Purpose No biomarkers have been identified to predict outcome with the use of an antiangiogenesis agent for cancer. Vascular endothelial growth factor (VEGF) genetic variability has been associated with altered risk of breast cancer and variable promoter activity. Therefore, we evaluated the association of VEGF genotype with efficacy and toxicity in E2100, a phase III study comparing paclitaxel versus paclitaxel plus bevacizumab as initial chemotherapy for metastatic breast cancer. Patients and Methods DNA was extracted from tumor blocks of patients from E2100. Three hundred sixty-three samples were available to evaluate associations between genotype and outcome. Genotyping was performed for selected polymorphisms in VEGF and VEGF receptor 2. Testing for associations between each polymorphism and efficacy and toxicity was performed. Results The VEGF-2578 AA genotype was associated with a superior median overall survival (OS) in the combination arm when compared with the alternate genotypes combined (hazard ratio = 0.58; 95% CI, 0.36 to 0.93; P = .023). The VEGF-1154 A allele also demonstrated a superior median OS with an additive effect of each active allele in the combination arm but not the control arm (hazard ratio = 0.62; 95% CI, 0.46 to 0.83; P = .001). Two additional genotypes, VEGF-634 CC and VEGF-1498 TT, were associated with significantly less grade 3 or 4 hypertension in the combination arm when compared with the alternate genotypes combined (P = .005 and P = .022, respectively). Conclusion Our data support an association between VEGF genotype and median OS as well as grade 3 or 4 hypertension when using bevacizumab in metastatic breast cancer.

Purpose To determine the risk of ipsilateral breast events in patients with ductal carcinoma in situ (DCIS) treated with local excision without irradiation. Patients and Methods Patients with either low- or intermediate-grade DCIS measuring 2.5 cm or smaller, or high-grade DCIS measuring 1 cm or smaller who had microscopic margin widths of 3 mm or wider and no residual calcifications on postoperative mammograms were eligible for a prospective trial conducted from 1997 to 2002 by the Eastern Cooperative Oncology Group and North Central Cancer Treatment Group. Patients entered in 2000 and later could take tamoxifen if they wished. Median age at last surgery for the entire population was 60 years (range, 28 to 88 years), and median tumor sizes in the two strata were 6 mm and 5 mm, respectively. Results With a median follow-up of 6.2 years, the 5-year rate of ipsilateral breast events in the 565 eligible patients in the low/intermediate grade stratum was 6.1% (95% CI, 4.1% to 8.2%). With a median follow-up of 6.7 years, this incidence for the 105 eligible patients in the high-grade stratum was 15.3% (95% CI, 8.2% to 22.5%). Conclusion Rigorously evaluated and selected patients with low- to intermediate-grade DCIS with margins 3 mm or wider had an acceptably low rate of ipsilateral breast events at 5 years after excision without irradiation. Patients with high-grade lesions had a much higher rate, suggesting that excision alone is inadequate treatment. Further follow-up is necessary to document long-term results.

Abstract Tissue microarrays (TMAs) have been used in thousands of cancer biomarker studies. To what extent batch effects, measurement error in biomarker levels between slides, affects TMA-based studies has not been assessed systematically. We evaluated 20 protein biomarkers on 14 TMAs with prospectively collected tumor tissue from 1,448 primary prostate cancers. In half of the biomarkers, more than 10% of biomarker variance was attributable to between-TMA differences (range, 1–48%). We implemented different methods to mitigate batch effects (R package batchtma ), tested in plasmode simulation. Biomarker levels were more similar between mitigation approaches compared to uncorrected values. For some biomarkers, associations with clinical features changed substantially after addressing batch effects. Batch effects and resulting bias are not an error of an individual study but an inherent feature of TMA-based protein biomarker studies. They always need to be considered during study design and addressed analytically in studies using more than one TMA.

