has been previously shown to provide cold adaptation. Molecular dynamic simulations of these complexes and trajectory analysis showed that the most significant difference between the obtained models was distance differences between nucleoprotein complex filaments. Influenza virus nucleoprotein complexes were isolated from strains bearing the corresponding NP amino acid substitutions mentioned above. The isolated complexes were characterized by transmission electron microscopy and differential scanning fluorimetry (DSF). Presence of the E292G substitution was shown by DSF to affect nucleoprotein complex melting temperature. In the filament interface peptide model, it was shown that the peptide corresponding in primary structure to the wild-type NP (SGYDFEREGYS, wild type peptide) is prone to temperature-dependent self-association, unlike the peptide carrying the substitution corresponding to E292G (SGYDFGREGYS, mutant peptide). It was also shown that the SGYDFEREGYS peptide (wt) is capable of interacting with a recombinant full-size monomeric nucleoprotein (with primary structure corresponding to wild type); this interaction's equilibrium dissociation constant is five orders of magnitude lower than for the SGYDFGREGYS peptide. Using small-angle neutron scattering (SANS), the supramolecular structures of isolated complexes of these proteins was studied at temperatures of 15, 32, and 37C. SANS data show that the structures of the studied complexes (mutant or normal proteins with RNA) at elevated temperature differ from the rod-like particle model and react differently to temperature changes. The data suggest that the mechanism behind cold adaptation with E292G is associated with a weakening of the interaction between filaments of the ribonucleoprotein complex and, as a result, the appearance of inter-chain interface flexibility necessary for complex function at low temperature.
0

VACCINIUM OVALIFOLIUM SMITH. IN NATURAL CENOPOPULATIONS OF SAKHALIN

Д. Лебедев et al.Jun 30, 2024
Background. Identification and study of selected forms of oval-leaved blueberry in natural coenopopulations of Sakhalin Island will create a favorable basis for modern breeding work. Purpose. The goal was to isolate and study selected forms of Vaccinium ovalifolium Smith. in natural coenopopulations of Sakhalin Island. Material and methods. The object of research was natural populations of Vaccinium ovalifolium growing on Sakhalin Island. The study of blueberries in natural habitats was carried out during expeditionary trips to the central and southern regions of Sakhalin in the period 2020-2022. Plants from 2 cenopopulations were studied for the distribution of blueberries in hard-to-reach places. Geobotanical descriptions of the vegetation of phytocenoses were carried out according to the generally accepted method of A.A. Poniatovskaya “Taking into account the abundance and nature of the distribution of plants in communities” (1964). The species composition of plant communities was determined within the detection area. The total projective cover (TPC) of the grass stand and the projective cover of the dominant species were determined by eye method, in %. We studied the endogenous variability of the following traits: the number of berries, the weight and size of one berry, the length and width of the leaf blade, the height and age of the bushes. A correlation analysis was carried out between morphological characteristics and yield characteristics in the trial plots. Height, age, maximum and minimum crown diameter, degree of fruiting, and number of berries were analyzed. Mathematical and statistical processing of research results was carried out according to generally accepted methods using Excel software. Results. The article is devoted to a new promising shrub for Russia, Vaccinium ovalifolium - a species of deciduous shrub from the genus Vaccinium of the Ericaceae family, a shrub up to 1.5-2 m tall. It blooms in May–June, the flowers are pink, up to 6 mm in size, the fruits are dark blue, often black with a waxy coating, ripen in August–September, the juice in the berries is clear, the taste is sweet and sour. The leaves are oblong - round or ovate, entire-marginal or with small ciliated teeth 2-5 cm long and 1-2.5 cm wide, matte, light green. Polymorphism of natural cenopopulations of V. ovalifolium during expeditionary surveys made it possible to identify several promising forms with economically valuable traits. In the process of phylogenesis of V. ovalifolium, ecologically resistant populations to the unfavorable environmental factors of Sakhalin Island were formed. Selected samples of V. ovalifolium with valuable pomological traits are currently propagated and grown on the territory of the Botanical Garden of the city of Yuzhno-Sakhalinsk at the site of primary variety testing, to compare the resource value of local natural eco-genetic lines with the introduced, most common modern varieties of V. corymbosum. Experience has been laid in assessing selected forms of oval-leaved blueberries for agrotechnical techniques and agricultural conditions, with the subsequent development of technological recommendations for cultivation in an industrial garden in the conditions of Sakhalin Island. Conclusion. The polymorphism of natural cenopopulations of V. ovalifolium on Sakhalin Island was studied with the selection of promising forms that can be used for breeding purposes.