The maize W22 inbred has served as a platform for maize genetics since the mid twentieth century. To streamline maize genome analyses, we have sequenced and de novo assembled a W22 reference genome using short-read sequencing technologies. We show that significant structural heterogeneity exists in comparison to the B73 reference genome at multiple scales, from transposon composition and copy number variation to single-nucleotide polymorphisms. The generation of this reference genome enables accurate placement of thousands of Mutator (Mu) and Dissociation (Ds) transposable element insertions for reverse and forward genetics studies. Annotation of the genome has been achieved using RNA-seq analysis, differential nuclease sensitivity profiling and bisulfite sequencing to map open reading frames, open chromatin sites and DNA methylation profiles, respectively. Collectively, the resources developed here integrate W22 as a community reference genome for functional genomics and provide a foundation for the maize pan-genome. Sequencing and de novo assembly of the maize W22 reference genome enable accurate placement of Mutator (Mu) and Dissociation (Ds) transposable element insertions, providing a foundation for maize functional genomics and transposon biology.

Hop ( Humulus lupulus L.) is known for its use as a bittering agent in beer and has a rich history of cultivation, beginning in Europe and now spanning the globe. There are five wild varieties worldwide, which may have been introgressed with cultivated varieties. As a dioecious species, its obligate outcrossing, non-Mendelian inheritance, and genomic structural variability have confounded directed breeding efforts. Consequently, understanding genome evolution in Humulus represents a considerable challenge, requiring additional resources, including integrated genome maps. In order to facilitate cytogenetic investigations into the transmission genetics of hop, we report here the identification and characterization of 17 new and distinct tandem repeat sequence families. A tandem repeat discovery pipeline was developed using k-mer filtering and dot plot analysis of PacBio long-read sequences from the hop cultivar Apollo. We produced oligonucleotide FISH probes from conserved regions of HuluTR120 and HulTR225 and demonstrated their utility to stain meiotic chromosomes from wild hop, var. neomexicanus. The HuluTR225 FISH probe hybridized to several loci per nucleus and exhibited irregular, non-Mendelian transmission in male meiocytes of wild hop. Collectively, these tandem repeat sequence families not only represent unique and valuable new cytogenetic reagents but also have the capacity to inform genome assembly efforts and support comparative genomic analyses.