Abstract Objective To prospectively investigate the associations between dark, milk, and total chocolate consumption and risk of type 2 diabetes (T2D) in three US cohorts. Design Prospective cohort studies. Setting Nurses’ Health Study (NHS; 1986-2018), Nurses’ Health Study II (NHSII; 1991-2021), and Health Professionals Follow-Up Study (HPFS; 1986-2020). Participants At study baseline for total chocolate analyses (1986 for NHS and HPFS; 1991 for NHSII), 192 208 participants without T2D, cardiovascular disease, or cancer were included. 111 654 participants were included in the analysis for risk of T2D by intake of chocolate subtypes, assessed from 2006 in NHS and HPFS and from 2007 in NHSII. Main outcome measure Self-reported incident T2D, with patients identified by follow-up questionnaires and confirmed through a validated supplementary questionnaire. Cox proportional hazards regression was used to estimate hazard ratios and 95% confidence intervals (CIs) for T2D according to chocolate consumption. Results In the primary analyses for total chocolate, 18 862 people with incident T2D were identified during 4 829 175 person years of follow-up. After adjusting for personal, lifestyle, and dietary risk factors, participants consuming ≥5 servings/week of any chocolate showed a significant 10% (95% CI 2% to 17%; P trend=0.07) lower rate of T2D compared with those who never or rarely consumed chocolate. In analyses by chocolate subtypes, 4771 people with incident T2D were identified. Participants who consumed ≥5 servings/week of dark chocolate showed a significant 21% (5% to 34%; P trend=0.006) lower risk of T2D. No significant associations were found for milk chocolate intake. Spline regression showed a linear dose-response association between dark chocolate intake and risk of T2D (P for linearity=0.003), with a significant risk reduction of 3% (1% to 5%) observed for each serving/week of dark chocolate consumption. Intake of milk, but not dark, chocolate was positively associated with weight gain. Conclusions Increased consumption of dark, but not milk, chocolate was associated with lower risk of T2D. Increased consumption of milk, but not dark, chocolate was associated with long term weight gain. Further randomized controlled trials are needed to replicate these findings and further explore the mechanisms.

Abstract Activation of executioner caspases, which is a key step in the apoptotic process, has been reported to promote tissue regeneration by sending pro-proliferation signals to the surrounding cells. However, whether executioner caspase activation (ECA) has cell-autonomous effect on tissue regeneration is not clear. Here, by generating transgenic mice carrying a lineage tracing system for cells that have experienced ECA, we demonstrate that transient ECA occurs in hepatocytes during liver regeneration after partial hepatectomy (PHx) or carbon tetrachloride (CCl 4 ) treatment. Instead of committing apoptotic cell death, the majority of hepatocytes with ECA survive and proliferate to contribute to liver regeneration. Interestingly, inhibition of ECA in livers results in reduced hepatocyte proliferation and impaired regeneration, whereas increasing ECA to a level sufficient to kill hepatocytes also impedes regeneration, suggesting that ECA needs to be precisely controlled during liver regeneration. Mechanistic studies show that ECA promotes hepatocyte proliferation during regeneration through enhancing JAK/STAT3 activity. Our work reveals an essential role of survival of hepatocytes from ECA in liver regeneration.

Cullin 4B (CUL4B) is the scaffold protein in the CUL4B-RING E3 ubiquitin ligase (CRL4B) complex. Loss-of-function mutations in the human CUL4B gene lead to syndromic X-linked intellectual disability (XLID). Till now, the mechanism of intellectual disability caused by CUL4B mutation still needs to be elucidated. In this study, we used single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) to investigate the impact of CUL4B deficiency on the transcriptional programs of diverse cell types. The results revealed that depletion of CUL4B resulted in impaired intercellular communication and elicited cell type-specific transcriptional changes relevant to synapse dysfunction. Golgi-Cox staining of brain slices and immunostaining of in vitro cultured neurons revealed remarkable synapse loss in CUL4B-deficient mice. Ultrastructural analysis via transmission electron microscopy (TEM) showed that the width of the synaptic cleft was significantly greater in CUL4B-deficient mice. Electrophysiological experiments found a decrease in the amplitude of AMPA receptor-mediated EPSCs in the hippocampal CA1 pyramidal neurons of CUL4B-deficient mice. These results indicate that depletion of CUL4B in mice results in morphological and functional abnormalities in synapses. Furthermore, behavioral tests revealed that depletion of CUL4B in the mouse nervous system results in impaired spatial learning and memory. Taken together, the findings of this study reveal the pathogenesis of neurological disorders associated with CUL4B mutations and promote the identification of therapeutic targets that can halt synaptic abnormalities and preserve memory in individuals.