LN
Lawrence Nogee
Author with expertise in Neonatal Lung Development and Respiratory Morbidity
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(100% Open Access)
Cited by:
3,678
h-index:
60
/
i10-index:
109
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

ABCA3Gene Mutations in Newborns with Fatal Surfactant Deficiency

Sergey Shulenin et al.Mar 24, 2004
Pulmonary surfactant forms a lipid-rich monolayer that coats the airways of the lung and is essential for proper inflation and function of the lung. Surfactant is produced by alveolar type II cells, stored intracellularly in organelles known as lamellar bodies, and secreted by exocytosis. The gene for ATP-binding cassette transporter A3 (ABCA3) is expressed in alveolar type II cells, and the protein is localized to lamellar bodies, suggesting that it has an important role in surfactant metabolism.We sequenced each of the coding exons of the ABCA3 gene in blood DNA from 21 racially and ethnically diverse infants with severe neonatal surfactant deficiency for which the etiologic process was unknown. Lung tissue from four patients was examined by high-resolution light and electron microscopy.Nonsense and frameshift mutations, as well as mutations in highly conserved residues and in splice sites of the ABCA3 gene were identified in 16 of the 21 patients (76 percent). In five consanguineous families with mutations, each pair of siblings was homozygous for the same mutation and each mutation was found in only one family. Markedly abnormal lamellar bodies were observed by ultrastructural examination of lung tissue from four patients with different ABCA3 mutations, including nonsense, splice-site, and missense mutations.Mutation of the ABCA3 gene causes fatal surfactant deficiency in newborns. ABCA3 is critical for the proper formation of lamellar bodies and surfactant function and may also be important for lung function in other pulmonary diseases. Since it is closely related to ABCA1 and ABCA4, proteins that transport phospholipids in macrophages and photoreceptor cells, it may have a role in surfactant phospholipid metabolism.
0
Citation657
0
Save
0

Familial pulmonary alveolar proteinosis caused by mutations in CSF2RA 

Takuji Suzuki et al.Oct 27, 2008
Primary pulmonary alveolar proteinosis (PAP) is a rare syndrome characterized by accumulation of surfactant in the lungs that is presumed to be mediated by disruption of granulocyte/macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) signaling based on studies in genetically modified mice. The effects of GM-CSF are mediated by heterologous receptors composed of GM-CSF binding (GM-CSF-Rα) and nonbinding affinity-enhancing (GM-CSF-Rβ) subunits. We describe PAP, failure to thrive, and increased GM-CSF levels in two sisters aged 6 and 8 yr with abnormalities of both GM-CSF-Rα–encoding alleles (CSF2RA). One was a 1.6-Mb deletion in the pseudoautosomal region of one maternal X chromosome encompassing CSF2RA. The other, a point mutation in the paternal X chromosome allele encoding a G174R substitution, altered an N-linked glycosylation site within the cytokine binding domain and glycosylation of GM-CSF-Rα, severely reducing GM-CSF binding, receptor signaling, and GM-CSF–dependent functions in primary myeloid cells. Transfection of cloned cDNAs faithfully reproduced the signaling defect at physiological GM-CSF concentrations. Interestingly, at high GM-CSF concentrations similar to those observed in the index patient, signaling was partially rescued, thereby providing a molecular explanation for the slow progression of disease in these children. These results establish that GM-CSF signaling is critical for surfactant homeostasis in humans and demonstrate that mutations in CSF2RA cause familial PAP.
0
Citation287
0
Save
0

Genotype–Phenotype Correlations for Infants and Children with ABCA3 Deficiency

Jennifer Wambach et al.May 28, 2014
Recessive mutations in the ATP-binding cassette transporter A3 (ABCA3) cause lethal neonatal respiratory failure and childhood interstitial lung disease. Most ABCA3 mutations are private.To determine genotype-phenotype correlations for recessive ABCA3 mutations.We reviewed all published and unpublished ABCA3 sequence and phenotype data from our prospective genetic studies of symptomatic infants and children at Washington and Johns Hopkins Universities. Mutations were classified based on their predicted disruption of protein function: frameshift and nonsense mutations were classified as "null," whereas missense, predicted splice site mutations, and insertion/deletions were classified as "other." We compared age of presentation and outcomes for the three genotypes: null/null, null/other, and other/other.We identified 185 infants and children with homozygous or compound heterozygous ABCA3 mutations and lung disease. All of the null/null infants presented with respiratory failure at birth compared with 75% of infants with null/other or other/other genotypes (P = 0.00011). By 1 year of age, all of the null/null infants had died or undergone lung transplantation compared with 62% of the null/other and other/other children (P < 0.0001).Genotype-phenotype correlations exist for homozygous or compound heterozygous mutations in ABCA3. Frameshift or nonsense ABCA3 mutations are predictive of neonatal presentation and poor outcome, whereas missense, splice site, and insertion/deletions are less reliably associated with age of presentation and prognosis. Counseling and clinical decision making should acknowledge these correlations.
0
Citation191
0
Save
4

Accurate assignment of disease liability to genetic variants using only population data

Joseph Collaco et al.Apr 19, 2021
ABSTRACT Purpose The growing size of public variant repositories prompted us to test the accuracy of predicting pathogenicity of DNA variants using population data alone. Methods Under the a priori assumption that the ratio of the prevalence of variants in healthy and affected populations form two distinct distributions (pathogenic and benign), we used a Bayesian method to assign probability of a variant belonging to either distribution. Results The approach, termed BayPR, accurately parsed 300 of 313 expertly curated cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) variants: 284 of 296 pathogenic/likely pathogenic (P/LP) variants in one distribution and 16 of 17 benign/likely benign (B/LB) variants in another. BayPR produced an area under the receiver operating curve (AUC) of 0.99 for 103 functionally-confirmed missense CFTR variants, equal to or exceeding ten commonly used algorithms (AUC range: 0.54 to 0.99). Application of BayPR to expertly curated variants in eight genes associated with seven Mendelian conditions assigned ≥80% disease-causing probability to 1,350 of 1,374 (98.3%) P/LP variants and ≤20% to 22 of 23 (95.7%) B/LB variants. Conclusion Agnostic to variant type or functional effect, BayPR provides probabilities of pathogenicity for DNA variants responsible for Mendelian disorders using only variant counts in affected and unaffected population samples.
4
Citation1
0
Save