YH
Yu He
Author with expertise in Genomic Analysis of Ancient DNA
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(88% Open Access)
Cited by:
1,652
h-index:
23
/
i10-index:
40
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Palaeogenomics of Upper Palaeolithic to Neolithic European hunter-gatherers

Cosimo Posth et al.Mar 1, 2023
Modern humans have populated Europe for more than 45,000 years1,2. Our knowledge of the genetic relatedness and structure of ancient hunter-gatherers is however limited, owing to the scarceness and poor molecular preservation of human remains from that period3. Here we analyse 356 ancient hunter-gatherer genomes, including new genomic data for 116 individuals from 14 countries in western and central Eurasia, spanning between 35,000 and 5,000 years ago. We identify a genetic ancestry profile in individuals associated with Upper Palaeolithic Gravettian assemblages from western Europe that is distinct from contemporaneous groups related to this archaeological culture in central and southern Europe4, but resembles that of preceding individuals associated with the Aurignacian culture. This ancestry profile survived during the Last Glacial Maximum (25,000 to 19,000 years ago) in human populations from southwestern Europe associated with the Solutrean culture, and with the following Magdalenian culture that re-expanded northeastward after the Last Glacial Maximum. Conversely, we reveal a genetic turnover in southern Europe suggesting a local replacement of human groups around the time of the Last Glacial Maximum, accompanied by a north-to-south dispersal of populations associated with the Epigravettian culture. From at least 14,000 years ago, an ancestry related to this culture spread from the south across the rest of Europe, largely replacing the Magdalenian-associated gene pool. After a period of limited admixture that spanned the beginning of the Mesolithic, we find genetic interactions between western and eastern European hunter-gatherers, who were also characterized by marked differences in phenotypically relevant variants.
0
Citation73
1
Save
1

Integrated transcriptome and lineage analyses reveal novel catecholaminergic cardiomyocytes contributing to the cardiac conduction system in murine heart

Tianyi Sun et al.Nov 4, 2022
Summary Cardiac conduction system (CCS) morphogenesis is essential for correct heart function yet is incompletely understood. Here we established the transcriptional landscape of cell types populating the developing heart by integrating single-cell RNA sequencing and spatial enhanced resolution omics-sequencing (Stereo-seq). Stereo-seq provided a spatiotemporal transcriptomic cell fate map of the murine heart with a panoramic field of view and in situ cellular resolution of the CCS. This led to the identification of a previously unrecognized cardiomyocyte population expressing dopamine beta-hydroxylase ( Dbh + -CMs), which is closely associated with the CCS in transcriptomic analyses. To confirm this finding, genetic fate mapping by using Dbh Cre /Rosa26-tdTomato reporter mouse line was performed with Stereo-seq, RNAscope, and immunohistology. We revealed that Dbh + -derived CMs first emerged in the sinus venosus at E12.5, then populated the atrial and ventricular CCS components at E14.5, with increasing abundance towards perinatal stages. Further tracing by using Dbh CFP reporter and Dbh CreERT /Rosa26-tdTomato inducible reporter, we confirmed that Dbh + -CMs are mostly abundant in the AVN and ventricular CCS and this persists in the adult heart. By using Dbh Cre /Rosa26-tdTomato/Cx40-eGFP compound reporter line, we validated a clear co-localization of tdTomato and eGFP signals in both left and right ventricular Purkinje fibre networks. Finally, electrophysiological optogenetic study using cell-type specific Channelrhodopsin2 (ChR2) expression further elucidated that Dbh + -derived CMs form a functional part of the ventricular CCS and display similar photostimulation-induced electrophysiological characteristics to Cx40 CreERT /ChR2-tdTomato CCS components. Thus, by utilizing advanced transcriptomic, mouse genetic, and optogenetic functional analyses, our study provides new insights into mammalian CCS development and heterogeneity by revealing novel Dbh + -CMs. Highlights Stereo-seq provided a spatiotemporal transcriptomic cell fate map of the murine heart with a panoramic field of view and in situ cellular resolution of the CCS. Established the transcriptional landscape of cell types populating the developing murine heart. Revealed previously unreported catecholaminergic cardiomyocyte populations contributing to the developing and mature murine cardiac conduction system.