More than 2·3 million children died in India in 2005; however, the major causes of death have not been measured in the country. We investigated the causes of neonatal and child mortality in India and their differences by sex and region.

OBJECTIVE: More than 75% of Indian toddlers are anemic. Data on factors associated with anemia in India are limited. The objective of this study was to determine biological, nutritional, and socioeconomic risk factors for anemia in this vulnerable age group. METHODS: We conducted a cross-sectional study of children aged 12 to 23 months in 2 rural districts of Karnataka, India. Children were excluded if they were unwell or had received a blood transfusion. Hemoglobin, ferritin, folate, vitamin B12, retinol-binding protein, and C-reactive protein (CRP) levels were determined. Children were also tested for hemoglobinopathy, malaria infection, and hookworm infestation. Anthropometric measurements, nutritional intake, family wealth, and food security were recorded. In addition, maternal hemoglobin level was measured. RESULTS: Anemia (hemoglobin level < 11.0 g/dL) was detected in 75.3% of the 401 children sampled. Anemia was associated with iron deficiency (low ferritin level), maternal anemia, and food insecurity. Children's ferritin levels were directly associated with their iron intake and CRP levels and with maternal hemoglobin level and inversely associated with continued breastfeeding and the child's energy intake. A multivariate model for the child's hemoglobin level revealed associations with log(ferritin level) (coefficient: 1.20; P < .001), folate level (0.05; P < .01), maternal hemoglobin level (0.16; P < .001), family wealth index (0.02; P < .05), child's age (0.05 per month; P < .005), hemoglobinopathy (−1.51; P < .001), CRP level (−0.18; P < .001), and male gender (−0.38; P < .05). Wealth index and food insecurity could be interchanged in this model. CONCLUSIONS: Hemoglobin level was primarily associated with iron status in these Indian toddlers; however, maternal hemoglobin level, family wealth, and food insecurity were also important factors. Strategies for minimizing childhood anemia must include optimized iron intake but should simultaneously address maternal anemia, poverty, and food insecurity.

The SARS-CoV-2 pandemic has revealed the vulnerability of immunisation systems worldwide, although the scale of these disruptions has not been described at a global level. This study aims to assess the impact of COVID-19 on routine immunisation using triangulated data from global, country-based, and individual-reported sources obtained during the pandemic period.

BackgroundThe development and widespread use of an effective SARS-CoV-2 vaccine could prevent substantial morbidity and mortality associated with COVID-19 and mitigate the secondary effects associated with non-pharmaceutical interventions.MethodsWe used an age-structured, expanded SEIR model with social contact matrices to assess age-specific vaccine allocation strategies in India. We used state-specific age structures and disease transmission coefficients estimated from confirmed incident cases of COVID-19 between 1 July and 31 August 2020. Simulations were used to investigate the relative reduction in mortality and morbidity of vaccine allocation strategies based on prioritizing different age groups, and the interactions of these strategies with concurrent non-pharmaceutical interventions. Given the uncertainty associated with COVID-19 vaccine development, we varied vaccine characteristics in the modelling simulations.ResultsPrioritizing COVID-19 vaccine allocation for older populations (i.e., >60 years) led to the greatest relative reduction in deaths, regardless of vaccine efficacy, control measures, rollout speed, or immunity dynamics. Preferential vaccination of this group often produced relatively higher total symptomatic infections and more pronounced estimates of peak incidence than other assessed strategies. Vaccine efficacy, immunity type, target coverage, and rollout speed significantly influenced overall strategy effectiveness, with the time taken to reach target coverage significantly affecting the relative mortality benefit comparative to no vaccination.ConclusionsOur findings support global recommendations to prioritize COVID-19 vaccine allocation for older age groups. Relative differences between allocation strategies were reduced as the speed of vaccine rollout was increased. Optimal vaccine allocation strategies will depend on vaccine characteristics, strength of concurrent non-pharmaceutical interventions, and region-specific goals.

In a multicentric, observational, investigator-blinded, and longitudinal clinical study of 764 ART-naïve subjects, we identified nine different promoter-variant strains of HIV-1 subtype C (HIV-1C) emerging in the Indian population, with some of these variants being reported for the first time. Unlike several previous studies, our work here focuses on the evolving viral regulatory elements, not coding sequences. The emerging viral strains contain additional copies of the existing transcription factor binding sites (TFBS), including TCF-1α/LEF-1, RBEIII, AP-1, and NF-κB, created by sequence duplication. The additional TFBS are genetically diverse and may blur the distinction between the modulatory region of the promoter and the viral enhancer. In a follow-up analysis, we found trends, but not significant associations between any specific variant promoter and prognostic markers, probably because the emerging viral strains might not have established mono infections yet. Illumina sequencing of four clinical samples containing a co-infection indicated the domination of one strain over the other and establishing a stable ratio with the second strain at the follow-up time-points. Since a single promoter regulates viral gene expression and constitutes the master regulatory circuit with Tat, the acquisition of additional and variant copies of the TFBS may significantly impact viral latency and latent reservoir characteristics. Further studies are urgently warranted to understand how the diverse TFBS profiles of the viral promoter may modulate the characteristics of the latent reservoir, especially following the initiation of antiretroviral therapy.

