Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
PG
Polina Georgieva
Author with expertise in Advanced Techniques in Bioimage Analysis and Microscopy
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(100% Open Access)
Cited by:
5
h-index:
8
/
i10-index:
8
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
3

Is brightfield all you need for mechanism of action prediction?

Ankit Gupta et al.Oct 13, 2022
Abstract Fluorescence staining techniques, such as Cell Painting, together with fluorescence microscopy have proven invaluable for visualizing and quantifying the effects that drugs and other perturbations have on cultured cells. However, fluorescence microscopy is expensive, time-consuming, and labor-intensive, and the stains applied can be cytotoxic, interfering with the activity under study. The simplest form of microscopy, brightfield microscopy, lacks these downsides, but the images produced have low contrast and the cellular compartments are difficult to discern. Nevertheless, by harnessing deep learning, these brightfield images may still be sufficient for various predictive purposes. In this study, we compared the predictive performance of models trained on fluorescence images to those trained on brightfield images for predicting the mechanism of action (MoA) of different drugs. We also extracted CellProfiler features from the fluorescence images and used them to benchmark the performance. Overall, we found comparable and correlated predictive performance for the two imaging modalities. This is promising for future studies of MoAs in time-lapse experiments.
1

Morphological profiling of environmental chemicals enables efficient and untargeted exploration of combination effects

Jonne Rietdijk et al.Feb 10, 2022
Abstract Environmental chemicals are commonly studied one at a time, and there is a need to advance our understanding of the effect of exposure to their combinations. Here we apply high-content microscopy imaging of cells stained with multiplexed dyes (Cell Painting) to profile the effects of Cetyltrimethylammonium bromide (CTAB), Bisphenol A (BPA), and Dibutyltin dilaurate (DBTDL) exposure on four human cell lines; both individually and in all combinations. We show that morphological features can be used with multivariate data analysis to discern between exposures from individual compounds, concentrations, and combinations. CTAB and DBTDL induced concentration-dependent morphological changes across the four cell lines, and BPA exacerbated morphological effects when combined with CTAB and DBTDL. Combined exposure to CTAB and BPA induced changes on the ER, Golgi apparatus, nucleoli and cytoplasmic RNA in one of the cell lines. Different responses between cell lines indicate that multiple cell types are needed when assessing combination effects. The rapid and relatively low-cost experiments combined with high information content makes Cell Painting an attractive methodology for future studies of combination effects. All data in the study is made publicly available on Figshare. Highlights Assessment of combination effects of BPA, CTAB and DBTDL on four human cell lines Morphological profiling/Cell Painting captures dose and combination dependent effects BPA exacerbated morphological effects when combined with CTAB and DBTDL. Cell models of diverse origin are needed when profiling environmental chemicals