Abstract During 2017 – 2019, the Pennsylvania Department of Health Bureau of Laboratories (PABOL) tested 6,855 animal samples for rabies using both the gold standard direct fluorescent antibody (DFA) test and LN34 pan-lyssavirus reverse transcriptase quantitative PCR (RT-qPCR). Two samples (0.03 %) were identified as LN34 RT-qPCR positive after failure to detect rabies virus antigen during initial DFA testing: an adult raccoon collected in 2017 and a juvenile raccoon collected in 2019. After the positive PCR result, additional tissues were collected and re-tested by DFA, where very sparse, disperse antigen was observed. Tissues from both animals were submitted to the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) for confirmatory testing, and were confirmed positive. At both PABOL and CDC, rabies virus antigen and RNA levels were much lower than for a typical rabies case. In addition, rabies virus antigen and RNA levels were higher in brain stem and rostral spinal cord than cerebellum, hippocampus and cortex. Cross-contamination was ruled out in the case of the 2019 juvenile raccoon by sequencing, as nucleoprotein and glycoprotein gene sequences displayed >1% nucleotide differences to sequences from all positive samples processed at PABOL within two weeks of the juvenile raccoon. Taken together, the low level of rabies virus in the central nervous system combined with presence in more caudal brain structures suggest the possibility of an early infection in both cases. These two cases highlight the increased sensitivity and ease of interpretation of LN34 RT-qPCR in rabies diagnostics for the identification of low positive cases.

Probiotics are recognized to outcompete pathogenic bacteria by receptor-mediated colonizing and secreting functional metabolites which have direct antimicrobial activities towards pathogens and/or improving host's gut health and immunity. We have constructed a Lactobacillus casei (LC) probiotic strain, LC+mcra, by inserting mcra (myosin cross-reactive antigen) gene, which stimulates the conversion of conjugated linoleic acids. In this study, we evaluated the protective roles of LC+mcra against pathogenic Salmonella enterica serovar Typhimurium (ST) and enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) infection in BALB/cJ mice. Through a series of in vivo investigation, we observed that LC+mcra colonized efficiently in mice gut and competitively reduced the infection with ST and EHEC in various locations of small and large intestine, specifically cecum, jejunum, and ileum (p<0.05). The cecal microbiota in ST-challenged mice with LC+mcra protection were positively modulated with higher relative abundances Firmicutes but lower Proteobacteria plus increased bacterial species diversity/richness based on 16S metagenomic sequencing. Based on cytokine gene expression analysis by qRT-PCR, mice pretreated with LC+mcra were found with attenuated bacterial pathogen-induced gut inflammation. Furthermore, mice fed LC+mcra daily for one week could protect themselves from the impairments caused by enteric infections with ST or EHEC. These impairments include weight loss, negative hematological changes, intestinal histological alterations, and potential death. This in vivo study suggests that daily consumption of novel conjugated linoleic acids over-producing probiotic might be efficient in improving gut intestinal microbiome composition and preventing/combating foodborne enteric bacterial infections with pathogenic Salmonella and diarrheagenic E. coli.

ABSTRACT Introduction While clinical practice guidelines (CPGs) for pediatric oncology infection prophylaxis and management exist, few data describe actual management occurring at pediatric oncology centers. Methods An electronic survey querying infection management practices in nontransplant pediatric oncology patients was iteratively created by the Children's Oncology Group (COG) Cancer Control and Supportive Care Infectious Diseases Subcommittee and sent to leaders at all COG institutions, limiting each site to one response to represent their institution. Results The response rate was 57% (129/227 institutions). Many sites reported utilizing COG‐endorsed CPGs for antibacterial (76%) and antifungal prophylaxis (74%), and fever and neutropenia (FN, 64%). Most institutions reported using antimicrobial prophylaxis for patients with acute myeloid leukemia (88% antibacterial, 100% antifungal) and relapsed acute lymphoblastic leukemia (82% antibacterial, 95% antifungal). Definitions of fever, phagocyte recovery, and antibiotic duration in febrile patients varied. Most institutions administer empiric broad‐spectrum antibiotics for nonneutropenic fever, although 14% reported withholding antibiotics based on initial clinical status or risk stratification tools. Most respondents reported (70%) admitting FN patients for at least 48 h, however 15% have low‐risk FN protocols allowing outpatient management. FN patients remain admitted on antibiotics through count recovery in 50% of institutions, whereas the others employed various early discharge/early antibiotic discontinuation strategies. Conclusions There is often consistency but also substantial variability in reported antimicrobial prophylaxis strategies and management of patients with fever and represents an opportunity for implementation studies to standardize application of CPG recommendations and randomized trials to advance evidence where knowledge gaps exist.