JB
Jordan Baechle
Author with expertise in Pheochromocytoma and Paraganglioma
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
7
h-index:
7
/
i10-index:
6
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Single-cell analysis identifies conserved features of immune dysfunction in simulated microgravity and spaceflight

Fei Wu et al.Jun 11, 2024
+22
A
H
F
Abstract Microgravity is associated with immunological dysfunction, though the mechanisms are poorly understood. Here, using single-cell analysis of human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) exposed to short term (25 hours) simulated microgravity, we characterize altered genes and pathways at basal and stimulated states with a Toll-like Receptor-7/8 agonist. We validate single-cell analysis by RNA sequencing and super-resolution microscopy, and against data from the Inspiration-4 (I4) mission, JAXA (Cell-Free Epigenome) mission, Twins study, and spleens from mice on the International Space Station. Overall, microgravity alters specific pathways for optimal immunity, including the cytoskeleton, interferon signaling, pyroptosis, temperature-shock, innate inflammation (e.g., Coronavirus pathogenesis pathway and IL-6 signaling), nuclear receptors, and sirtuin signaling. Microgravity directs monocyte inflammatory parameters, and impairs T cell and NK cell functionality. Using machine learning, we identify numerous compounds linking microgravity to immune cell transcription, and demonstrate that the flavonol, quercetin, can reverse most abnormal pathways. These results define immune cell alterations in microgravity, and provide opportunities for countermeasures to maintain normal immunity in space.
0
Citation6
0
Save
1

Multiplatform Integrative Analyses of Immunosuppressive Signatures in Cortisol-secreting Adrenocortical Carcinoma

Jordan Baechle et al.Jan 16, 2021
+3
K
D
J
Abstract Adrenocortical carcinoma (ACC) is a rare but highly aggressive malignancy and nearly half of ACC tumors have been shown to overproduce and secrete adrenal steroids. Excess cortisol secretion, in particular, has been associated with poor prognosis among ACC patients. Furthermore, recent immunotherapy clinical trials demonstrated significant immunoresistance among cortisol-secreting ACC (CS-ACC) patients when compared to their non-Cortisol-secreting (nonCS-ACC) counterparts. The immunosuppressive role of excess glucocorticoid therapies and secretion is well established, however, the impact of the cortisol hypersecretion on ACC tumor microenvironment (TME), immune expression profiles, and immune cell responses remain largely undefined. In this study, we characterized the TME of ACC patients and compared the immunogenomic profiles of nonCS-ACC and CS-ACC tumors to assess the impact of differentially expressed genes (DEGs) related to immune processes on patient prognosis. Comprehensive multiplatform immunogenomic computational analyses of ACC tumors deciphered an immunosuppressive expression profile with a direct impact on patient survival. We identified several primary immunogenomic prognostic indicators and potential targets within the tumor immune landscape of CS-ACC that define a distinct TME and provide additional insight into the understanding of potential contributory mechanisms underlying failure of initial immunotherapeutic trials and poor prognosis of patients with CS-ACC.
1
Citation1
0
Save
0

ERBB2 amplification in gastric cancer: a genomic insight into ethnic disparities

Muhammad Mirza et al.Jul 11, 2024
+6
P
J
M
Abstract Overall, gastric adenocarcinoma (GC) incidence rates have declined in recent years, but racial and ethnic disparities persist. Individuals who identify as Hispanic/Spanish/Latino are diagnosed with GC at younger ages and have poorer outcomes than non-Hispanic individuals. However, our understanding of GC biology across racial/ethnic groups remains limited. We assessed tumor genomic patterns by race/ethnicity among 1019 patients with primary GC in the American Association for Cancer Research (AACR) Project GENIE Consortium. Hispanic individuals presented with significantly higher rates of ERBB2/HER2 amplification vs other racial/ethnic groups (Hispanic: 13.9% vs 9.8% non-Hispanic White, 8.1% non-Hispanic Asian, and 11.0% non-Hispanic Black; P &lt; .001, FDR adjusted q &lt; 0.001). Hispanic patients also had higher odds of an ERBB2 amplification vs non-Hispanic Whites in adjusted models (OR = 2.52, 95%CI = 1.20 to 5.33, P = .015). These findings underscore the important role of genomic factors in GC disparities. Ensuring equitable access to genomic profiling and targeted therapies, such as trastuzumab for HER2-overexpressing GC, is a promising avenue to mitigate GC disparities and improve outcomes.
1

Multiplatform Computational Analysis of Mast Cells in Adrenocortical Carcinoma Tumor Microenvironment

Jordan Baechle et al.Feb 11, 2021
+3
W
D
J
ABSTRACT Introduction Immunotherapeutic response failure of adrenocortical carcinomas (ACC) highlights a need for novel strategies targeting immune cell populations in the tumor microenvironment (TME) to overcome tumor resistance and enhance therapeutic response. A recent study explored a new link between tumor mast cell (MC) infiltration and improved outcomes in patients with ACC. We further dissect the role of MC in TME of ACC by examining the tumor MC expression signatures and MC activity within TME to provide additional insight into potential novel immunotherapeutic targets. Methods Using CIBERSORTx computational immunogenomic deconvolution algorithm to analyze ACC tumor gene mRNA expression data (TCGA, N=79), we estimated the abundance of tumor immune infiltrating MC, and assessed prognostic potential of MC signaling genes as pro- or anti- tumor signatures, as well as the impact on overall (OS) and disease-free (DFS) survival. Results We stratified MC signaling genes with survival prognostic values (OS, DFS, p<0.05) into anti-tumor (ALOX5, CCL2, CCL5, CXCL10, HDC, IL16, TNF, TPSAB1, VEGFD) and pro-tumor (CXCL1, CXCL3, CXCL8, IL4, IL13, PTGS3, TNSF4, VEGFD) groups. Anti-tumor MC signature, as the predominant phenotype, was associated with improved OS and DFS. Conclusion The deconvolution analysis of TCGA data identified MC infiltration in ACC microenvironment as predominantly associated with anti-tumor activity. Future studies stemming from our findings may help define the role of MC in TME and the impact on patient survival in patients with ACC. Modulation of tumor MC infiltration may serve as a potential target for novel synergistic immunotherapies for the treatment and improved survival of patients with ACC.