Abstract Background Despite progress, the prevalence of childhood undernutrition in India remains amongst the highest globally. Objective We aimed to evaluate the impact of a functional integration interventional package during the antenatal period on childhood growth parameters. Methods This is a post-interventional follow-up study of a maternal nutrition interventional study conducted between 2018 and 2019 among women in their first trimester of pregnancy from three districts in West Bengal, India. Pregnant women received a package of augmented interventions from study staff which supplemented those provided to them under the state-run programmes, that included body-mass-index measurement at pregnancy registration, monthly weight monitoring, targeted dietary counselling, supervised supplementary nutrition intake and iron-folic acid supplementation during daily anganwadi center visits. In the current follow-up study conducted in 2021, age-matched pregnant women from the same areas who were pregnant during the same period as in the original study and had received standard-of-care under the state-run programmes were recruited into a comparison group. Study staff collected data regarding maternal height and serial weights that were recorded at antenatal visits in 2018-19, and birth and infant characteristics. Child height and weight were measured during the follow-up visit in 2021, which were used to calculate the relative risks of stunting, wasting and underweight using generalized linear models, to understand the sustained impact of the intervention beyond infancy. Eight-hundred-nine mother-child dyads (406 intervention; 403 comparison) were followed. Results Median age of women in the intervention and comparison group was 23 (IQR 20–25) and 25 (IQR 24–27) years respectively. Median gestational-weight-gain was higher amongst intervention group women (9 vs. 8 kg, p = 0.04). Low-birth-weight prevalence was 29.3% (119/406) and 32.0% (129/403) in the intervention and comparison group. At 12–35 months of age, children born to women in the intervention group had significantly reduced risk of stunting (RR = 0.65, 95% CI 0.44–0.94), wasting (RR = 0.57, 95% CI 0.33–0.97) and underweight (RR = 0.61, 95% CI 0.42–0.88). Conclusions These results indicate that functional integration and strengthening of routine antenatal care services including targeted nutritional counselling to expectant mothers can have distal beneficial effects on childhood undernutrition beyond the immediate post-natal period.

Background: Mosquito-borne flaviviruses causing diseases such as dengue and Japanese encephalitis are devastating, particularly in the tropics. Although, multiple flaviviruses are known to co-circulate in India, when a patient presents with febrile illness, testing is usually limited to specific pathogens. Unbiased metagenomic sequencing of febrile cases can reveal the presence of multiple pathogens and provide complete genome information. Sequence information, a cornerstone for tracing virus evolution, is relevant for the design of vaccines and therapeutics. In order to assess the usefulness of unbiased metagenomic sequencing for the identification of viruses associated with febrile illness, we sequenced serum from four individuals and plasma from one individual, all hospitalized at a tertiary care centre in South India with severe or prolonged febrile illnesses, together with one healthy control in 2014. Results: We identified and assembled a complete dengue virus type 3 (DENV3) sequence from the serum of a case classified as severe dengue. We also found a small number of Japanese encephalitis virus (JEV) sequences in the serum of two adults with febrile illness, including the one who had dengue. Phylogenetic analysis of the dengue sequence indicates that it belongs to a predominantly Asian, DENV3, genotype III clade. It had an estimated divergence time of 13.86 years (95% Highest Posterior Densities 12.94-14.83 years) with the closest Indian strain. Amino acid substitutions were present throughout the sequenced genome, including 11 substitutions in the antigenic envelope protein compared to the strain used for the development of the first commercial dengue vaccine. Of these one substitution (E361D) was unique and six were in critical antigenic sites. Conclusions: We demonstrate that both genome assembly and detection of a low number of viral sequences are possible by unbiased sequencing of clinical material. Complete dengue virus sequence analysis places the sequenced genome in a recent, predominantly Asian clade within genotype III of DENV3. The detection of JEV, an agent not routinely tested in febrile illness in India, warrants further analysis and highlights the need to study co-circulating flaviviruses in parallel.

The COVID-19 pandemic has led to widespread disruptions in child healthcare utilisation globally. We conducted a cross-sectional household-based survey between July 2021 and May 2022 in Chandigarh and West Bengal, India to understand the impact of these disruptions on healthcare utilisation patterns for acute and routine healthcare among caregivers of young children. Among 460 children enrolled, the median age was 13.6 months (IQR 6.7–18.3), and 49.8% were male. The majority of the participants (>90%) reported no problems in accessing routine healthcare or treatment for their children. Weight checks were conducted in 89.1% of all children and amongst age-eligible children, 94.9% received vitamin A supplements and 97.4% had received routine immunisation. However, only 14.3% and 42.9% had their heights checked and received deworming medication, respectively. Common issues faced while seeking routine healthcare services included the unavailability of height measuring scales (54.8%) and lack of awareness (50%). The ability to access healthcare services with minimal problems despite the COVID-19 pandemic is likely attributable to the study areas being served by tertiary care medical colleges and their outreach mechanisms. Models similar to these need to be adapted to cope with future pandemics.