Abstract Present investigation was carried out to assess the heterotic potential and combining ability of immortal restorer lines [consisting of two recombinant inbred lines (RILs) and two doubled haploid lines (DHLs)] developed from an elite rice hybrid, KRH-2 by crossing them with three popular WA-CMS lines, IR58025A, CRMS32A and APMS6A through line × tester analysis. The doubled haploid line 1 (DHL-1) was observed to be a good general combiner for total grain yield per plant (YLD) and other yield component traits and among the CMS lines, IR58025A was observed to be the best combiner as it showed positive significant values for the traits viz., total grain yield per plant, panicle length and spikelet fertility. Higher preponderance of the variance associated with specific combining ability (SCA) as compared to general combining ability (GCA) variance was observed for most of the traits indicated the predominant role of non-additive gene action in the expression of the traits. Out of twelve novel crosses between the immortal restorer lines derived from KRH-2 and the WA-CMS lines, 66.66% (eight crosses) showed significant and desirable SCA effects for the traits viz., total grain yield per plant, days to fifty percent flowering, plant height, flag leaf length, flag leaf width, number of filled grains per panicle and spikelet fertility. Two crosses IR58025A/RIL-24 and CRMS32A/RIL-24 were observed to be the most promising cross combinations showing standard heterosis of >50% for YLD trait (as compared with KRH-2) with higher prevalence of GCA and SCA, respectively. Heterotic yield advantage of IR58025A/RIL-24 and CRMS32A/RIL-24 was 77.05% and 54.74%, respectively over KRH-2 and these can be utilized for developing commercial hybrids. The present study also indicates the potentiality of RILs in providing useful parental lines for developing heterotic hybrids which are hard to get from outside sources in the new intellectual property regime.

Alternative splicing (AS) is a molecular mechanism governing gene expression, particularly in plants, wherein a single gene can yield multiple mRNA transcripts, thereby diversifying the resulting protein isoforms. Panicle exsertion (PE) is an important trait associated with grain yield in rice. We deployed the mRNA sequencing (transcriptome) data from incompletely exserted panicle genotype, BPT-5204 and its ethyl methanesulphonate (EMS) mutant lines viz., CPE-109 and CPE-110 exhibiting completely exserted panicle for identification of Alternative Splicing (AS) events. Our systematic analysis using rMATS package revealed 414 and 368 genes alternatively spliced upon the comparison of CPE-109 with BPT-5204 and CPE-110 with BPT-5204 respectively. We identified alternative 3′ splice site (A3SS) as the predominant AS type upon comparison of CPE-109 with BPT-5204 (51.20% A3SS) and CPE-110 with BPT-5204 (48.91% A3SS) at panicle initiation stage. In total 23 and 19 genes emanated multiple transcripts via., AS. Remarkably, upon comparison of splicing data of CPE-109 with BPT-5204 and CPE-110 with BPT-5204, we found three common genes namely, Os07g0406600 encoding DDHD domain containing protein, Os10g0442100 encoding tRNA methyltransferase and Os04g0675800 encoding H0103C06.10 protein, that generated more than two transcripts via., AS. These genes can be further validated for determining its role in panicle exsertion through gene expression studies, overexpression and functional characterization.

DRRH-5 [IET 27847 (IIRRH-115)], stands as the world’s first coastal salinity-tolerant rice hybrid, developed from APMS-6A × NH 12-124. It was evaluated in AICRIP multi-location Coastal Saline Tolerant Variety Trial (CSTVT) during wet seasons spanning from 2018 to 2022. DRRH-5 consistently out-performed the checks in West Bengal, Gujarat, Goa and Andhra Pradesh with a mean grain yield of 3.7 t/ha in saline conditions and 6.0 t/ha in irrigated conditions. In addition, it exhibited moderate resistance to leaf blast, neck blast, sheath rot and plant hoppers. DRRH-5 has a duration of 124 days (seed to seed) and possesses medium slender (MS) grain type with desirable grain and cooking quality parameters. It was released for cultivation in coastal saline ecosystems of West Bengal, Gujarat, Goa and Andhra Pradesh states through Central Sub-committee on Crop Standards, Notification and Release of Varieties for Agricultural Crops vide S.O. 1560(E) dated March 26, 2024 [CG-DL-E-28032024-253429].